| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 622,464 | 0 | G | A | 9.5% | 1086.0 / 25.2 | 483 | S1009S (TCG→TCA) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (211/197); new base A (25/32); total (238/245) | |||||||||||
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Only 100 of 495 total aligned reads displayed.
TCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAG‑‑‑CGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGA > USA300TCH1516_ALE/622324‑622604 | tcagacagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCCGATAGCGACTCAGACGCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCg > 1:3005158/1‑141 (MQ=255) agacagTGATGCAGATGCAGACAGCGACTCAGATCAAGAAAGCGACCCCGATTCCGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGa < 2:4048841/141‑1 (MQ=14) cagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc > 1:1602361/1‑141 (MQ=255) tgctgagtcagaCAGCGACTGAGAGTCAGAGAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAg < 2:1888501/134‑1 (MQ=11) 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USA300TCH1516_ALE/622324‑622604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |