Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,018,582 | 0 | T | A | 6.9% | 1061.1 / 42.5 | 348 | K113* (AAA→TAA) | mgt | Monofunctional glycosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (165/155); new base A (14/11); total (179/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
ACAAATAATTCTTTTACTTTTCTAGTAAATGAACGATCATTATCATAAAAATAATTTTTGACAACTTGTTGTGTAATGGTACTACCACCTTGCACATCTCTGTCGCTAATCGTTGAAAATAAAGCTCTAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTG > USA300TCH1516_ALE/2018443‑2018722 | acacATAATTCTCTTACTTTTCTAGTAAATGAACTATCATTATCATAAAAATAATTTTTGACAACTTGGTGTGTAATGGTACTACCACCTTGCACATCTCTGTCGCTAATCGTTGAAAATAAAGCTCTAGTTGTACCTTTc < 2:2869345/141‑1 (MQ=255) aCAAATAATTCTTTTACTTTTCTAGTAAATGAACGATCATTATCATAAAAATAATTTTTGACAACTTGTTGTGTAATGGTACTACCACCTTGCACATCTCTGTCGCTAATCATTGAAAATAAAGCTCTAGTTGTACCTTTc > 2:1771049/1‑141 (MQ=255) cAAATAAATAATTTGCTGTTCTACTAGATGAACGATCATTATCATAAAAATAATTTTTGACAACTTGTTGTGTAATGGTACTACCACCTTGCACATCTCTGTCGCTAATCGTTGAAAATAAAGCTCTAGTTGTACCTTTCa < 1:1000543/141‑1 (MQ=255) aaaaTAATTCTTTTACTTTTCTAGTAAATGAACGATCATTATCATAAAAATAATTTTTGACAACTTGTTGTGTAATGGTACTACCACCTTGCACATCTCTGTCGCTAATCGTTGAAAATAAAGCTCTAGTTGTACCTTTCa < 2:330049/140‑1 (MQ=255) 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2:3028258/1‑141 (MQ=255) aTAAAGCTCTAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTa < 1:810380/141‑1 (MQ=255) aaaGCTCTAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGt > 1:3629844/1‑141 (MQ=255) aagttgtAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGtt < 2:204570/135‑1 (MQ=255) aaGCTCTAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGtt > 2:2711150/1‑141 (MQ=255) aaGCTCTAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGtt > 1:1350998/1‑141 (MQ=255) ctAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATcc > 1:729603/1‑141 (MQ=255) aGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCcac < 2:1243027/141‑1 (MQ=255) ttGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACCAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCAACAt > 2:3768233/1‑141 (MQ=255) tcgTACCTCTCAAATCGAGTCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCAGCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACAt < 2:1128929/139‑1 (MQ=255) tACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTAt > 2:3473160/1‑141 (MQ=255) aCCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTAAAAGATTGTCGTGTGTTGCTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACatcatc > 2:3126775/1‑141 (MQ=255) ccTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATcg < 1:2349281/141‑1 (MQ=255) ttCAAATCGATTCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTGTcgcct > 2:1564299/1‑139 (MQ=255) | ACAAATAATTCTTTTACTTTTCTAGTAAATGAACGATCATTATCATAAAAATAATTTTTGACAACTTGTTGTGTAATGGTACTACCACCTTGCACATCTCTGTCGCTAATCGTTGAAAATAAAGCTCTAGTTGTACCTTTCAAATCGAATCCATGATGATTGTAGAATCGTTCATCTTCCATTGAAATAAAGGCACCTTTAACATACTCTGGCATGTTATCAGCTGACACAAAACTACTTTTATTTTCAATTTTTCTTAGTTCATCCACATTATCGCGTG > USA300TCH1516_ALE/2018443‑2018722 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |