| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,302 | C→A | 9.1% | G124C (GGT→TGT) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,302 | 0 | C | A | 9.1% | 447.6 / 23.9 | 179 | G124C (GGT→TGT) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/65); new base A (7/9); total (104/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
ATTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCT > USA300TCH1516_ALE/1744169‑1744435 | aTTTAACTCATACCATCGTAATCTTTAATTTTTTAAATACCATTTAAAAAATTCAATTCACTTATAAATGCAATACCTTCTACGATACCGCATAATCATTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTacaacc < 2:565941/134‑1 (MQ=255)aTTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATTAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTaccacc < 1:894737/134‑1 (MQ=255)aTTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTaccacc < 1:2144178/134‑1 (MQ=255)aTTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTaccacc < 2:1017972/134‑1 (MQ=255) ttAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTAccacca < 1:1719077/134‑1 (MQ=255) aaaCTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGt < 2:2320935/134‑1 (MQ=255) aCTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGtcg > 2:1451103/1‑132 (MQ=255) cTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTCAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGc > 1:2203462/1‑134 (MQ=255) cATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCt‑a < 1:2057227/134‑1 (MQ=255) cATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTATATTACAACTTCAATCGTACCACCAATAACt‑a > 1:599725/1‑134 (MQ=255) aTAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCt‑aa < 2:2257815/134‑1 (MQ=255) aTAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCt‑aa < 1:156303/134‑1 (MQ=255) tAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCt‑aat < 2:152136/134‑1 (MQ=255) aaCATTGTAATCTTAAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCt‑aata < 1:1791301/134‑1 (MQ=255) aaCATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCt‑aata < 1:2311147/134‑1 (MQ=255) aTCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTTCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAat > 2:1566668/1‑134 (MQ=255) tCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATCCCATGAAACATTCTTTCCCTACTTCTTTTCTGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAatc < 2:2043340/134‑1 (MQ=255) cGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAatca > 1:1006981/1‑134 (MQ=255) aaTCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCt < 1:2000183/134‑1 (MQ=255) tttAATTTTTTCAAGACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACAGCCTAATTTTCCAACTAATTTTATTTCTACTGCAATCTTATTCCCAATATCT‑AATAATTCATTTTTaa > 2:2516745/1‑134 (MQ=255) aTTTATTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTaa > 2:2111963/1‑134 (MQ=255) tttttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATTCCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAaca < 1:727631/134‑1 (MQ=255) tttttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTAAACTAATTTTATTGCTGATTCAATCGTACCACCCGTAGCT‑AATAAATTCTCTCTACTTcaca > 2:247105/1‑134 (MQ=255) ttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAacacac > 1:2653872/1‑134 (MQ=255) ttCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAACT‑AATAAATCATCTGTAATTAaaacac > 1:1033823/1‑134 (MQ=255) cAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGTT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGt < 1:634943/134‑1 (MQ=255) aaTACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTGGTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGtt < 1:2569923/134‑1 (MQ=255) aTACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTg > 2:1908011/1‑134 (MQ=255) ccATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACTATTCCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGAcc < 1:130571/134‑1 (MQ=255) cATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCATCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCt < 1:1174202/134‑1 (MQ=255) aaTATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCACTAGCT‑ACTAAATCATCTCTAATTAACACACGCTGACCtccctta > 2:797941/1‑128 (MQ=255) aaTATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTa > 2:1229514/1‑134 (MQ=255) atatTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACATTGACCTGTTTTaa > 2:1112614/1‑134 (MQ=255) tatTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCATTAGT‑GCTAAAAAAATTCTTTCTAATAAACACACGTTGACCTGGTTTAAt > 1:394411/1‑134 (MQ=255) tttCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTATAATTAACACACTTTAACCTTGTTTAAtta > 2:447254/1‑133 (MQ=255) ttcaattcaaTTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTTATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTTAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGc < 1:291301/134‑1 (MQ=255) tcaattcaatTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCa > 1:1615488/1‑134 (MQ=255) ttcaattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCtt < 1:1689522/134‑1 (MQ=255) caattATAAATGCAATACATACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCACTCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTtg > 2:1387081/1‑134 (MQ=255) aattATAGATGCTATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTtgt < 2:1429285/134‑1 (MQ=255) aattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTGAGTGCTGTTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGCAATTACCACACGTTGACATGGTTTAATTACATCTTcgt > 2:2177071/1‑134 (MQ=255) ttATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTACCACACTTTGTCCTGGTTTAATTGCATCTTtgtac > 1:1296358/1‑132 (MQ=255) ttATAAATGCAATACCTAAAACAACCCCGAATACTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCTTAGCTCCAGTAGTT‑AATTATTCATCGGTAATTAACAAACTTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTTTGc > 2:1435466/1‑134 (MQ=255) aaaTGCAATACCTACTACTATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACGAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTTGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTg < 2:742180/134‑1 (MQ=255) aTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACTACTATAACCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGtt > 1:1361772/1‑134 (MQ=255) aTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGtt < 1:537798/134‑1 (MQ=255) taTACCTACTACGATAACGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTaaaa < 2:2672453/133‑1 (MQ=255) tACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACa < 1:23480/134‑1 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCTTCTTGGTACATTGTTAAAACAtt > 1:444396/1‑134 (MQ=255) ccTACTACGATACCGCCTAATTTTACAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACAtt > 2:2070044/1‑134 (MQ=255) ccTACTAAGATACCGCTTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACAtt < 1:2539502/134‑1 (MQ=255) tacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTAc > 2:2697076/1‑134 (MQ=255) acGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTAcc < 2:2808631/134‑1 (MQ=255) cGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACTAGTAGCT‑AATAAATCTTCTGTAATTAACACACGTTGCCCTGGTTTAATTGAATCTTTGTGCATTGTTAAAAAATTTGTActa > 1:96130/1‑132 (MQ=255) gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCat > 1:759331/1‑134 (MQ=255) aTACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTACATCTTTTAGCATTATTAAAACAATTGTACCata > 1:1625804/1‑134 (MQ=255) ccGCCTAATTTTTCAACTAATTGTATTGCTGCTTCAATGGTACTACCAGGAGGT‑AATAAAACATCTGTAATTTACACACGTTGACCTGGATTAATTCAATATTTCTGCATGGATTAAACTTTTGTACAATTTTc > 2:1157875/1‑134 (MQ=255) cGCCTAATTTTTGAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCATCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt < 1:231687/134‑1 (MQ=255) cGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTTCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt > 1:1510823/1‑134 (MQ=255) gCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGATGACCTGGTTTAATTCAATTTTTGTGCATTCTTAAAACATTTGTACCATCTTCTa > 2:599063/1‑134 (MQ=255) ccTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAg > 2:1965970/1‑134 (MQ=255) cTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAgg > 1:2413516/1‑134 (MQ=255) cTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGATAAATCATTTGTACCATATTCTAgg < 2:1761833/134‑1 (MQ=255) cTAAGTTTTCAACTAATTGTATTGCTGCTTCAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAgg < 2:2254671/134‑1 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCAt > 1:353033/1‑134 (MQ=255) tttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTTTATCATTTGTACATTATTCTAGGTTAt > 1:2481466/1‑134 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt > 2:165157/1‑134 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt > 1:924480/1‑134 (MQ=255) ttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTCCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACt > 2:1062294/1‑134 (MQ=255) tCAACTAATTGTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTc < 1:588874/134‑1 (MQ=255) aCTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATa < 1:1939745/134‑1 (MQ=255) tAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTCGCTCCAGTCGAATTTCATCTTTGTGGATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTctttac > 1:2555977/1‑129 (MQ=255) aaTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACg < 2:288763/134‑1 (MQ=255) ttATTGCTGCTTTAATCGTACCACAAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAAGGAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg < 1:1082229/134‑1 (MQ=255) ttATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg < 1:2842518/134‑1 (MQ=255) ttATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg < 2:504784/134‑1 (MQ=255) tATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAAGTCATACTCATAACGAATGa > 1:282621/1‑134 (MQ=255) tATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGa > 1:614195/1‑134 (MQ=255) aTTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTATCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACTTTGACCTGGTTTAATTACATCTTTGTACAAATTTAAAACATTTGTACCATATTCTATTTCATACTCATAACGAATGAc > 1:943208/1‑134 (MQ=255) tgctgcTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACATTTGTACCATTTTCTAGGTCATATTCATAACGAATGACtt > 1:2433557/1‑134 (MQ=255) ctgctTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTAGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTGAAACATTTGTACCTTATTCTAGGTCATACTCATACCGACTCACTCCa > 1:318116/1‑134 (MQ=255) ctTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTACCACACGTTGACCTGGTCTAATTGCACCTTTATGCATTGTTAAAACATTTTTACCCTATTCTCCCACATACTCACAACGAATGCCTTCaacc > 2:953654/1‑131 (MQ=255) ttCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAg > 2:1068100/1‑134 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAgg > 2:35858/1‑134 (MQ=255) tCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTACATCTTTTTGCATTGTTAAAACATTTATACCATATTATAGGTCATACTCATACCGAATGACTTCaagcgg > 1:866251/1‑129 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAGATTTCTGAAACATCCACACCTATACGCAGAACGAATGACTTCACGAGGt < 1:1246210/134‑1 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATATTTGTGCATTGTTAAAACATTTATACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATAACGTCACGAGGt > 2:2165039/1‑134 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGATCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTaa < 1:2283520/134‑1 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCT‑CATAAATCATCTGTAATTAACACACTTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATTACTTCACGAGGTAAt > 1:209771/1‑134 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACCCGTTGACCTGGTTTAATTCCATCTTTTTTCATTGTTAAAACAATTGTACAATAATATATGTAATACTCATAACGAATGTCTTCATGCGATAAt > 1:2855216/1‑134 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAt > 2:2204112/1‑134 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATATTTGTGCATTGTTAAGACATTCGTACCACAATCTAGCTCATACTCTTAACGAATGACTTCCCGAAGTAAt > 2:2636267/1‑134 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt > 2:652365/1‑134 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt < 1:1387081/134‑1 (MQ=255) cGTACCACCAGTAACT‑AATACAACAACTGGAGATAACACACGCTGCCCTATTTTAAATGCATCAGAGCGCATTTTTTAAACATTTGTATCATATTCTAGGTCATTCTCATAACGAATGACTTCACGAGGGAAtt > 2:187263/1‑134 (MQ=255) gTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCTTCGTTTATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGATAAttt > 1:690924/1‑134 (MQ=255) gTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGCCTTCACGAGGTAAttt > 2:472424/1‑134 (MQ=255) accacaAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc < 1:479282/134‑1 (MQ=255) ccaccaGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGAACTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATCCTCATAACGCATGACTTCCCGAGGTAATTTccc > 1:1012298/1‑134 (MQ=255) accaGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCctt < 1:22524/134‑1 (MQ=255) | ATTAAACTCATAACATCGTAATCTTTAATTTTTTCAATACCATTTAAATATTTCAATTCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCT‑AATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCT > USA300TCH1516_ALE/1744169‑1744435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |