Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 97.7% | 4343.5 / 41.9 | 958 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/17); new base . (532/404); total (534/424) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. |
Only 100 of 1048 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCCCCCAGTATTGAAGGATCTTG‑GTCGGTTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 1:2097081/1‑141 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGCAGGA‑CTGGAGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa < 1:3224630/141‑1 (MQ=255) ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 1:619387/1‑141 (MQ=255) gtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaa > 1:2893979/1‑141 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 2:3317254/1‑141 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑TTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACACAT‑AAAAACTATACAtt > 2:2331877/1‑140 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCt > 1:1015506/1‑141 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa > 1:2184327/1‑141 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 1:3457821/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 2:3620454/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 1:2828616/141‑1 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa < 1:2242539/141‑1 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 1:3575248/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 2:1358750/141‑1 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 1:1995767/1‑141 (MQ=255) aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt > 1:1598210/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:2554603/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa > 2:3166079/1‑141 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa < 1:1318259/141‑1 (MQ=255) aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 1:3080354/1‑141 (MQ=255) aCAGGGATGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTATTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaa < 1:3817550/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATTCATTTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:1863502/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTCAtctat > 1:988844/1‑137 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:2424731/1‑141 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATACAAAATaa > 2:4114657/1‑140 (MQ=255) tatCACCAAGTATTGAAGGACCTAT‑GTTTTCTCCATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:2648541/139‑1 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATACTTGTGGGTGCAAGTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 1:4375371/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTTAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 1:3151158/141‑1 (MQ=255) aCCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa < 1:3269222/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAGGATCTTG‑GTTTGCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 1:1907792/141‑1 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAAAATTAGAGAat > 2:673495/1‑141 (MQ=255) aTTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata > 2:3878380/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:1449488/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 2:1071842/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTGTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAGTTAAAGAATATAGa > 1:3735460/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa > 1:1534666/1‑141 (MQ=255) aaGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATACTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGATTAAATTAATGAAAAATAACATTAGAGAATATAGa > 2:718278/1‑141 (MQ=255) gATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATACAATTAGAGAATATAGaaaa > 2:1254767/1‑141 (MQ=255) ttG‑GTTTTATCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaa < 2:920268/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCATAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAA‑AAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 1:1401811/141‑1 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg > 2:2056171/1‑141 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 2:2235017/1‑141 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATACTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGCAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:1661340/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt > 1:2666589/1‑141 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAtttt > 2:3996595/1‑140 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:472237/141‑1 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtct < 1:514988/141‑1 (MQ=255) aaagcacgAAATTTTCTTTATAAGGCAAGTACTATTTCTTAAGCTGTTTAAATACTATACTACAAA‑GAAAAAAGATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATACAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 2:2196156/134‑1 (MQ=255) tatGCAGAAATTTTCTTTATAATTATAGCACTAATTCTTATGGTGTTTAATTACTATACTATAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAACCCAAAAAGGAATTTCTCa < 2:2720824/141‑1 (MQ=255) accAGAAAATTTATTAATAATTGTAGAACTATAACTTATACTGTATAAATACTATAAAACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:2973037/140‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 1:573598/1‑141 (MQ=255) aGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGATTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGAAATTTCTCAAGaaa > 2:189348/1‑141 (MQ=255) aGAAAGTTTATTAATAATTGTAGCAATATTTCTTATGCTATTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAATGATAAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaaa < 2:3843263/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 2:1434881/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 2:3732659/1‑141 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGGAAAATTTCTTTTGCTGTTTAATGAATATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 2:1707536/141‑1 (MQ=255) tttatttaTAAATATATAACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa < 2:468448/141‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa > 1:2319266/1‑141 (MQ=255) ttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 1:1816973/141‑1 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:2598942/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 2:2509346/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGACACTTTAAGTa > 2:3245130/1‑141 (MQ=255) taATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGaa > 2:4392278/1‑141 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAt < 1:405512/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTAAATTAATGAAAAACAGAATTAGAGAATATAGCAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGACACTTTACGTAAAGAAtt > 2:61535/1‑141 (MQ=255) tGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaa > 1:1104416/1‑141 (MQ=255) ttatcACTATTTCTTATGCTGTTTACTTACTATACTACAAAT‑CAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa < 1:706599/137‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 2:799714/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTGAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:3388194/1‑141 (MQ=255) cACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGTAACTAAAAGTAAAGAATTAAAAgag > 2:1551114/1‑139 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAACAATTAAAAgtat > 2:2895485/1‑139 (MQ=255) aaaTTTCATATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:1640486/139‑1 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACAACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg < 1:1198104/141‑1 (MQ=255) atacatATGCAGTATAAATACTAAACAACAAAT‑AAAAAATATACATCAAAAAGTAAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTACGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg < 2:3057323/136‑1 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 1:4297863/1‑141 (MQ=255) attATGGTGTTTAAATACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa < 2:4212844/140‑1 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc > 1:1728706/1‑141 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAACGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 2:553621/141‑1 (MQ=255) aTGCTGTTGAAATACGATAGGACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 2:2100121/141‑1 (MQ=255) gCTGTTTAATTACTAGACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 1:2732684/141‑1 (MQ=255) gCTGTTTAATTAATATAAAAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAAAAAATAAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 2:3355711/141‑1 (MQ=255) cTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt > 1:4128132/1‑141 (MQ=255) gTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTa < 1:880256/141‑1 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 1:8078/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTAAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc > 1:3009555/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATAAAACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 2:3575248/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa < 2:2424731/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGACTCAAAAGAGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:1772817/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTA‑ACAACAAAAATTATACATCTGAAGGTTAACTTCTTCGAAGAAAAAAAACGTAAATTTATAAAATAAAAAGAAAATTCTCAATAAACATTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:4292716/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:4190722/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:3357314/1‑141 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 2:394043/1‑141 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 2:3475558/1‑141 (MQ=255) taatatactaAAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCCAt < 2:1838492/138‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:3972932/1‑141 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg < 1:3655769/141‑1 (MQ=255) atactaCAAAT‑AAAAAATATACATCGAAAGATTAAATTAATGAAAAATATAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa < 1:4248522/141‑1 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaaa > 1:3880005/1‑140 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc > 1:2522856/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaaaaATATAAATAGAAAGGATAAAATAAAGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATGAATGAAGAAAAATTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAGGAAAAATATTAATGCAATAGAAAACaa < 2:2793755/140‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTG‑GTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |