Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 1,435,075 | 0 | T | A | 6.7% | 724.7 / 6.2 | 286 | G144G (GGT→GGA) ‡ | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/167); new base A (23/2); total (114/172) | |||||||||||
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Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTAT‑TGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGTTGGTAAAGGTGC > USA300TCH1516_ALE/1434935‑1435215 | ggTGCGTTTATTAGAGAACAAG‑CAGAATATATACTTGTGGCTGTCGTTAAGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGGCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGt < 1:3925728/141‑1 (MQ=255) gTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTAT‑TGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa < 1:1642607/141‑1 (MQ=255) ttattaGAGAACAAGCCATTAT‑TGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATg < 1:1167688/141‑1 (MQ=255) ttaGAGAACAAGCCATTAT‑TGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc < 1:2392307/141‑1 (MQ=255) 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2:3478472/1‑141 (MQ=255) gTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGTTGGTAAAGGTg < 1:419406/141‑1 (MQ=255) gTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGGATTAGCAGGTTTGATTGAACTCTCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTGGAAGGTGTACGTGTTGGTAAAGGTg < 2:263556/141‑1 (MQ=255) | GGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTAT‑TGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGTTGGTAAAGGTGC > USA300TCH1516_ALE/1434935‑1435215 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |