New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 512620 =37 (1.410)25 (1.340)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
20/200 0.1 48.7% intergenic (+688/‑6075) recR/speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
?USA300TCH1516_ALE 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+3329) USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 tRNA‑Val/tRNA‑Ala

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759
                                                                                                                                           |                                                                                                                                           
tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaactaaaatggacaagataaaa                                                                                                                                            <  2:235646‑M1/2‑1 (MQ=255)
tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                            <  2:252464‑M1/2‑1 (MQ=255)
  acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaatagataaaaaa                                                                                                                                          <  2:250175‑M1/4‑1 (MQ=255)
   cacctgtacccatgcccaacacagaagttaagctccttagcctcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                         >  1:284964‑M1/137‑141 (MQ=255)
        aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                                    <  1:186661/141‑1 (MQ=255)
         ttcccatgccgaacacagaagttaagcttcttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgatagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt                                                                                                                                   >  2:255332‑M1/131‑141 (MQ=255)
           cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagggtgttgccagccaattttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                 <  1:142963‑M1/13‑1 (MQ=255)
           cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                 <  2:141851‑M1/13‑1 (MQ=255)
                   gaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagattagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                         >  1:69909‑M1/121‑141 (MQ=255)
                      aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                      >  1:225213/1‑141 (MQ=255)
                      aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAACTTATTTACTTaaacatta                                                                                                                      >  2:160898/1‑136 (MQ=255)
                      aGGTGTAATTTTTACTGTAGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                      >  1:146577/1‑141 (MQ=255)
                       ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                     <  1:104781/141‑1 (MQ=255)
                       acggaattgaagctccttagcgtcgagggtagtctaacttacgttccgctagagtagaacgttggcaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                     >  1:65725‑M1/117‑139 (MQ=255)
                         agaggttatgctccgtagcgtcgatggtagtcgaacttgcgttgtgctagagtagaacgttgtcatgcagttttttaatcaaatgttggtgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAaatgttgata                                                                                                                   >  2:183226‑M1/115‑137 (MQ=255)
                            agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                <  1:292610‑M1/30‑1 (MQ=255)
                                aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaagatacCAAAATTTATTGACTTTCATGTTGATAAAATGta                                                                                                            <  2:242845‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                            <  2:188760‑M1/34‑1 (MQ=255)
                                 ttATTGGTGTGAAGAAGTATAAAAACATGTAAAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAAATTAAGAAATAAACTGTTATATTTTTTTAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                           <  2:51326/141‑1 (MQ=255)
                                 ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                           <  1:75594/141‑1 (MQ=255)
                                  gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                          <  2:34661‑M1/36‑1 (MQ=255)
                                   aCTGTTGTTAAGCAGTGTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                         <  2:246691/141‑1 (MQ=255)
                                     ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggccgctgctttatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                       >  1:221452‑M1/103‑141 (MQ=255)
                                      cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatacaatgggcaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAGAATGTAtgatta                                                                                                      <  1:11098‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                            gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                <  1:63396‑M1/46‑1 (MQ=255)
                                               gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTgtt                                                                                             <  2:4371‑M1/49‑2 (MQ=255)
                                                aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                            >  1:144719/1‑141 (MQ=255)
                                                   ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                         >  1:14517/1‑141 (MQ=255)
                                                   ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                         >  2:174371/1‑141 (MQ=255)
                                                    tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                        <  2:86820‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                                        aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGACTTTGCGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                    <  1:70070/141‑1 (MQ=255)
                                                              tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAACACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                              >  1:64705/1‑141 (MQ=255)
                                                               acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                             <  1:37193‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                                  ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                          <  1:33831‑M1/68‑1 (MQ=255)
                                                                  gTATTTATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                          <  2:188277/141‑1 (MQ=255)
                                                                    atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                        >  2:88637/1‑141 (MQ=255)
                                                                      ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                      <  1:174038/141‑1 (MQ=255)
                                                                       tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                     >  2:38584/1‑141 (MQ=255)
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                                                                           agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                 >  1:34661‑M1/65‑141 (MQ=255)
                                                                            gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATCACTTGAATTACTAACGAACAATACTAGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCTTCTCGGTAAGAAAAATAAACATCGAAAACTGaa                                                                >  2:92871/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                   gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAAGAAAATGAACATTGAAAACTGCATAacagt                                                         <  2:30927‑M1/85‑3 (MQ=255)
                                                                                   caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                         <  1:65766/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                       aaaagaagttttataataaaattatggttaaaaaatattttgaacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                     >  2:214114‑M1/53‑141 (MQ=255)
                                                                                          aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                  <  2:225213/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                             tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                               >  1:160779‑M1/31‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            >  2:225602/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACATAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                    >  1:122664/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAATtatacatta                   >  2:81276/1‑136 (MQ=255)
                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCTAAAAAACGTAACTATAAGTTa                   >  2:88751/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 <  2:26786/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGACGATAATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa               <  1:142989/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa             >  1:120961‑M1/13‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta          <  1:174371/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACATTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat         >  2:169467/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     agataaaaaaaaATATTAAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAAGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt       <  2:121528/135‑1 (MQ=19)
                                                                                                                                      attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa      >  1:208774/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa      >  1:276567/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACATAACTATAAGTTACAAACCTTATTTa      >  2:83530/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       atatAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     <  1:250175/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  <  2:134198/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                           
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.