| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | A→G | 30.2% | intergenic (+711/‑6052) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 512,643 | 0 | A | G | 30.2% | 83.7 / 39.4 | 63 | intergenic (+711/‑6052) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/18); new base G (12/7); total (38/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512503‑512781 | aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAATTCATCT‑TACTTTAGCAATGACTTGAACTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATTTta > 1:43248/1‑141 (MQ=255)aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGACATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGAATTAAAAGTta > 2:11410/1‑141 (MQ=255) tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGATGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaata > 2:286974/1‑141 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt > 1:278659/1‑141 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt < 1:87793/141‑1 (MQ=255) agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat < 1:263360‑M1/35‑1 (MQ=255) aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa > 1:81392/1‑141 (MQ=255) cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaaa > 2:247095/1‑140 (MQ=255) cttcttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa > 1:111218‑M1/105‑141 (MQ=255) gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta > 1:256198/1‑141 (MQ=255) gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt < 1:74462/141‑1 (MQ=255) gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt < 2:180974/141‑1 (MQ=255) gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc < 1:230505‑M1/44‑1 (MQ=255) gggaggttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTg > 2:208426/7‑141 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 1:280601‑M1/97‑141 (MQ=255) ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACT‑CTGCTGCTTGATGGTGAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 1:146522/1‑141 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 2:72648‑M1/52‑1 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt > 1:288900‑M1/90‑141 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 1:233087‑M1/53‑1 (MQ=255) aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa > 2:114287/1‑141 (MQ=255) aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTAAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTACTTTT‑AAAAAGTTATTGACTTATATGTTAATAAAATATATAATTAATTTTTGTCTCTAAGaa > 2:244457/1‑141 (MQ=255) gacgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAAGTCTTGTCGGTAAGa > 1:122786‑M1/86‑141 (MQ=255) cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt < 1:179595/141‑1 (MQ=255) taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAAATGAACa > 2:251288/1‑141 (MQ=255) gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACaat > 2:265783/1‑139 (MQ=255) tttatttGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAACATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATCCTCGTCCGTAAGAAAAATGAACATTGa‑a > 2:277784/1‑141 (MQ=255) tatttGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAGTATTTTTTAATTAATAACGAAAATGAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAAGTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa‑aaa < 2:2894/141‑1 (MQ=255) tttGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACATGCACATTCA‑AAACt > 2:298099/1‑141 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATAACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGaa > 2:126873/1‑141 (MQ=255) tgAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATg > 1:92941/1‑141 (MQ=255) tgAGGCAAACAAA‑ACAAATCAACATAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATg > 2:222925/1‑141 (MQ=255) cgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGTCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACaa > 1:166016‑M1/58‑141 (MQ=255) cgttgcaaggcagttctttaatcaaattgtggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACaa > 2:9903‑M1/58‑141 (MQ=255) aaacaaa‑acaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAata < 2:51021/141‑1 (MQ=255) aacaaa‑acaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAatat > 1:234529/1‑141 (MQ=255) caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATACTTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACg < 1:142300/141‑1 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 1:269157/1‑141 (MQ=255) aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 2:27100/1‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACCAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGA‑GAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtac > 2:186490/1‑139 (MQ=255) tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 2:278659/141‑1 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:277794/141‑1 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:260599/141‑1 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa < 2:122152/141‑1 (MQ=255) aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa < 2:92941/141‑1 (MQ=255) aatcttggtaaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATGAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa > 1:267922‑M1/34‑141 (MQ=255) attGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 1:193065/140‑1 (MQ=255) aaTTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAATGTGAAGGGCCTAAAGGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata > 1:135162/1‑141 (MQ=25) aaTTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGATATAACCTAAAATATGAATAAAATGTATAATTAATTCTTAGCGGTAAGAAAAAT‑ATCAACGAGAAACTGAATGACAATATGTCAACGTGAATACCAAAAAACGTAACtata > 2:126294/1‑141 (MQ=21) tACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt < 2:256198/141‑1 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATATCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 2:209080/1‑141 (MQ=255) aaatggacaagataaAAAAAGTCAGTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa > 1:194280‑M1/16‑141 (MQ=255) tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:175715‑M1/13‑141 (MQ=255) tggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAGAATGTATAATTAATTCTTATCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 2:268599‑M1/13‑141 (MQ=255) attaattTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTAAATGACAATATGTCAACATTAATTCCAAAAAACGTACCCATAAGATCCAAACatta > 2:27445/1‑141 (MQ=255) tgtt‑AAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 2:33692/139‑1 (MQ=255) gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa < 1:238055‑M1/136‑1 (MQ=255) aaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt < 1:265811/141‑1 (MQ=255) aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTTAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAATTACAAAATTTATTTATTATTTATg > 1:48512/1‑141 (MQ=21) gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 1:247327/1‑141 (MQ=255) aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt > 2:169165/1‑141 (MQ=255) ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTGGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa < 2:144274/141‑1 (MQ=255) gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTATGATTTATGAGCTaaa > 2:86613/1‑140 (MQ=255) tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTCATGAGCTAATCaaa < 2:225703/141‑1 (MQ=255) gTTGATAAAATGTATAATTAATTGTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca < 2:263360/141‑1 (MQ=255) ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat > 1:137854/1‑141 (MQ=255) ttAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAAATTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATTAGCTAATCAAAcatcat < 2:43248/141‑1 (MQ=18) | AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAA‑ACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTT‑AAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGA‑AAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/512503‑512781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |