New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353906 | 40 (1.430) | 3 (0.120) | 3/252 | 3.5 | 8.2% | intergenic (+99/+44) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1353932 | 31 (1.230) | intergenic (+125/+18) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAGCTAAACAACAGAAATTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATAC > USA300TCH1516_ALE/1353770‑1354032 | aaGCTAAACAACAGAAATTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAACTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCa > 2:96989/1‑140 (MQ=255) gCTAAACAACAGAAATTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGACATAATAACCATa > 2:130045/1‑140 (MQ=255) aGAAATTAAATATTAGGAGTAAATAATTAAATAGGAGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGAATAATAATCATAATGCGTATca > 2:202965/1‑139 (MQ=255) aGAAAATTAATAGTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTTAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 2:113333/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg < 2:124578/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg < 1:55084/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg < 1:45995/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCACAATAACCATAGTGCGTATCGAg < 1:271247/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAATATTTGGAGTAAATAAGTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg < 2:174156/140‑1 (MQ=255) aTTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAATTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCg < 1:285357/140‑1 (MQ=255) ttAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATATGTTATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGt < 1:280705/140‑1 (MQ=255) tGGAGTAAATATTTAAATATGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta < 2:113639/140‑1 (MQ=255) tGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGCAATAATTTAAAGGCATAATACCCCTAGTGCGTATCGCGCGTACTGGatta > 1:204455/1‑140 (MQ=255) tGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta > 2:293093/1‑140 (MQ=255) tatTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGCAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCttt < 1:280001/139‑1 (MQ=255) atTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg > 2:209782/1‑140 (MQ=255) tAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTACTGGATGATAAAGCCTTTGATTTTa > 1:290613/1‑140 (MQ=255) tatatatTAAAGTAAAATATATTTGAAGTATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata < 1:198783/140‑1 (MQ=255) atatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAAGCATAATACCCATAGTACGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg > 1:124328/1‑140 (MQ=255) atatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCTATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGTATAATAAGTATAGTGTGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt < 2:39016/140‑1 (MQ=255) atatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt < 1:304476/140‑1 (MQ=255) atTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATTATTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAATGCTTTGAATCGCGTAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt < 1:154567/140‑1 (MQ=255) aaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATc < 1:210070/140‑1 (MQ=255) tataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAc < 1:93487/140‑1 (MQ=255) acatGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATAGATGTAAAGAATTTAAAGGCATAGTAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTg < 2:193940/137‑1 (MQ=255) gAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATTGATATAAAGAAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCt < 1:139596/140‑1 (MQ=255) gAAGCATCGATTTATGATTACCATAAATTTATATATAGATATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGGGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCt < 1:80610/140‑1 (MQ=255) tgATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta < 2:16857/139‑1 (MQ=255) gATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 2:155568/1‑140 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGgt < 1:96989/140‑1 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGgtgt > 1:255887/1‑140 (MQ=255) ttaTCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATACTAGCGATAGGGCGTATCGACCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGttt < 1:300869/140‑1 (MQ=255) ccATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGa < 2:204455/140‑1 (MQ=255) ccATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGa < 1:293093/140‑1 (MQ=255) aTAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAATCTGTTCTTTATTTAAAGTGTGTTtatata > 2:153142/1‑140 (MQ=255) agttATATACAGAAATATTTTAAAGGCATAATAAGCATTGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTCTGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGctc < 2:228240/138‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGctc < 2:313145/140‑1 (MQ=255) tatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATgg < 2:258901/140‑1 (MQ=255) tAAAGGCATCAAAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGTGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATAc > 2:41443/1‑140 (MQ=255) tAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATAc > 2:104179/1‑140 (MQ=255) | AAGCTAAACAACAGAAATTAAATATTTGGAGTAAATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATAC > USA300TCH1516_ALE/1353770‑1354032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |