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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 618,636 | 0 | G | A | 6.8% | 1030.1 / 7.2 | 433 | S1246S (TCG→TCA) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
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Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
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1:1039245/1‑141 (MQ=255) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGt < 1:2687674/141‑1 (MQ=255) gaatcagagAGCGACTCGGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGAt < 1:981043/138‑1 (MQ=255) ctcagatAGCTATCCAGACTCAAAGAGCGACCCACAATCGGAAAGTGAGCCAGACTCGGATAGCGACTCAGACACAGACAGCGACCCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGAGCCTCAGACTCGGATAGTGATTc < 2:1612328/140‑1 (MQ=9) tcagatAGCGACTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCa > 1:3177225/1‑141 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAACGACTCAGACTCGGATAGACATCCAGAc > 2:2975116/1‑141 (MQ=17) tAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGCCACCGGCAACGGGTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc > 1:3211500/1‑141 (MQ=17) tAGCGATTCGGACGCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc < 1:3911908/141‑1 (MQ=255) ggCGAGTCGGACTCAGAGAGCGACTCAGATGCCCATCGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCTGATTCTGAGAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCa < 2:2930472/140‑1 (MQ=17) aGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCa < 1:3493910/141‑1 (MQ=255) aGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGAAAGTCACGGACACTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGACATTCAGACTCa > 2:1782748/1‑141 (MQ=17) ttCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAg > 2:3829888/1‑141 (MQ=255) ttCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCTGATAGTGATTCAGAACCAGATaa > 2:385971/1‑140 (MQ=14) ggACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGACTCAGACTCAGATAGCga > 2:1492333/1‑141 (MQ=255) | AGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGAC‑TCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGA > USA300TCH1516_ALE/618498‑618776 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |