Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,540,760 A→G 10.3% F146S (TTC→TCC)  hepT ← Heptaprenyl diphosphate synthase component 2

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,540,7600AG10.3% 165.3 / 8.9 58F146S (TTC→TCC) hepTHeptaprenyl diphosphate synthase component 2
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (31/21);  new base G (3/3);  total (34/24)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01

ACAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATCCCAT  >  USA300TCH1516_ALE/1540625‑1540897
                                                                                                                                       |                                                                                                                                         
aCAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGt                                                                                                                                      <  1:131636/141‑1 (MQ=255)
aCAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGt                                                                                                                                      <  1:155614/141‑1 (MQ=255)
aCAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGt                                                                                                                                      <  1:111681/141‑1 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:244044/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:429119/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  2:102162/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:346009/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:310223/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:233245/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:210736/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:196228/1‑141 (MQ=255)
          tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGATAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc                                                                                                                            >  1:210703/1‑141 (MQ=255)
                    agaAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAAc                                                                                                                  >  2:323028/1‑141 (MQ=255)
                       aGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGAt                                                                                                               >  1:242570/1‑141 (MQ=255)
                       aGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGAt                                                                                                               >  1:60525/1‑141 (MQ=255)
                       aGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGGAAAGTTCATGGTGACTAACATCAACGAt                                                                                                               >  1:370771/1‑141 (MQ=255)
                             tGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTc                                                                                                         >  2:293897/1‑141 (MQ=255)
                              gCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCa                                                                                                        >  1:30521/1‑141 (MQ=255)
                              gCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCa                                                                                                        <  2:336501/141‑1 (MQ=255)
                              gCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCa                                                                                                        <  2:336530/141‑1 (MQ=255)
                                aCCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGa                                                                                                      <  1:244131/141‑1 (MQ=255)
                                  cAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGata                                                                                                    <  2:459870/141‑1 (MQ=255)
                                        cAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAAtt                                                                                              <  1:117538/141‑1 (MQ=255)
                                        cAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAAtt                                                                                              <  2:379547/141‑1 (MQ=255)
                                        cAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAAtt                                                                                              <  1:41549/141‑1 (MQ=255)
                                               tatTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTac                                                                                       >  1:401156/1‑141 (MQ=255)
                                                         aaCAGTGCTGTTTTGCGATTGACACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAACTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCt                                                                             <  2:354645/141‑1 (MQ=255)
                                                             gTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTaa                                                                         >  2:353891/1‑141 (MQ=255)
                                                             gTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTaa                                                                         >  2:445158/1‑141 (MQ=255)
                                                             gTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTaa                                                                         >  2:53498/1‑141 (MQ=255)
                                                                    tttGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCAt                                                                  >  1:59854/1‑141 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      >  1:347059/1‑141 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      <  2:458477/141‑1 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      >  1:144389/1‑141 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      >  1:167056/1‑141 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      <  2:22814/141‑1 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      <  2:241152/141‑1 (MQ=255)
                                                                                aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg                                                      <  2:326954/141‑1 (MQ=255)
                                                                                 cgtcgtAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGt                                                     <  1:51403/141‑1 (MQ=255)
                                                                                         ataattaattattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCTCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGc                                             <  2:219597/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          taattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGcc                                            <  2:425452/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa                                           <  2:58227/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa                                           <  2:254651/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa                                           >  2:131834/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa                                           >  2:355538/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            attaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCaa                                          >  2:164954/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    ttGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAAt                                  >  1:59206/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   tAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAg                   >  2:115405/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aaaTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGc                  >  2:449287/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aaaTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGc                  >  2:158131/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    aaaTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGc                  >  1:18160/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAg                >  1:35252/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                aaaTTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATc      >  2:386311/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaTTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATcc     <  2:370771/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaTTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATcc     <  2:242570/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaTTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATcc     <  2:60525/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  aTTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATccc    >  1:247746/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    tGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATCCCAt  <  2:401156/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       |                                                                                                                                         
ACAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATCCCAT  >  USA300TCH1516_ALE/1540625‑1540897

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑