New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 895785 =318 (0.870)29 (0.090) 23/226 NT 9.5% coding (806/822 nt) metQ_2 Methionine‑binding lipoprotein MetQ
?USA300TCH1516_ALE = 909740 276 (0.870)intergenic (‑663/‑371) USA300HOU_RS04500/csbD_1 hypothetical protein/Stress response protein CsbD

Only 100 of 385 total aligned reads displayed.

TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  USA300TCH1516_ALE/909600‑909880
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  gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                             <  2:784103‑M2/141‑3 (MQ=255)
   ttgttTTCAAGGGCAAAAACAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCGCTTAAACTCACTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                            <  2:1939487‑M2/141‑4 (MQ=255)
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                   aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                                            <  1:4232593/141‑1 (MQ=255)
                     aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATACATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCTTTTAACTGTCTTGATAATCTGGCTGAttattcgtgttatatagattt                                                                                                                          <  2:109740‑M2/141‑22 (MQ=255)
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                      aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTACTGCTAAATAAATCat                                                                                                                         >  2:3209502/1‑141 (MQ=255)
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                        gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                                       >  1:701261/1‑141 (MQ=255)
                              aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaata                                                                                                                 >  1:1498963‑M2/1‑111 (MQ=255)
                              aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATgg                                                                                                                 <  1:847002/141‑1 (MQ=255)
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                                        cAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACg                                                                                                       <  1:4114099/141‑1 (MQ=255)
                                          aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTg                                                                                                     <  1:2015048/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                   aaTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATGCCATTTCTATGGCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATg                                           <  1:3234345/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagtggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcaccaaaggggca                                      <  2:1182927‑M2/141‑106 (MQ=255)
                                                                                                          tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcgtaaaaggggcag                                     <  1:665020‑M2/141‑107 (MQ=255)
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                                                                                                                    tGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACCGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa                          <  2:2278402/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    tGAACTTCCTAGATAATCTGGCTAATGATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGTGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa                          <  2:2756981/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    tGAAATTTCTTGGTAAGTTTGCTTATTATTCCTGCTTAATAAATCCTTTTTATGGCTCAGTTACCTTATTTTTTTTGGGTTTTTAATTTTAAACAGGATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa                          <  2:2310013/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                     aaaCTTCGTTGGTAATCTGTCTAATAATTCCTGCTAAAAAATTCATGTTAATGTCTCAGTAACGTTATGTTGCTGGGCTTTGTAAGTTAAACTGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTaa                         <  2:2174977/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       aCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTaaaa                       <  2:1330001/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ccTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAGTGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATcat                   >  2:48826/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                           ccTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCt                   <  1:1697266/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ccTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCt                   >  1:3987014/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTACTTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata                >  1:2765507/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGTAATGAGATGCTATTACTGATTAAGTTAAATCCtttc                >  1:770293/1‑138 (MQ=255)
                                                                                                                              tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTATAATCCtata                >  2:1887370/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata                >  1:2030167/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 tAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgc             <  1:581850/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca            >  2:3964176/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgc         <  1:2265537/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg        >  1:3747225/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                        gCTAGTTAGTACTGCTAAATAAATGATATTAATGTCTTAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGATATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTg      <  2:940889/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        gCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCAGGCGTg      >  1:2387471/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                         cTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGc     <  1:1051293/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           aattattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaaaaaa    <  1:544125‑M2/141‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                           aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTa   >  1:1595354/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            attattgctactaaataaaatcaattaaaaaaaaataccctataaaaacaacgattaaggggttatttttgtgatattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaaaaaat   >  2:4400510‑M2/1‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                             
TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  USA300TCH1516_ALE/909600‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.