| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 22 (0.790) | 39 (1.600) | 25/246 | 0.1 | 63.8% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 25 (1.030) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/909601‑909880 | ggTTGTTATCAAGGAAAAAAAAAGGGAATAATTTTGAAACAAAGGGCACACGT‑TAAATGCCGTTGGTATATTGTGCTGATGATGAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAat < 2:313698/141‑1 (MQ=255) gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt < 2:186661‑M2/141‑3 (MQ=255) gatggtttCAATGGAAAAAAAAGGTCAAAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAatt < 2:258561/136‑1 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAATAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTACTTGATAATCTGGCTCAttt < 2:302333‑M2/141‑4 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta < 1:119285‑M2/141‑4 (MQ=255) aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCata > 1:121610/1‑141 (MQ=255) ggTATAATTTTGAAACAAAGGGAAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaatt > 2:109442‑M2/1‑116 (MQ=255) tAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGTGATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaat > 2:36025‑M2/1‑112 (MQ=255) tAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaat > 2:303256‑M2/1‑112 (MQ=255) aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 1:217205‑M2/1‑111 (MQ=255) aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTACCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata > 2:212635‑M2/1‑111 (MQ=255) ttttGAAACAAAGGGCAAGTGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaa > 2:210122‑M2/1‑109 (MQ=255) ttttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATATGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaa > 1:169249‑M2/1‑109 (MQ=255) aaCAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTaa < 1:37176/141‑1 (MQ=255) aGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAGAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGa < 2:304888/141‑1 (MQ=255) 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1:238893/141‑1 (MQ=255) at‑aataAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTATCGTGACTTTGATGTGCtttt > 2:269979/1‑141 (MQ=255) taaAGTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggt > 2:141270‑M2/1‑79 (MQ=255) ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGTTGTTGTTGGGCTTtttaatttaa > 2:128376/1‑141 (MQ=255) ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa < 2:148546/141‑1 (MQ=255) ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa < 2:74305/141‑1 (MQ=255) 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1:175824‑M2/141‑72 (MQ=255) tataAATGCATATATAACAATGGTTTGATTGCCCGTGAATTTCCTTGAGAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaa > 2:77860‑M2/1‑60 (MQ=255) ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaa < 1:276703‑M2/141‑83 (MQ=255) aaTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGatat < 2:317807/141‑1 (MQ=255) aaCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcaca < 1:6635‑M2/141‑97 (MQ=255) aaTGTTTTGATTGCGCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataatacaaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa > 2:161024‑M2/1‑42 (MQ=255) 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1:117062/141‑1 (MQ=255) ttttttTATTGCATTTGAACTTCCTTTATAATCTGGTTAATTATTCCTGCTATATAAGTCTTATTAATGGCTCAGTAGTGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCt < 2:261319/139‑1 (MQ=255) ttttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccagttaaataaaaataccctttaataacaacgattaatgtgttctttttatggtctggaaaataaaacagggcacaaaagtgg < 2:183241‑M2/141‑104 (MQ=255) tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt > 1:36452/1‑141 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggtgttatttttttggtattgaaactaaaaaagagcacaaaagtggcc < 2:2348‑M2/141‑106 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacacaaggggca < 2:186039‑M2/141‑106 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttattattatggtattgaaaataaaaaaggtcataaaaggggca < 2:41966‑M2/141‑106 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagggcttatttttgttctattcaaactaacaaaggtcacaaaagggtca < 2:305152‑M2/141‑106 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccatttaataacaagtactaaggggctattgtgagggtattgaaaataaaacagagcacaaaaaggtaa < 2:296076‑M2/141‑106 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag < 2:28703‑M2/141‑107 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTACTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaaggaaacaaaaaggacag < 2:133525‑M2/141‑107 (MQ=255) 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2:84539‑M2/141‑121 (MQ=255) cTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagtgcacaaaaggggcagtatatgcaaattat < 2:84462‑M2/141‑121 (MQ=255) ccTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtgccctacattattttttagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcga < 1:219863‑M2/141‑124 (MQ=255) cTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACCTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCta > 1:163887/1‑141 (MQ=255) tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttcataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatt < 1:288178‑M2/141‑127 (MQ=255) aTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcat < 1:94908/141‑1 (MQ=255) 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GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAAT‑AATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/909601‑909880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |