| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | G→A | 25.0% | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 → | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | 0 | G | A | 25.0% | 85.5 / 25.5 | 44 | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/22); new base A (5/6); total (16/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
CTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGA > USA300TCH1516_ALE/2462627‑2462897 | cTCAAACGTATACAGGCTAAATCATGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCa < 2:175147/141‑1 (MQ=255) gTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATAc > 2:169248/1‑141 (MQ=255) gTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATAc > 2:219250/1‑141 (MQ=255) cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTTAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAtt < 2:357182/141‑1 (MQ=255) cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAtt < 2:448806/141‑1 (MQ=255) cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAtt < 2:260501/141‑1 (MQ=255) cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAtt < 2:275732/141‑1 (MQ=255) cAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAtt < 1:300236/141‑1 (MQ=255) aGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTACAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAttt < 1:365183/141‑1 (MQ=255) aGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAttt < 1:145397/141‑1 (MQ=255) aGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAttt < 1:258360/141‑1 (MQ=255) aGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCAttt < 1:269526/141‑1 (MQ=255) aTCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCAtt > 2:255383/1‑141 (MQ=255) cGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTaa > 2:379558/1‑141 (MQ=255) cGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTaa > 1:330778/1‑141 (MQ=255) cGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTaa > 2:295759/1‑141 (MQ=255) ggAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAAttt < 1:323902/141‑1 (MQ=255) ggAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAAttt < 1:400612/141‑1 (MQ=255) aaCGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGt > 1:182835/1‑141 (MQ=255) cttaGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGa < 1:219250/141‑1 (MQ=255) aaTGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCt > 1:348368/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCagaaga < 2:128678/141‑1 (MQ=255) aaCACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCagaaga < 1:284384/141‑1 (MQ=255) acacCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAgaagaa < 2:348368/141‑1 (MQ=255) acacCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAgaagaa < 1:243018/141‑1 (MQ=255) tCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCg < 1:327112/141‑1 (MQ=255) tCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCg < 2:392438/141‑1 (MQ=255) cGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTCATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCAGCTa > 1:246696/1‑141 (MQ=255) tataAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGt < 2:182835/141‑1 (MQ=255) taAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGCACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTaa < 2:366687/141‑1 (MQ=255) taAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAAACTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTACCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTCCCGTaa < 2:402189/141‑1 (MQ=255) aaaCGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATGCGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCGGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAAc < 2:249414/141‑1 (MQ=255) tggtggTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAgg < 2:104262/141‑1 (MQ=255) tggtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTaa > 1:189194/1‑141 (MQ=255) tggtACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTaa > 1:42237/1‑141 (MQ=255) tggtACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTaa > 1:187165/1‑141 (MQ=255) tGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGa < 1:97525/141‑1 (MQ=255) tGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGa < 1:44228/141‑1 (MQ=255) | CTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGA > USA300TCH1516_ALE/2462627‑2462897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |