New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 512620 =170 (0.760)110 (0.740)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
58/166 NT 49.0% intergenic (+688/‑6075) recR/speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
?USA300TCH1516_ALE 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+3329) USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 tRNA‑Val/tRNA‑Ala

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TCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512487‑512752
                                                                                                                                     |                                                                                                                                    
tCAGTACAGAAAAAATAGATCTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa                                                                                                                                      <  2:317952/134‑1 (MQ=255)
   gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACACCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                   >  1:1898162/1‑134 (MQ=255)
   gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                   >  2:139704/1‑134 (MQ=255)
   gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                   >  1:586257/1‑134 (MQ=255)
       catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgattgtagtcgaacttacgttacactagcatagaacgttcccaggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatcgacaagatacACAAAGtt                                                                                                                               <  2:667680‑M1/8‑1 (MQ=255)
         aTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAATAAAACAACTGAACTTAAGTAATAACTTGAATTTCGAACGAAAATCAATTTAAAAACATTAt                                                                                                                             >  2:590600/1‑134 (MQ=255)
         aTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTCAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                             <  2:1814173/134‑1 (MQ=255)
          tGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                            <  1:249495/134‑1 (MQ=255)
           ccgaacacagaaattaagcaccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagcacgttgccaggcagatttttaatcacatttacgttaaaaaataaaattaataagataaACAAATATATTg                                                                                                                           <  2:2201419‑M1/12‑1 (MQ=255)
            cgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                          <  2:377571‑M1/13‑1 (MQ=255)
            aCAAAGGTGTAATATTTACTGTTGTTAAACAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTCGAGGCAAACAAAAAAAGTAAAGTTAAGGAATAACTTTAAATGATAACGACAACTAATTTTAAAAAGTTAttta                                                                                                                          >  2:1020645/1‑132 (MQ=255)
             cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGGAAACATAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                         >  2:188632/1‑134 (MQ=255)
             cAAAGGTGTAATTTGTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                         <  2:1472205/134‑1 (MQ=255)
               aaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                       >  1:1115114/1‑134 (MQ=255)
                 ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaa                                                                                                                     >  2:96061/1‑134 (MQ=255)
                     tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGTGGCAAACAAAACAAATCAACATAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                 >  1:2558512/1‑134 (MQ=255)
                      agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaactggaaaaaataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGtt                                                                                                                <  1:2367213‑M1/23‑1 (MQ=255)
                       gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg                                                                                                               <  2:2872858‑M1/24‑2 (MQ=255)
                         ttttAATGTTGTTAAGCAGTTTGGAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                             <  2:406336/134‑1 (MQ=255)
                         taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                             >  1:146826‑M1/109‑131 (MQ=255)
                          tttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAACCAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGCTATTGACTTAAATGTtaata                                                                                                            >  2:2565421/1‑134 (MQ=255)
                           agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTATATGTtgataa                                                                                                           <  1:762394‑M1/28‑1 (MQ=255)
                                gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATAAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                      >  1:1967226/1‑134 (MQ=255)
                                 ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGta                                                                                                     <  1:441261/134‑1 (MQ=255)
                                  tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgtcatgcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                    >  1:1505397‑M1/100‑134 (MQ=255)
                                      gtcgatgttagtcgaacttacgttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                >  2:2359268‑M1/96‑134 (MQ=255)
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                                            ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                          <  2:508751‑M1/45‑1 (MQ=255)
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                                               agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                       >  1:2737652‑M1/87‑134 (MQ=255)
                                                  cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcatattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                    >  1:1935090‑M1/84‑134 (MQ=255)
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                                                                                    aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAATGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                  <  1:1692371/134‑1 (MQ=255)
                                                                                    aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                  >  2:817691/1‑134 (MQ=255)
                                                                                      taactcatctTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAACACGTTCTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCTGTATGCCAATTGGATGTTGAAAACCGAATGACAatat                                                <  2:1185320/133‑1 (MQ=255)
                                                                                      cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAATAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                >  2:1083153‑M1/48‑134 (MQ=255)
                                                                                      caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATATTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                >  1:1635393/1‑134 (MQ=255)
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                                                                                                    aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                  <  1:22330‑M1/101‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                            ataagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCCGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa          >  2:2106528‑M1/10‑134 (MQ=255)
                                                                                                                            acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTTATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa          >  1:895827‑M1/10‑134 (MQ=255)
                                                                                                                            acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAATATATGTAACa          <  1:1334816‑M1/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGATAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa        >  1:100081‑M1/8‑134 (MQ=255)
                                                                                                                               aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTAAATGACAATATTTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc       >  1:1809668/1‑134 (MQ=255)
                                                                                                                               aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGCTACAAAc       >  2:2014346/1‑134 (MQ=255)
                                                                                                                                gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGACAATATGTAAACGTTAATTCAAAAAAACGTAAATATAAGTTACAAACa      <  1:2666936‑M1/129‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt    >  2:1529766‑M1/4‑134 (MQ=255)
                                                                                                                                   ttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta   <  1:1038098/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta   <  1:1786860‑M1/132‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     |                                                                                                                                    
TCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512487‑512752

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.