New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 37 (1.410) | 25 (1.340) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
20/200 | 0.1 | 48.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala |
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaactaaaatggacaagataaaa < 2:235646‑M1/2‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 2:252464‑M1/2‑1 (MQ=255) acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaatagataaaaaa < 2:250175‑M1/4‑1 (MQ=255) cacctgtacccatgcccaacacagaagttaagctccttagcctcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa > 1:284964‑M1/137‑141 (MQ=255) 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1:225213/1‑141 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAACTTATTTACTTaaacatta > 2:160898/1‑136 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTACTGTAGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta > 1:146577/1‑141 (MQ=255) ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa < 1:104781/141‑1 (MQ=255) acggaattgaagctccttagcgtcgagggtagtctaacttacgttccgctagagtagaacgttggcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga > 1:65725‑M1/117‑139 (MQ=255) agaggttatgctccgtagcgtcgatggtagtcgaacttgcgttgtgctagagtagaacgttgtcatgcagttttttaatcaaatgttggtgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAaatgttgata > 2:183226‑M1/115‑137 (MQ=255) 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2:34661‑M1/36‑1 (MQ=255) aCTGTTGTTAAGCAGTGTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa < 2:246691/141‑1 (MQ=255) ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggccgctgctttatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt > 1:221452‑M1/103‑141 (MQ=255) cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatacaatgggcaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAGAATGTAtgatta < 1:11098‑M1/40‑1 (MQ=255) gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt < 1:63396‑M1/46‑1 (MQ=255) gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTgtt < 2:4371‑M1/49‑2 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:144719/1‑141 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 1:14517/1‑141 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 2:174371/1‑141 (MQ=255) tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa < 2:86820‑M1/54‑1 (MQ=255) aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGACTTTGCGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa < 1:70070/141‑1 (MQ=255) tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAACACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa > 1:64705/1‑141 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 1:37193‑M1/65‑1 (MQ=255) ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 1:33831‑M1/68‑1 (MQ=255) gTATTTATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt < 2:188277/141‑1 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa > 2:88637/1‑141 (MQ=255) ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa < 1:174038/141‑1 (MQ=255) tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 2:38584/1‑141 (MQ=255) atgtgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAAGAATAACTTGAAGTAGTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc < 1:10784/138‑1 (MQ=255) agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa > 1:34661‑M1/65‑141 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATCACTTGAATTACTAACGAACAATACTAGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCTTCTCGGTAAGAAAAATAAACATCGAAAACTGaa > 2:92871/1‑141 (MQ=255) agaacgttgacaggaagttttttaatcaaatgttcgttaaaaaataaaatagagaggataaGAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg > 2:261101‑M1/62‑141 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAAGAAAATGAACATTGAAAACTGCATAacagt < 2:30927‑M1/85‑3 (MQ=255) 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1:160779‑M1/31‑141 (MQ=255) aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa > 1:155673/1‑141 (MQ=255) cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc > 2:225602/1‑141 (MQ=255) aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACATAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 1:122664/1‑141 (MQ=255) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAATtatacatta > 2:81276/1‑136 (MQ=255) cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCTAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:88751/1‑141 (MQ=255) 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2:121528/135‑1 (MQ=19) attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa > 1:208774/1‑141 (MQ=255) attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa > 1:276567/1‑141 (MQ=255) attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACATAACTATAAGTTACAAACCTTATTTa > 2:83530/1‑141 (MQ=255) atatAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:250175/138‑1 (MQ=255) tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:134198/141‑1 (MQ=255) | GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512481‑512759 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |