| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 36 (1.200) | 35 (1.720) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
27/190 | 0.0 | 59.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2176447 = | 35 (1.160) | intergenic (+209/+5086) | ilvA/USA300TCH1516_02069 | L‑threonine dehydratase biosynthetic IlvA/tRNA‑Gly | |||||
ACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTC > USA300TCH1516_ALE/2176307‑2176586 | acattACACTTCTCCTTTCGTCAGATACAAACTGTTTCACTTCGCGAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACttttt < 2:314842/138‑1 (MQ=14) cTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTg > 1:62531/1‑141 (MQ=255) tgacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCt > 1:43996‑M2/137‑141 (MQ=255) tgacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCt < 1:335765‑M2/5‑1 (MQ=255) gacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTg > 1:41107‑M2/136‑141 (MQ=255) aCATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTg < 1:165064/141‑1 (MQ=255) catattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGc < 1:170401‑M2/8‑1 (MQ=255) aTTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGc < 1:280128/141‑1 (MQ=40) tattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttctccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCaa < 2:178008‑M2/10‑1 (MQ=255) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:51823/141‑1 (MQ=40) tctcGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAAc < 1:281502/141‑1 (MQ=40) gttgtcatacagttttagatgatgatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 2:243039‑M2/11‑1 (MQ=255) attgtcattcagttgtcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaattggattaaaaaacTGCCTGGCAAc < 1:329714‑M2/11‑1 (MQ=255) tcattcagtgttaaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTc < 2:98150‑M2/15‑1 (MQ=255) ttcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:183311‑M2/18‑1 (MQ=255) tCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCAATTTTTGCCTGGCAAAGTTCTAc > 1:48989/1‑141 (MQ=25) tgagttttcaatgttcagttgtcttaccgacaagaattaattatacattatatcaacatgtaagtcaataactttttttatcgtgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTAct < 2:287213‑M2/19‑1 (MQ=255) tcagttttcaatgttaatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatataaggcaagaactttttgtatgttgtccatttgattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTAct < 2:323448‑M2/19‑1 (MQ=255) cGTTAGAGTCAAACTTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTTTTTGTGTTTGCTTTTATTTTCACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAct < 2:81073/141‑1 (MQ=14) gTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTCTTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGCCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCAACTTTTTGCCTCGCAACGTTctcctc > 2:165427/1‑141 (MQ=14) ttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaatcatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaatttttattaaaaaacTGCCTGGCTACCTTCTACTCtat > 2:286304‑M2/119‑140 (MQ=255) aTTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATAGCATACACTTTTTGCCTGGCAACGTTGTACTCTAGCg > 1:234854/1‑141 (MQ=255) aCGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGt < 1:177845/141‑1 (MQ=39) tttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg > 1:170918‑M2/104‑141 (MQ=255) cttaccgacaagaattaatgatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaattttattaaaaaacTGCCTGTCAACTTTCTACTCTCTCGTAACGTAAGTTCTACt < 2:218606‑M2/41‑1 (MQ=255) tCGCCAAGCCAACTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATACACTTTTTGCATGGCAACGTTCTACTCTAGAGGAACGTAAGTTCGACTa > 2:147507/1‑141 (MQ=255) taccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTACATTTCAAAGTTTTACTCTATAGGAAAGTATTTTCGTCtaa > 2:315845‑M2/99‑140 (MQ=255) gacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc < 1:332985‑M2/47‑1 (MQ=255) acaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattacaatacAGCCATTCAATGTTCTACTCTAGCGGTACGTAAGTTCGCCTACCCtct > 2:38785‑M2/94‑140 (MQ=255) agaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:299744‑M2/51‑1 (MQ=255) ttatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGTCAACTTTCTACTCTAGCGGTATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTaaggcg > 2:344098‑M2/83‑139 (MQ=255) cattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa > 1:11639‑M2/78‑141 (MQ=255) tttGCTTTTATTGTTAAGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc < 2:29538/141‑1 (MQ=255) ttttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAAGGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt > 1:199119‑M2/76‑141 (MQ=255) ttGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGGCGCTAAGGAGCTTAACt > 1:207315/1‑141 (MQ=25) tttATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgt < 1:214138/141‑1 (MQ=32) tcactagttaagtcaatcactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaattttattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGTAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgt < 1:20370‑M2/71‑1 (MQ=255) 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1:195695‑M2/63‑141 (MQ=255) aagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTATCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCAt > 2:201629‑M2/62‑141 (MQ=255) ttttAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:279273/141‑1 (MQ=33) tcaataactggtatgaacttgtccattgtattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 2:296701‑M2/83‑1 (MQ=255) ctttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:255948‑M2/90‑1 (MQ=255) cATAAAAAAAGAGTCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 2:109750/141‑1 (MQ=21) cATAAAAAAAGAGACCTGGCGGTTTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGACTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 2:110048/141‑1 (MQ=255) tttttttttcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtg < 1:197410‑M2/91‑1 (MQ=255) tttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGtgtg > 1:33472‑M2/49‑141 (MQ=255) ttttatcttgtcccttttattgtttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:190399‑M2/94‑1 (MQ=255) ttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:229027‑M2/94‑1 (MQ=255) ttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:212603‑M2/94‑1 (MQ=255) aaaaaaGCGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 1:285833/141‑1 (MQ=17) aaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGACACGTAACTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 1:115855/141‑1 (MQ=12) gagaCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCCTGGGCACAGGTGTGAcctcct > 1:111523/1‑141 (MQ=17) tgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTg < 1:233360‑M2/102‑1 (MQ=255) gaCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTg < 1:196772/141‑1 (MQ=32) aCCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc > 1:218154/1‑141 (MQ=32) tGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAGGTGTGCCCTCCTTGCtata > 1:58354/1‑141 (MQ=17) tGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata > 1:145362/1‑141 (MQ=32) attttattgttaaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 1:3910‑M2/107‑1 (MQ=255) cGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 2:218154/141‑1 (MQ=32) ttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc > 1:59721‑M2/32‑141 (MQ=255) attttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc > 1:333584‑M2/30‑141 (MQ=255) tttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 2:63867‑M2/114‑1 (MQ=255) tttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:41107‑M2/116‑1 (MQ=255) tttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:43996‑M2/116‑1 (MQ=255) gCGGCTCAGCGCACGCACGTGTTGCCTGGCAACGTTCGACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 2:64807/141‑1 (MQ=11) gCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 1:24701/141‑1 (MQ=32) caaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg > 1:124279‑M2/20‑141 (MQ=255) tCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa > 1:3043/1‑141 (MQ=32) tCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa > 2:30532/1‑141 (MQ=32) aatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTACTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTTTAGTCTCCAGAGATATAAAt > 2:51891‑M2/17‑141 (MQ=255) aTCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAAt < 1:332002/141‑1 (MQ=33) aCTTTTGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGATTACTATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATtata < 2:122875/141‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTc < 2:45856/141‑1 (MQ=32) ttGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTc < 2:62531/141‑1 (MQ=32) | ACTTTACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTGTTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAATTATACATTC > USA300TCH1516_ALE/2176307‑2176586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |