Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 618,387 | T→C | 6.0% | D1163D (GAT→GAC) | sdrD → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 618,387 | 0 | T | C | 6.0% | 1046.5 / 6.4 | 414 | D1163D (GAT→GAC) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (192/177); new base C (25/9); total (220/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 442 total aligned reads displayed.
GGATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTC > USA300TCH1516_ALE/618247‑618527 | ggATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCgat < 1:2377376/141‑1 (MQ=255) ggATACTACGAAGAACAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCgat < 1:3546710/141‑1 (MQ=255) ggATACGACGAAGAAGAAACATCGGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCgat < 2:1101868/141‑1 (MQ=255) gaaTACGACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATGCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGAGAGCGATTCAGATTCAGATAGCgat < 2:1828084/139‑1 (MQ=255) aTACTACGAATAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCgattc < 1:3264020/141‑1 (MQ=255) tactaaGAAGGAGGAACATCAGAGAGGGTCTAGGATGCTGACAGGGGCTCAGATTGAGACAGAGAGTCAGACTCAGATAGGGATTCAGACTCGGATAGCGATTAAGCTACAGCGTATGTACCAGATGCAGATAGCgattca < 2:327368/141‑1 (MQ=255) actacGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAg > 1:105661‑M2/1‑140 (MQ=255) acGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAgatt < 1:3847839‑M2/141‑5 (MQ=255) acGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAATCAGAATCAGATAGCGACTCAgatt < 2:3484620‑M2/141‑5 (MQ=255) gaagaagaaACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAgattca > 1:547456‑M2/1‑135 (MQ=255) aagaagaaACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAgattcag > 1:3987813‑M2/1‑134 (MQ=255) gaagaaACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAgattcagac > 2:3091883‑M2/1‑132 (MQ=255) gaaACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAAACAGCGCCTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTcatacaga > 2:4394233/1‑141 (MQ=14) gaaACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTcagacaga > 1:1960622/1‑141 (MQ=255) gaaACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTcagacaga < 1:1451/141‑1 (MQ=255) aaaCATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAgagtcagacagcg < 2:3670590‑M2/141‑14 (MQ=255) caacAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGACTAAGATTCAGACAGAGACTCAGACGCAGATAGTGATACAGACTCGGATAGAGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACt < 1:1818392/138‑1 (MQ=18) aTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTc > 2:11835/1‑141 (MQ=11) tCAGATATCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCa < 2:2572968/141‑1 (MQ=255) tCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCa < 1:2669536/141‑1 (MQ=255) aGATAGCGACTCAGATTCGGGCAGCGACTCAGATTCAGGCAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGa < 1:963761/141‑1 (MQ=255) gATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGAGACTCAGAt > 2:2264117/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGt < 2:1035441/141‑1 (MQ=255) gCGTCTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTg < 1:2502774/141‑1 (MQ=255) cGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGa > 1:2774217/1‑141 (MQ=255) cGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATACTGa > 1:4225778/1‑141 (MQ=255) cTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGAGAGAGAATCACATTGTGagac > 2:3615634/1‑138 (MQ=14) aGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGa > 1:3072499/1‑141 (MQ=255) gATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGAc < 1:2698763/141‑1 (MQ=255) tCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCa > 1:915175/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagc > 1:301203/1‑141 (MQ=255) gCGACTCACATTCAGACAGAGACTCAGACCCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGGTTCAGCCAGCGATTCAGAGTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcg < 1:2301011/141‑1 (MQ=21) ggACTTAGATTCAGACAGAGAGTCAGACTTAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcga < 2:3557407/140‑1 (MQ=255) gACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCCCTGCCTGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgac > 1:1022017/1‑141 (MQ=21) cTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGCTAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATACAGACTCAGATagcgactc > 1:1373564/1‑141 (MQ=255) cTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactc > 1:256780/1‑141 (MQ=255) aGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGCTTCAGATTCCGCTAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCCGCTAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcaca > 1:1604211/1‑139 (MQ=21) aaTTTAGACAGAGACTCAGAATCAAATATGGATTCAGACTAAGATAGAGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCTATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCCGCCCAATAGagcgagtcagat < 2:554725/140‑1 (MQ=17) aTTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagatt > 1:3127445/1‑141 (MQ=255) cccagacagaTACTCAGCCTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATGCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGGGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattc < 1:1733669/139‑1 (MQ=255) gacagaGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagac < 1:4121486/141‑1 (MQ=255) cagaGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacag < 1:3329330/141‑1 (MQ=255) agagagTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGAGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACATAGACTCATATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagc < 2:2339246/141‑1 (MQ=21) agagACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagc > 1:2741082/1‑141 (MQ=255) gagaCTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacatcg > 1:342546/1‑141 (MQ=255) agagtcagacttAGATAAGGATTCAGACCCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcga < 2:4211662/141‑1 (MQ=21) agactcagactcAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagactcagacagcga > 1:3349759/1‑141 (MQ=255) tctgattctcagaTAGTAATTCAGCCTCGGATAGCGATGCAGATGCAGACAGCGATTCAGATTCAGAGAGCGATTCAGAGGCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgcctcagattcagacagcgact < 1:1245323/134‑1 (MQ=21) ctcagactcagaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATACAGACTCAGATagcgactgagattcagacagcgagcc > 2:1458380/1‑138 (MQ=18) tcagactcagaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTACGGCCGGGACAGAGGCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactca > 1:3228994/1‑141 (MQ=18) agacgcagaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactcaga < 1:2615849/141‑1 (MQ=255) actcagaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactcagctt > 1:222160/1‑141 (MQ=255) ctcagaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactcagattc < 1:2909166/141‑1 (MQ=255) atcagaTAGGGATTATAAGTCGGATAGAGATACAGATTCAGACAGAGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAAATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactcagattc < 2:2155871/140‑1 (MQ=18) gagaTAGGGATTCAGACTCGGATAGTGATTCAGATTCAGACAGAAATTCAGATGCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactcagattcag < 2:774613/140‑1 (MQ=21) cagaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactccgattcag > 1:185851/1‑141 (MQ=255) agaTAGAGATTAAGAAGGTGATAGAGATTGCGAATGAGACAGAGAATCAGAGACAGATAGTGATTCAGATTCAGATAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATagcgactcagattcagacagcgactcagattcaga < 2:4139870/141‑1 (MQ=17) gaTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGCCGCAGATGCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGAGTCAGACAAATTCACAGATATTGATGCAGACTCAGATagcgacacagactcagacaccgacacagactcagac > 2:81573/1‑141 (MQ=18) aTAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATACAGATTCAGACTCAGATAgcgactgagattcagacagcgacacagatacagaca > 2:1296659/1‑141 (MQ=21) tAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGcgactcagattcagacagcgactcagattcagacag < 1:1997008/141‑1 (MQ=255) aGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactcagattcagacagcgactcagattcagacagc < 1:3601604/141‑1 (MQ=255) aGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactcagattcagacagcgactcagattcagacagc < 1:3940400/141‑1 (MQ=255) aaTTCAGCCGCGGATGACGATTCAGATTCACACGGCGATCTAGATTTAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGAATCAGATAGTGATGCAGACTCAGATAGCGACtcagattcagacagcgactcagattcagacagcgac < 2:1906585/140‑1 (MQ=18) ttCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCagattcagacagcgactcagattcagacagcgactc > 1:4282851/1‑141 (MQ=255) ttCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATACAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGAGACTCAGACACAGATTTAGACTCAGATTGCGACacagattcagacaccgaccgcgactcagacagcgacac > 2:2941711/1‑139 (MQ=17) ttCAGACGCGGATAGTGGTTCGGATTCTGACGGAGATTTAAATGGAGATAGTGATTTAGATTCAGACAGAGACTGAGAGAGGGATGCAAACTCAGATAGCGACTCagattcagacagcgactcagattcagacagcgactc < 2:3841642/141‑1 (MQ=16) tgcacaCTCCGATAGCGATTCAGATTCAAAAAGACACTCTGATGCTGATAGTGATTCAAATTCAGACAAAGAATAAGATGGTGATTAAGCATCAGATAGCGACTCagattcagacagcgactcagattcagacagcgactc < 2:4096682/136‑1 (MQ=12) cAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCagattcagacagcgactcagattcagacagcgactccg > 1:1332429/1‑139 (MQ=255) aGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTAAGAttcaggcagcgactcagattcagacagcgactcaga > 1:3000230/1‑141 (MQ=255) aCTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCgactcagact > 1:1164136/1‑141 (MQ=255) cTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCgactcagactc > 1:2853190/1‑141 (MQ=255) cTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACACATTTTCAGACAGCgactcatactc > 1:801612/1‑141 (MQ=255) tCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACCCAGAGAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAGTCAGCCCGCGCCCCAGCTTCAGACAGCgacccagcctca > 1:1096405/1‑141 (MQ=18) cGGATAGCGATTCAGATTCAGACATCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCATTCTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGactcagactcag < 1:844782/141‑1 (MQ=255) ggATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGActcagactcaga > 2:3963221/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAg < 1:295614/141‑1 (MQ=255) tAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAg < 1:4009300/141‑1 (MQ=255) ggCGATTAAGAAGCAGACGGAGAATTAGATGCAGATAGCGATTTAGATTCTGATAGAGGATCAGATAGCGATGCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGt < 2:339541/140‑1 (MQ=17) aGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAga > 1:3705164/1‑140 (MQ=255) attcatattcagATTTTGATTCAGATTTAGATGGTGATTTAGATTCTGATAGTGAATCAGATATTGATTCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGAtt < 2:2228211/141‑1 (MQ=17) gaagcagaCAGCGATTCAGAATCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGAc < 1:4052954/137‑1 (MQ=255) tcagaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGAGACCCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCa > 1:1691419/1‑141 (MQ=255) ggagaCAGCGGTGTAGAGGCAGATAGAGAGTTAGAATCAGATAGAGAATCAGATAGTGATGCAGAATCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCa < 2:2379925/139‑1 (MQ=17) cagaCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGAGTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGAGAGCCACACAGACTCAGAGAGTGACACAGACTCAg > 2:3231310/1‑141 (MQ=18) agaCAGAGGTTCATATTCACATAACGATTCAGAGTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa < 2:1581/141‑1 (MQ=18) agaCAGAGAAACAGATGACGATAGTGATTCAGAATTAGACAATGCATCATACAGAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa < 2:2535368/141‑1 (MQ=14) aCAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGAGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAATGAACCAGACTCAggtt > 2:4235624/1‑138 (MQ=18) acGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCg < 1:3186977/140‑1 (MQ=255) ttcagattcagaTAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTc > 1:2341178/1‑141 (MQ=255) ttcagattcagaTAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTc > 1:679236/1‑141 (MQ=255) cagattcagatAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAg < 1:492154/141‑1 (MQ=255) agatAGCGATTCAGAATCAGACAGTGAATAAGAAAGGGAAGAAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcaga < 2:2027014/141‑1 (MQ=17) gatATCGATTCAGCTTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGAGTCAGATAGCCACTCTCATTTATACAGCGTCTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagac < 1:4373180/141‑1 (MQ=17) gatAGCGATTCAGACTCAGATAGAGACTCAGATAGTGACTCAGACTCAGATACCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGGCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagac < 2:2815096/141‑1 (MQ=17) atAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagaca > 1:2420655/1‑141 (MQ=255) gCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCACATTGAGACTCAGACTCAGAGAGCGACTCAGACtcagccaaga > 2:2204653/1‑138 (MQ=14) cGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcga < 1:2126341/141‑1 (MQ=255) gattcagatcaaGATAGAGATTCAGATAGTGATTCAGATTCAGATAGAGACTCAGATTCAGATAGTGACTCAGATTCAGACTGTGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCATATAGCGACTCAGATtcagacagcgac < 2:2736588/141‑1 (MQ=17) attcagattcagACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTGAGCTTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATTGTGGTTCAGAGTCGTATAGCGACTAAGAAacagacagcgact > 2:3911908/1‑141 (MQ=17) ttcagattcagaCAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATtcagacagcgactg > 1:727628/1‑140 (MQ=255) | GGATACTACGAAGAAGAAACATCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATTCAGACAGAGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTC > USA300TCH1516_ALE/618247‑618527 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |