Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 618,666 | T→C | 5.3% | S1256S (AGT→AGC) | sdrD → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 618,666 | 0 | T | C | 5.3% | 1023.7 / 3.6 | 433 | S1256S (AGT→AGC) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (230/157); new base C (20/11); total (257/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
TCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGA > USA300TCH1516_ALE/618526‑618806 | gagactcagagagcgacgcagactcagaGACGGACACAGACTAGGAGAGCGACTCAGATTCGGATAGTGATTGAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTg < 2:843640/140‑1 (MQ=14) gactcagacagcgactcagactcagaTAGTGCATCACACCCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGAATCAGCTTCAGATAGCTACTCGTGCTCAAATAGCGTCTAAAATGCAAATAATGAt > 2:2021282/1‑141 (MQ=9) gactcagacagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGAt > 1:2930472/1‑141 (MQ=255) actcagacagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGAtt > 1:1556275/1‑141 (MQ=255) tcagacagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGCCAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATGCa > 2:2175793/1‑141 (MQ=255) agacagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGa > 1:2589131/1‑141 (MQ=255) agacagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGAGACAGTTAGTGGTTCAgg > 1:1658683/1‑140 (MQ=255) gacagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCGGACAGCGATTCCGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATCGCGATACAGACTCCCATCGCGACTCAGACTCACATAGCGACTCAGAc > 2:1636390/1‑141 (MQ=14) cagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTc > 1:789298/1‑141 (MQ=255) cagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTc < 1:4218066/141‑1 (MQ=255) cagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTc < 1:1541035/141‑1 (MQ=255) cagcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGAGTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATGCGGATAGTGAATAGGACTc > 1:1584266/1‑141 (MQ=17) agcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATGGTGATTCAGACTCa > 1:3983684/1‑141 (MQ=255) agcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCa > 1:2403047/1‑141 (MQ=255) agcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCa > 1:480438/1‑141 (MQ=255) gcgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGAACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATACTGATTCAGACTCAg > 1:2456417/1‑141 (MQ=255) cgactcagactcataTAGTTAGTCAGATTCAGATAGAATCTCAGATTCAGACAGGGAATCAAACTAAAATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACCCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa < 2:1583174/141‑1 (MQ=17) cgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGCTCGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGAATCAGACGCAGATAGCGAATCAGATTCACATAGAGAAAGAGACTCaaa > 2:4359485/1‑139 (MQ=14) cgactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGa > 1:2988786/1‑141 (MQ=255) gactcagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGAAAGCGACTCAGACGAAGATAGCGCGTCAGACGCAGAt > 2:702402/1‑141 (MQ=14) cagactcagaTAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACACAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATacag > 2:1744004/1‑138 (MQ=14) aGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTGAGATCGTGATTCAGCCTCAGATAGCGCGTCAGATTcc > 1:1608749/1‑140 (MQ=14) aGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCa > 1:3300813/1‑141 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGAATCAGATAGTGAATCAGACTCAGATCGCTACTCAGAACCAGACAg > 2:3540457/1‑141 (MQ=14) tcagattcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGAGATTCAGAGGGTGATAGCGACTCAGATTCAAACAGc > 2:2688974/1‑141 (MQ=17) attcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAcc > 1:817343/1‑140 (MQ=255) attcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACt > 1:2373564/1‑141 (MQ=255) attcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACt > 1:3538555/1‑141 (MQ=255) attcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGAAAGCGAcc > 2:1501139/1‑140 (MQ=255) attcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTAGGACTCAGATAGCGACTCAGATACAAATAGTGATTCACACTCAGATAGCGCCCCAGAATCACCCAGAGAcg > 2:367154/1‑140 (MQ=14) gatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCCGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGAt > 1:3729527/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCg > 1:848665/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCACACAGCGACTCAGATTCg > 1:1135654/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTTCGATTCAGACAACGAAACAGATTCg > 2:3734169/1‑141 (MQ=14) gCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCgg > 1:1821317/1‑141 (MQ=255) aCTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATa > 1:339208/1‑141 (MQ=255) tCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGc > 1:4084724/1‑141 (MQ=255) aTTCGGACAGCGATTCCGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCCGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACt < 2:3979152/141‑1 (MQ=255) aTTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAGTCAGACAGCGACTCAGAATCAGATAGCGatc > 2:1176180/1‑139 (MQ=255) gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCAATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTGAGACAGTGATTCAGAAACAGTGTGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGAt > 1:2783597/1‑141 (MQ=17) tccGATTCAGTATCCGATAGTGATTCAGTTTCCGACAGTCATTCTGCCTCAGATACCGACTCGGACTCAGATCGTGTTGCTGACCCAGATAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCTGATTCGGATAGCGACTCAGATTCa < 2:3151175/139‑1 (MQ=9) aGCGCTACAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCa < 1:4131986/141‑1 (MQ=255) aGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCa < 1:1372644/141‑1 (MQ=255) cGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGa > 1:2536382/1‑141 (MQ=255) gATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGAc < 1:4258173/141‑1 (MQ=255) ttCCGACTCAGATAGCGCCTCAGATCCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAg < 1:894970/141‑1 (MQ=255) ttCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAg > 1:2208707/1‑141 (MQ=255) tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGc < 1:3643292/141‑1 (MQ=255) tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGc > 1:55917/1‑141 (MQ=255) aCTCAGATGGAGACGCAGATTCAGATAGAGATTCCGACTCAGATAGAGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACt < 2:3047775/141‑1 (MQ=17) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTc < 1:909961/141‑1 (MQ=255) aGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGa > 1:3080738/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCg > 1:3243476/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCg > 1:4288904/1‑141 (MQ=255) ccaCTCAGATTCAGATAGCCATTCCGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGa < 1:2138262/139‑1 (MQ=255) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGt > 1:1039245/1‑141 (MQ=255) gattcagatAGCGAGTCGGACTACGACAGCGACTCAGAGTCATATAGGGATACAGGCTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGAt < 2:865869/141‑1 (MQ=17) gactcagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGAt < 1:1423271/138‑1 (MQ=255) cacagatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTc < 2:2420655/139‑1 (MQ=255) taggcaTTCGGACTTAGATAGAGATTGAGATTCAGCTAGTGACTCATACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGAGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc < 2:2914695/136‑1 (MQ=17) tAGGGATTCAGACTCAGATATGGACTTAGATTCAGATAGTGATTCAGGCTCAGAGAGTGACTTAGATTTAGATTTGGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc < 1:4380366/141‑1 (MQ=17) tAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTc > 2:1884858/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCGGACGCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTc < 1:3911908/141‑1 (MQ=255) aGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCa < 1:3493910/141‑1 (MQ=255) gATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGAt < 1:3831724/141‑1 (MQ=255) ttCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAg > 2:279840/1‑141 (MQ=255) ttCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCTGATAGTGATTCAGAACCAGATaa > 2:385971/1‑140 (MQ=14) tccgACTCAGATGTCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCTGTTAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGc < 2:496101/138‑1 (MQ=18) tCGGACTAAGATAGCGACTAAGATTCAGATAGTGATACAGACTCAGATAGCGACTCAGAAACAGAAAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACACAGAATCAGACAGAGACTCAGACCCAGACAGAGACACAGACCGAGAAAGc > 2:4210436/1‑141 (MQ=2) cGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCg > 1:3459230/1‑141 (MQ=255) aCTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgact > 1:2637273/1‑141 (MQ=255) aCTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGAGTGAGATAgagagt > 2:1409388/1‑139 (MQ=17) cTCAGATAGTGCTTCTGATTCAGATAGCGAGTCAGACTCAGATAGCGCCTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCCGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactc < 2:2530490/141‑1 (MQ=14) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactc > 1:3140867/1‑141 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGAGTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactc < 1:192563/141‑1 (MQ=255) tCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACACCCACTCACACTCGGATAGTGACTCCGACTCAACTAACgactcc > 2:766477/1‑140 (MQ=17) aGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACACAGACTCGGATAGTGATACAGACACAAATAGAaactcaga > 2:3291985/1‑141 (MQ=17) tAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactcagactc > 2:3213656/1‑141 (MQ=255) tAGCGACTCAGATGCAGCTAGTGACTCAGACTCATATAGCGACTCAGATTCACACACCGCCTCCGATTCTGATAGCGACTCCGATTCTTACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactcagactc < 2:4073174/141‑1 (MQ=18) aGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCgactcagactca > 1:4400164/1‑141 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTAAGACTCAGATAGCgaatcagaccca > 2:1348102/1‑141 (MQ=255) gCGACTCAGACTCAGATAGGTGCTCAGATTCAGATAGCGACTCAGAGTCCGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGactcagactcag < 2:597357/141‑1 (MQ=14) cGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGCCTCACATACcgactccgactccca > 2:1000660/1‑138 (MQ=17) cTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTGCGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAATTAGATAg > 2:1806361/1‑141 (MQ=14) cTCAGATTCACATACTGACTCAGCCTCAGACAGCGACTCTGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAg < 2:2968886/141‑1 (MQ=18) tcagattcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGc < 1:28416/141‑1 (MQ=255) tcagattcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACGCAGACTCGGATAGCGATTCAGACTCACCTAGCGAagccgactcagacaac > 2:3401935/1‑137 (MQ=17) gattcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCCGACTCAGATAGGGAGCCAGACTCAGATAGCgat > 1:3796498/1‑141 (MQ=255) attcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGAGTCAGACTCAGATAGCgatt > 1:1190936/1‑141 (MQ=255) tcagatAGTGATTCAGCCTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattca < 1:2876138/141‑1 (MQ=255) tcagatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattca < 1:2672713/141‑1 (MQ=255) cagatAGTGATTCCGGCTCAGAGAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcag < 1:2755364/141‑1 (MQ=255) gatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGActcagactcaga > 2:2311476/1‑74 (MQ=25) gatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGa < 1:2311476/74‑1 (MQ=255) gatAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcagat > 1:3973582/1‑141 (MQ=255) gatAGCGATTCTGACTCAGATAGCGACTCAGTTTAAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcagat < 2:1095173/141‑1 (MQ=17) tactGACTCAGACGCAGAGAGCGACTCAGATTCAGACAGCGTCTCAGATGCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcagattc < 2:4132331/138‑1 (MQ=14) tAGGGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACCAAGCTCGTGCATCAGACTCAGATAGCgattcagattc < 1:3052057/141‑1 (MQ=18) aGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCgattcagattca < 1:702402/141‑1 (MQ=255) tGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGAttcagattcaga > 1:1292070/1‑141 (MQ=255) | TCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCGGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGA > USA300TCH1516_ALE/618526‑618806 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |