Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 556.9 / ‑6.5 | 178 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (78/99); total (78/100) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑AATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1416328‑1416588 | cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTa > 2:1230909/1‑134 (MQ=255) aaTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTCATATTACCTCGTTCAATGATTTTACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTAc > 2:2670748/1‑134 (MQ=255) tAGTAATCCCTCTTTAATTGTTTTCTATATGTAATTAGACGTTCATTATACGGATGTAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACa < 1:692265/134‑1 (MQ=255) gaGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACa < 2:554015/133‑1 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTCACAat > 2:2266940/1‑134 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATACTCATACTTTAAATAATAAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACATTCTTTTAAAACATA‑ATTATACTGACAat > 1:1654960/1‑134 (MQ=255) aaTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTATACTTAAAattt > 2:1590169/1‑132 (MQ=255) tCCCTCTTTAGTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATAttt < 2:1957754/134‑1 (MQ=255) cccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTTATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTc < 1:2182709/134‑1 (MQ=255) ctctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATTCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTTACAATATTTCaa < 2:1094981/134‑1 (MQ=255) tttAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGAAAATATTTCAATAc > 1:2357450/1‑134 (MQ=255) ttgaaTTGTGTTCTATATTTAAGTAGACGTTCATTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTATCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTGTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATAc < 2:641128/131‑1 (MQ=255) tgtgaTTGAGTTCTATATTTGAATAGACGGGGATTATACGGATGCAAATGCGCATACGTGAAATGATTAATATTACATCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATAc < 2:590108/130‑1 (MQ=255) tAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACAt > 2:2121774/1‑134 (MQ=255) tAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGATCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCATCACAt > 2:1203359/1‑134 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTTATACTTGAAATGATTAATATTACCTAGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATg < 1:488524/134‑1 (MQ=255) 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atatTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATCCTTCGCATGATTAATATTTTTTTGTTCAATAATTTAACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAt < 1:797708/134‑1 (MQ=255) atTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgt < 2:2823956/134‑1 (MQ=255) tgtAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtg < 2:427391/132‑1 (MQ=255) ttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt < 2:2692551/134‑1 (MQ=255) ttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt < 1:1663142/134‑1 (MQ=255) ttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTAGTACAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt < 2:2326915/134‑1 (MQ=255) 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ttGACCTTCTTTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATCATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGttac > 2:1264764/1‑132 (MQ=255) ctttttTTAAAACATA‑TTTGTGTTGATTATAGTTAAATACATGACTAAAATAATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCa < 1:1085390/134‑1 (MQ=255) cttcttTTAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCa < 1:2154117/134‑1 (MQ=255) cttcttTTAAAACATA‑ATTGTACTGAAAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACAGTTCaaatcc > 2:824551/1‑131 (MQ=255) ctacgtttAAAACATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCa < 2:138801/129‑1 (MQ=255) aaaaCATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatga < 2:403139/134‑1 (MQ=255) aaaCATA‑ATTGTACTTACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgat < 1:2200575/134‑1 (MQ=255) aaaCATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgat < 1:2138599/134‑1 (MQ=255) aaCATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgatg > 2:1978712/1‑134 (MQ=255) aaCATA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgatg > 1:2755526/1‑134 (MQ=255) tA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 2:1322276/134‑1 (MQ=255) tA‑ATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 1:2284776/134‑1 (MQ=255) | TCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATA‑AATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1416328‑1416588 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |