| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 559.3 / NA | 174 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (83/91); total (83/91) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATG > USA300TCH1516_ALE/2010233‑2010493 | tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACATCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAGGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt < 1:2427193/134‑1 (MQ=255)tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAATGCAATAATAATTGTTATATAAt > 1:974009/1‑134 (MQ=255) gtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTAACCTCTATTATCATCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATc > 2:1293205/1‑134 (MQ=255) ggcAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATc > 1:1679249/3‑134 (MQ=255) cAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 2:1865100/1‑134 (MQ=255) aTTTTCTTAATCTGCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAc < 2:1571066/134‑1 (MQ=255) tttGTTAATTGTCCAAAGAAAACGTAAATCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGAT‑GCTAAAGTAAACGTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGTAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:2333145/134‑1 (MQ=255) tttCTTAATTGCCCAAAGAAACCGTACTCCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑TCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:861103/134‑1 (MQ=255) gttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:278726/133‑1 (MQ=255) cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATAATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAat > 1:2317307/1‑134 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCACTTTAACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAGATGTTATATAATCTAACCAAata > 2:2749700/1‑134 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAATGCAATAATAATTGTTATGTAATATAACAAAata > 2:890018/1‑134 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGACAGTACACTAAGAATTGTTATATAATCTAACCAAata > 2:27009/1‑134 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAAAGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTCAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAata > 2:515327/1‑134 (MQ=255) tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATTGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa < 1:2496124/134‑1 (MQ=255) tCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTa < 1:1831995/134‑1 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAc > 2:1949006/1‑134 (MQ=255) aaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAccc > 2:55575/1‑134 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAATATAAATAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCg < 1:1133166/134‑1 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTaaaacg > 1:2680930/1‑130 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTCATATAAACTAAACAAATATTAATAAACACg > 1:2039511/1‑134 (MQ=255) aaaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGt > 1:1526296/1‑134 (MQ=255) aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGtt > 1:1263269/1‑134 (MQ=255) cGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 1:2183232/1‑134 (MQ=255) gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa < 1:2725066/134‑1 (MQ=255) gTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaaa > 1:1405743/1‑134 (MQ=255) acacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTTCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 1:1166179/134‑1 (MQ=255) catggTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGCACATAATAGATGTTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGa < 2:344746/130‑1 (MQ=255) ccGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaaa > 1:2764169/1‑134 (MQ=255) acGTTAAAATGTAAAATGGGGAGATAAACAGCAATCACTTGAAT‑AGTGTCACATCTAAAAAGAACATTATTGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGaaa < 1:1340877/133‑1 (MQ=255) cGTTAAAATGTAAAATTGGAAGATAAATATTGAT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt < 1:968800/134‑1 (MQ=255) cGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAATGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAt < 1:1382847/134‑1 (MQ=255) aaaatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAGGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCttt < 1:1880743/134‑1 (MQ=255) aatgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttg > 1:606603/1‑134 (MQ=255) atgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgt < 2:515397/134‑1 (MQ=255) atgtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTACACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTAATTCACCCGGTTAACATGAAATCTttagt > 2:1237403/1‑134 (MQ=255) gtaaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTtttgttt > 1:1851281/1‑134 (MQ=255) aaaattGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGTCAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTttgtttgt < 2:1740892/134‑1 (MQ=255) aaaatgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCAAATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACAACATATTCATTAACCCCGCTAACCTAATATTTTctgtttgt > 2:1146101/1‑134 (MQ=255) aatgGGAAGATAAACAGTGTT‑GCTAAAGTCAATTACACATCTAAAAAGAACAATATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAACAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTc < 1:1759951/134‑1 (MQ=255) tgGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCaa < 1:2279307/134‑1 (MQ=255) ggAAGATAAACATTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAATATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAca < 1:71915/134‑1 (MQ=255) aaGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatc < 1:2445642/134‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGTT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:1095380/134‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 1:1865100/134‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:1370991/134‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:379242/134‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCT‑GCAAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCGAACCAAATATTCATTAACCCGTTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:737589/134‑1 (MQ=255) gATAAACAGTGCT‑GATAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAAcatcat < 2:579596/134‑1 (MQ=255) aTAAACAGTTCT‑GTTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 1:2328732/134‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 1:675140/134‑1 (MQ=255) aTAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCAtt < 1:2632180/134‑1 (MQ=255) tAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGTTTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTa < 2:2640380/134‑1 (MQ=255) aaCAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAt < 2:1794294/134‑1 (MQ=255) cAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATTAAATATTTTGTTTGTTCTTTTTCATTAATCa < 2:1048204/134‑1 (MQ=255) gct‑gctAAAGTCAATTTCACATCTAGAAAGGACATGAGGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCActct > 1:2874836/1‑134 (MQ=255) aaaGTCAATATCAAAACTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGatat < 2:2764169/134‑1 (MQ=255) aaGTCAATGTCACATCTAAAGAGTATATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCTGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATAtt < 2:706409/134‑1 (MQ=255) cAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTTCAATAATAATTGTTATATAATCTAACAAAATATTCATTAACCAGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACtt > 1:2665495/1‑134 (MQ=255) aaTTTCGCATATAAAAAGAACATTATGTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTTGATATTACTTg < 2:1259041/134‑1 (MQ=255) aTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCCCACCTGCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa < 2:721025/134‑1 (MQ=255) aTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGa > 2:2224591/1‑134 (MQ=255) tttCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAc > 1:2125677/1‑134 (MQ=255) cacaTCTAAAAAGAACATTATTTATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAGTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTa < 1:2053844/134‑1 (MQ=255) acaTCTAAAAAGCACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc > 2:2515510/1‑134 (MQ=255) acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTAc > 2:2293229/1‑134 (MQ=255) caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTAAATAACCCGCTTTATATTCATCATATTGCCTGTCCAACATCATTAATAACTCTAGATATTACTTGACCTACt > 2:2045961/1‑134 (MQ=255) aTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACtt < 2:2554001/134‑1 (MQ=255) cATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCAt < 1:560486/134‑1 (MQ=255) aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATa > 1:2789826/1‑134 (MQ=255) aTTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATa > 2:418148/1‑134 (MQ=255) ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaa > 1:570020/1‑134 (MQ=255) ttATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAAATATTACTTGACATACTTGATTATTAGCATaa > 1:191484/1‑134 (MQ=255) tGGATGGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAt > 1:1516092/1‑134 (MQ=255) aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAATTGTTGTCCAAAATTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 1:2104120/134‑1 (MQ=255) aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 2:774341/134‑1 (MQ=255) aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGc < 2:1261451/134‑1 (MQ=255) aGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTAGc > 1:1121449/1‑134 (MQ=255) gCAATAGTAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACt < 2:2439329/134‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAACTCGAACTTaa > 1:549845/1‑134 (MQ=255) taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 1:481383/1‑134 (MQ=255) taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 1:110760/1‑134 (MQ=255) taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa < 2:1405743/134‑1 (MQ=255) taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTaaa > 1:2286/1‑134 (MQ=255) taataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAACTACTTGATTATTAGCATTAAATCTCGTACTTaaa > 1:914585/1‑134 (MQ=255) taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt > 1:2007599/1‑134 (MQ=255) taatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt > 1:1761353/1‑134 (MQ=255) taatTGTTATATAATATAATAAAATATTTATTAATTTTGTTAAAATTAAATTTTTTGTTTGTTAAACATCATTAATTACTTTAGATATTACTTGAACTACTTGATTATTAGCATAAAATTTTGTATTTAAAGCt < 2:2724130/134‑1 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:227650/1‑134 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:29962/1‑134 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:1491637/1‑134 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCtt > 1:1587959/1‑134 (MQ=255) atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:2339819/134‑1 (MQ=255) atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:227144/134‑1 (MQ=255) atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:2384499/134‑1 (MQ=255) atTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:398241/134‑1 (MQ=255) ttGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATATTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAACTTGt > 2:2039825/1‑134 (MQ=255) tGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa > 1:2309972/1‑134 (MQ=255) tatataATCTAACCAAATATTCATTAATCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAATCTTGTAAAt > 2:1908201/1‑134 (MQ=255) tatataATCTAACCAAATATTCATTAATCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGAAATTGATAGACGTACTTGATTATTATCAGAAAATCTCGCACTTAAAACTTGTAAAt > 2:470207/1‑134 (MQ=255) | TGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCT‑GCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATG > USA300TCH1516_ALE/2010233‑2010493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |