Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,358,670 | T→C | 6.7% | K83R (AAA→AGA) | rpoA_1 ← | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,358,670 | 0 | T | C | 6.7% | 1413.2 / 52.0 | 475 | K83R (AAA→AGA) | rpoA_1 | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (188/252); new base C (16/17); total (204/271) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 486 total aligned reads displayed.
CTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGAGTTTCC > USA300TCH1516_ALE/2358530‑2358809 | gTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTa < 2:1922869/141‑1 (MQ=255) ttGCAATTGTAGGGTCTGGTGTTAGAATTTCAACGGCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTGACTTCGTCTTCATCACGTACATCAATGTCTAAAGTGTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTaa < 2:3463684/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTCAAGTTTTATCTTCTTCAGAATAAATTTTAATTGCTACTTTTCTAATg > 2:2442241/1‑141 (MQ=255) aTTTTATGCGTTGTGTTTAACATTTGAACATATCTATCGTGTGTAATGCAGCTTCTTGGTATTTGTCCTTCATCACGTACATCAATTTCTCAATTTTTATCTTTTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTc < 2:725169/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTc < 1:687163/141‑1 (MQ=255) ttttAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAATTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAAtcctca > 2:2070427/1‑136 (MQ=255) tAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCataa > 2:1830608/1‑141 (MQ=255) aaGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCataat < 1:4243038/141‑1 (MQ=255) aGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCataata > 2:3381241/1‑141 (MQ=255) tctGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAAtt > 1:2270329/1‑141 (MQ=255) ctGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAAttt > 1:3515832/1‑140 (MQ=255) gTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGa < 1:2897361/141‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCCTAATAATTGTAGaa > 1:3119174/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACCTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGaaa < 1:1142805/141‑1 (MQ=255) aaaagTTTC‑ACATCACTATCATGTGTAATGGCGCTTGCTTGTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATGTTCTTCAGCGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACa < 1:1280730/140‑1 (MQ=255) aaaaTTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACa < 1:2598009/141‑1 (MQ=255) agttCAATATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCt < 2:3893138/139‑1 (MQ=255) aTTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCt < 2:2152919/141‑1 (MQ=255) tttCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCtt > 1:1847417/1‑141 (MQ=255) ttCAAAATCACGATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTc < 2:818574/141‑1 (MQ=255) tCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGACTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTACATAATAAGTGTAGAAACATCTTCa > 2:3541860/1‑141 (MQ=255) aaCATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAAc < 1:469096/141‑1 (MQ=255) cATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTAAGTAAATTTCAAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTa > 1:635328/1‑141 (MQ=255) aTCGCTATGATGTGTAATGTCGGTTGCTGATACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTAc < 2:3704380/141‑1 (MQ=255) cACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACAt < 2:2593791/141‑1 (MQ=255) cACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACAt < 1:3066240/141‑1 (MQ=255) aTCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTc < 1:2471301/141‑1 (MQ=255) aTCATGTGTAATATCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTCCGTTAATTTCGAAGCCCTTACCTTTGGCGGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTc > 2:4294997/1‑141 (MQ=255) aTGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTAc < 1:2221412/141‑1 (MQ=255) tgtaggttCGCGTGCTGTTACTTCGCCGTCATCACGTATATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTActgc < 2:4007024/134‑1 (MQ=255) tgtAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTActgc < 1:2192388/141‑1 (MQ=255) agttCGCTTGCTGTTACTGCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAAGGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTgag < 1:1428936/138‑1 (MQ=255) aTGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTTTCTActgcttca > 2:2410988/1‑138 (MQ=255) gTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGaa < 1:2822394/141‑1 (MQ=255) tCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAAt > 1:3758264/1‑141 (MQ=255) cGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTAAACTACATTGTCTACTGCTGCGAAtt > 2:251368/1‑141 (MQ=255) gCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGt > 2:3776393/1‑141 (MQ=255) tGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCCATGCTAATTGTCTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATTTaa > 2:2715914/1‑141 (MQ=255) tGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTaa > 1:1104383/1‑141 (MQ=255) ttCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTcc < 1:3554112/141‑1 (MQ=255) tCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAAGTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCACCTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTccc > 2:2930083/1‑141 (MQ=255) cgtcTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCt < 2:4371481/138‑1 (MQ=255) cctcTTCATCACGTACATCAATTTCTTAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGCAACATCTTCAACTACATTGTTTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCt < 2:3632367/138‑1 (MQ=255) ccTTCATCACGTATATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCa < 2:1541496/141‑1 (MQ=255) ccTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCACTGCTAATCGTTTACTGTTATTAATCATTGTAGAAACATCTTTACCTACATTGTCTACTGCTCATAATTCATCTAAAACttcaccc > 2:1804588/1‑135 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGCGTAAATTTTCACTGCTAATTGTTTCTTGTTCATACTCATTGTAGAAACATCTTCAACTAAATAGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCACAAtt > 1:1603331/1‑141 (MQ=255) tcatcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTCCTGAGAATTCATGTACAACTCCCTAAAtt > 2:139379/1‑141 (MQ=255) catcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAttt > 2:3060984/1‑141 (MQ=255) catcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTAAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAttt < 2:2806745/141‑1 (MQ=255) catcaCGTACATCAATTTATACAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAAttt < 2:3291403/141‑1 (MQ=255) atcaCGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTATCTACTGCTAAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTc > 2:50069/1‑141 (MQ=255) cGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAata > 1:3677885/1‑141 (MQ=255) tACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAAtata < 1:1464418/141‑1 (MQ=255) aTCAATTACTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAAAACCATCAATTTCAATATACtt > 2:2244660/1‑141 (MQ=255) tCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATGTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAAATCTCTCAATTTAAATATACTTa > 1:134507/1‑141 (MQ=255) cAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTaa < 1:1809935/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTAATGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTGATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACAGCTTCAACTACATTTTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAAc < 1:2745734/141‑1 (MQ=255) tttCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACgg < 1:1531781/141‑1 (MQ=255) tttCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAAACCGGGCGCCGACAGGTTCTACTGCTGAGATTTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACga > 1:3227485/1‑140 (MQ=255) ttCTCAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGc < 2:1142719/141‑1 (MQ=255) ttCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGc < 2:1236959/141‑1 (MQ=255) ttCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGc > 1:567636/1‑141 (MQ=255) tCTACAGATTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTTAATTTCAATATACTTAACGGCt < 1:3845780/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCt < 1:3618881/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCt < 2:3728896/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCt < 2:4150237/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAAGTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCt < 2:3215011/141‑1 (MQ=255) ccTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCTACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCt < 1:242548/140‑1 (MQ=255) tAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGc < 1:167244/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGc > 1:3403713/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAGTTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGcc > 1:768035/1‑140 (MQ=255) aGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGATAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCAcc < 2:2270329/141‑1 (MQ=255) gTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCt < 2:1443119/141‑1 (MQ=255) gTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGATGAGAATTCAAGTAACACTCCCTCACTTTAAATATACTTAACGGCTGCACCt > 2:53911/1‑141 (MQ=255) gTTTTATCTTCTTCAGAGTAAAGTTTTAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCt < 2:1274591/141‑1 (MQ=255) ttttttCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTg < 2:2841722/141‑1 (MQ=255) tttATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTgg < 1:2145450/141‑1 (MQ=255) tATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGACACATCTTCAACTACATTGTCTACTGTTGCGTGCCCATTGAAAAATCACTCTATTACAATATACTTAACGCCTGCACCTGGTa > 1:1008455/1‑141 (MQ=255) tATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTa > 2:2288311/1‑141 (MQ=255) cttcttCAGAGTAAATTTTCCATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTTAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATACATGTAAAAGTCCCTCAATGTCAAGATCATTAACGGCTGCATCTGGTaggt > 2:10640/1‑138 (MQ=255) cttcttCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCTACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCAACAATTTCAATATACTTAACGGCCGCACATGATAAta > 2:62619/1‑140 (MQ=255) cttcttCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATg < 1:1985173/141‑1 (MQ=255) tcttcAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGaa > 1:3362096/1‑141 (MQ=255) tcttcAGAGTAAATTTTCAAAGCTAATTGTCTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGaa < 2:1499821/141‑1 (MQ=255) ttcAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGa < 1:4016638/141‑1 (MQ=255) agagTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAGGAtgg > 1:1050130/1‑139 (MQ=255) gagTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGTTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACATGGTATTGAAGAtatt > 2:2754716/1‑139 (MQ=255) agTAAAGTTTCAATGCTAAGTGTTTAATGTTCATAATTCAAGTATAGATATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGAtagta < 2:3119174/141‑1 (MQ=255) gTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGAtagtag > 2:4191173/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTACACCACCATCAAGTCCAATATCATTAATGGCTGCACCTGGTCATGAAGAtagtagca > 2:1990969/1‑139 (MQ=255) aaaTTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTAAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGa > 1:2946513/1‑141 (MQ=255) acttttCAATGCTAATTGTTTAATGTTTCGCAGAATTCGAGTCTTATTATCAACGACAATGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGAt < 1:4355183/139‑1 (MQ=255) aaTTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGAAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGAt < 1:880921/141‑1 (MQ=255) ttCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATacga > 1:4199777/1‑141 (MQ=255) ttCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATacga > 2:166258/1‑141 (MQ=255) tCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATCGTAGGGTtcgac > 1:2045688/1‑141 (MQ=255) tCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATacgac > 2:1181199/1‑141 (MQ=255) aTTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGAGt < 1:4116459/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGAGt < 1:1889481/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTCCAACTTCATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGAGt < 1:1211132/141‑1 (MQ=255) | CTGTTGCAATTTTAAGCTCTGGGTTTAAAATTTCAACATCACTATCATGTGTAATGTCGCTTGCTGTTACTTCGCCTTCATCACGTACATCAATTTCTAAAGTTTTATCTTCTTCAGAGTAAATTTTCAATGCTAATTGTTTAATGTTCATAATAATTGTAGAAACATCTTCAACTACATTGTCTACTGCTGAGAATTCATGTAAAACTCCCTCAATTTCAATATACTTAACGGCTGCACCTGGTAATGAAGATAGTAGGATACGACGTAAGGAGTTTCC > USA300TCH1516_ALE/2358530‑2358809 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |