| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | G→A | 61.7% | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 → | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | 0 | G | A | 61.7% | 287.5 / inf | 351 | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/78); new base A (119/96); total (174/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
AGGATACCACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGA > USA300TCH1516_ALE/2462618‑2462897 | atgccACTCAAGCGTATACAGGCGACATCGGGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATacac < 2:188838/138‑1 (MQ=255) aTACCACTCAAACGTAGACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATacac < 2:1450033/141‑1 (MQ=255) tCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACAAATGTCAt > 2:3636126/1‑141 (MQ=255) aaaCGTAGGTAGGCTAGAGCGTGGAAGAGGAAGCTTTCTTAGTTTTGGATGAGCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACAACAAAAGTCTCGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGc < 2:2928585/141‑1 (MQ=255) 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1:3813924/141‑1 (MQ=255) cGTGGTGGTACGATGTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTATTTTTGTATCTGAACCTCTGCCTTGACCGGAAGGCGTACTTATCCGTGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACaga < 2:45941/141‑1 (MQ=255) cGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACaga > 2:848427/1‑141 (MQ=255) gtggtgGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTGTATCCGCTATGTTCCGTAACagag < 2:2245627/141‑1 (MQ=255) tggtggTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACagaag > 2:1526418/1‑139 (MQ=255) ggtggtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGt > 1:3361419/1‑141 (MQ=255) 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2:1129119/1‑141 (MQ=255) cAATTTATACACATGACATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAAATGACAAACAGGAATGAGTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTCAGaaaa > 2:3119769/1‑140 (MQ=255) ttaaTGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATAAATATCAGAAAAAAATCTTAAGGTATACCTGAAGGCGTACTGATCAGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCt < 1:1888001/138‑1 (MQ=255) | AGGATACCACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGAAAGGCTACGA > USA300TCH1516_ALE/2462618‑2462897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |