| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,138,882 | T→C | 6.5% | K203K (AAA→AAG) | isdA ← | Iron‑regulated surface determinant protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,138,882 | 0 | T | C | 6.5% | 169.7 / 2.7 | 63 | K203K (AAA→AAG) | isdA | Iron‑regulated surface determinant protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/29); new base C (2/2); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
GTGTTTTAGTTTGATCTTTTGTTGTGTCAGTACTTACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGTAATTAATTTGTGGCACGACAATATGTAC > USA300TCH1516_ALE/1138743‑1139022 | gtgtTTTAGTTTGATCTTTTGTTGTGTCAGTACTTACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGttt > 1:5980/1‑141 (MQ=255) tAGTTTGATCTTTTGTTGTGTCAGTACTTACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGtt > 1:60525/1‑141 (MQ=255) gATCTTTTGTTGTGTCAGTACTTACAAATTTAGTGGATGGAGTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGTTGTTTTAGGTTGAGCTg > 1:344036/1‑141 (MQ=255) gttgtGTCAGTACTTACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGGTTTGGt > 1:10354/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTCTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAAc > 1:27871/1‑141 (MQ=255) tACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTCTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAAc > 1:27865/1‑141 (MQ=255) aCTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTCGGTGTTTTAGGTTGAGCTGTTTTTGGTTGAACCGGTTTAACCTTg > 2:112146/1‑141 (MQ=255) aCTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTg < 1:315209/141‑1 (MQ=255) tttAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTGTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGtt < 1:31739/141‑1 (MQ=255) tttAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTGACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGtt < 1:76877/141‑1 (MQ=255) gtagAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTCACATTGTTTGGt > 2:335552/1‑141 (MQ=255) gtgtTTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTtgc < 1:294496/141‑1 (MQ=255) tGATTGTCTTCAACCTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTtgct < 1:339179/141‑1 (MQ=255) ttGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCg < 2:370752/141‑1 (MQ=255) ttGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCg > 1:127291/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAgg > 1:335939/1‑141 (MQ=255) gttgtAGGTACAGTAGGTTTGTCTTTTTTGACTTTGTGTTTGGGTTGTGTAGTTTGCTGAGTAGGTGGTTTAGGTGTAGCTGGTGTGGGTGGGAGTGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAAtt < 2:84882/141‑1 (MQ=255) gTTGCAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCtttt < 2:395511/141‑1 (MQ=255) ttACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTTAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTTCTTCAGCTCATGTTCGAATTGCttttt > 2:216783/1‑141 (MQ=255) ttACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTACTGTCGTAATTGCttttt > 2:218630/1‑141 (MQ=255) aCAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTct > 1:253572/1‑140 (MQ=255) gTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAAt > 2:101687/1‑141 (MQ=255) tAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAAtt > 1:191128/1‑141 (MQ=255) aGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTc < 1:412325/141‑1 (MQ=255) ggTTT‑ACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCa < 2:376046/141‑1 (MQ=255) gTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGCATTGCTTTTTCACATTccc > 2:322605/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCg > 1:62572/1‑141 (MQ=255) ttttCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTACCCCTGTGTGGGGTTGCGGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCgta > 1:214571/1‑141 (MQ=255) ttCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCgtagt > 1:321046/1‑141 (MQ=255) acatgttggTTGGATTGGTTTAGGTTGTTCAGTAGGTGTGTTAGGTTGAGGTTGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGTAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGtata < 2:39330/134‑1 (MQ=255) aaCTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGtata < 2:488933/141‑1 (MQ=255) aaCTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAAGGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGtata > 1:387035/1‑141 (MQ=255) aCTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTatat > 2:75347/1‑141 (MQ=255) ggtggaCTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGAt < 1:10882/136‑1 (MQ=255) ggTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGTTTGtgttta > 1:90132/1‑136 (MQ=255) gTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGtaattaa > 1:394482/1‑141 (MQ=255) tttAGGTTGCTCAGTAGGTGTTTTATGTTGGGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGtaattaat < 2:236501/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGTAATTAATTTGTGGCACGACAata < 1:187997/141‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGTAATTAATTTGTGGCACGACAatat < 2:344036/141‑1 (MQ=255) tgtTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGTAATTAATTTGTGGCACGACAATATg > 2:425802/1‑141 (MQ=255) tttAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTTAACTGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGTTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGTAATTAATTTGTGGCACGACAATATGTAc < 1:327461/141‑1 (MQ=255) | GTGTTTTAGTTTGATCTTTTGTTGTGTCAGTACTTACAACTTTAGTAGAGTGATTGTCTTCAACTTTGCTTGTTGTAGTTACAGTAGGTTTAACTTTTTCAACTTTAGGTTGAACTGGTTTAGTTTGCTCAGTAGGTGTTTTAGGTTGAGCTGGTTTTGGTTGAACCGGTTTAACATTGTTTGGTTTTGCTGCGTCAGCTAATGTAGGAATTGCTTTTTCAAATTCCAAATGCGTAGTATATCTATGATTGTAATTAATTTGTGGCACGACAATATGTAC > USA300TCH1516_ALE/1138743‑1139022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |