Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,607 | T→C | 34.3% | D22G (GAT→GGT) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,744,607 | 0 | T | C | 34.3% | 224.8 / 184.3 | 251 | D22G (GAT→GGT) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/73); new base C (36/50); total (128/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTG > USA300TCH1516_ALE/1744475‑1744740 | gACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTCCATAGCCATATGCTTCACCATTATACATAATTATAGTAATACCCTTg > 1:2746566/1‑134 (MQ=255) ccAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGTTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACt < 1:1244257/134‑1 (MQ=255) cAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTa < 1:273863/134‑1 (MQ=255) aaTGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCATACAACGATATCAACATCTCAGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATATCCATATGCTTCACCATTATCAATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTaa > 2:2291239/1‑134 (MQ=255) tGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGATACTTaca > 1:2503119/1‑134 (MQ=255) tGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGCTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAaca > 2:2674820/1‑134 (MQ=255) tGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTACTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGCTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAaca > 2:75974/1‑134 (MQ=255) aTAAAGCGACGCGCTTCAGGTTCTACAACGATATCAACATCTTTGTCTTTTGCTTATTCTATAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATTCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACAcc < 2:847655/134‑1 (MQ=255) tAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCt < 1:2643152/134‑1 (MQ=255) aaaGCCACGCGCTTCCGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACATGTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTg < 1:1532488/134‑1 (MQ=255) ccACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATATCCATATTCTTCACAAAAAACAAAAATAGTAGTAAAACTCTTGAAACTAACACCTGtttt > 1:712119/1‑134 (MQ=255) cactcgcTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATTGCCTTATGCTTCACCATTATCAATAATTATAGTAATATACTTGAAACTAACACCTGGTTTc > 1:142938/5‑134 (MQ=255) cgcTTGAGGTCCTACATCGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGcc < 2:67605/134‑1 (MQ=255) gcTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATTGACATAGCCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACTCTTGGtttagacaa > 1:670116/1‑128 (MQ=255) tCAGTTCCTACAACGATATCCACATCTCTGTTTTTTTCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATc < 1:1013041/134‑1 (MQ=255) tCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACTCCTGGTTTCGGCCAATc < 2:1067612/134‑1 (MQ=255) tCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATc > 1:2029701/1‑134 (MQ=255) cAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGTCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCt < 1:2177071/134‑1 (MQ=255) cAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCt < 1:1470627/134‑1 (MQ=255) cAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCt < 1:2619853/134‑1 (MQ=255) aGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTCTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGATTTCAGCCAATCtt > 1:2432436/1‑134 (MQ=255) ccTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCTATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGGAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAAc < 1:10402/134‑1 (MQ=255) 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tCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTa > 1:309531/1‑134 (MQ=255) cATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTATCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACCTATTGc > 2:135316/1‑134 (MQ=255) aTCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATTTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCACAATTGTAGTAATACCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCt < 1:2055231/134‑1 (MQ=255) tctcTGTCTTTTTCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATACACTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCtt < 1:953654/134‑1 (MQ=255) tctcTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATTCTTCACCATTATCCATAATTGTAATAATATAATTGACAGATAGATCTGGATTAGGCCAATCTTGAACTTCTTATACGTATTGCtt > 1:105585/1‑134 (MQ=255) tctcTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGTCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCtt < 2:2165177/134‑1 (MQ=255) 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ACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTATCCATAATTGTAGTAATATCCTTGAAACTAACACCTGGTTTCGGCCAATCTTGAACTTCTGATACGTATTGCTTTAAATCCATTAATATTTCCTCCTAAATTGCTCACGACAATTGTGACTTTATCCAATTTTTTATTTCTGAAAAATCTTG > USA300TCH1516_ALE/1744475‑1744740 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |