New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 394 (1.080) | 278 (1.100) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
108/180 | NT | 50.6% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala |
Only 100 of 852 total aligned reads displayed.
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > USA300TCH1516_ALE/512480‑512760 | gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaagaaataaaatggacaagataaa < 2:2853961‑M1/1‑1 (MQ=255) aGGGCGTTAAGTATAAATGACAAAAGTGTAATTTATACTGTTGTAAAGAAGTTAGAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAAAAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa < 2:3426104/141‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa > 1:2965355/1‑141 (MQ=255) gTTTAGAACAGATGAAAAAATTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGATTAAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg < 2:691115/141‑1 (MQ=255) 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2:1441651‑M1/24‑141 (MQ=255) tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 1:2697250/1‑141 (MQ=255) aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 2:1051696‑M1/21‑141 (MQ=255) ataacctgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATACTAGCAGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGAAAATATGACAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:4211888‑M1/19‑141 (MQ=255) aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa > 2:2771401‑M1/16‑141 (MQ=255) cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa < 1:15664/141‑1 (MQ=255) 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2:876072‑M1/136‑6 (MQ=255) ttttAAACATCTACTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:1188208/141‑1 (MQ=255) ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg > 2:1531858‑M1/5‑141 (MQ=255) aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAACATTATTTAGTa < 2:3840184‑M1/139‑1 (MQ=255) | AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATT‑GAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > USA300TCH1516_ALE/512480‑512760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |