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  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 512620 =394 (1.080)278 (1.100)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
108/180 NT 50.6% intergenic (+688/‑6075) recR/speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
?USA300TCH1516_ALE 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+3329) USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 tRNA‑Val/tRNA‑Ala

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AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760
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gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaagaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                               <  2:2853961‑M1/1‑1 (MQ=255)
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     gTTTAGAACAGATGAAAAAATTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGATTAAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                          <  2:691115/141‑1 (MQ=255)
     gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                          <  2:4077044/141‑1 (MQ=255)
       ctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGtt                                                                                                                                        <  1:2288619‑M1/8‑1 (MQ=255)
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                   cgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggaagtggaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                            >  1:3002631‑M1/122‑141 (MQ=255)
                    gaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttacacacattttggttaacaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                           >  1:2021645‑M1/121‑141 (MQ=255)
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                             agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagatcaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                  <  1:1441651‑M1/30‑1 (MQ=255)
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                                                                                gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAaatta                                                              <  2:1346886‑M1/81‑3 (MQ=255)
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                                                                                                                                            |                                                                                                                                             
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.