| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 128,994 | C→T | 6.0% | L198L (TTG→TTA) | spa ← | Immunoglobulin G‑binding protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 128,994 | 0 | C | T | 6.0% | 966.6 / 4.9 | 381 | L198L (TTG→TTA) | spa | Immunoglobulin G‑binding protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (176/162); new base T (15/22); total (193/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
AGGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTAAATGTAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTTATCCGCTTTCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTGTTATCAGCTTTCGG > USA300TCH1516_ALE/128854‑129134 | aGGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTAAATGTAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTTATCCGCTTTCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGAc < 2:2328729/141‑1 (MQ=255) ggCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTAAATGTAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTTATCCGCTTTCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACa < 1:3869019/141‑1 (MQ=255) gCTTTGGATGAAGTTATTGCGTTGTTCTTCGTTTATGTTAGGTATATGTAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTTATCCGCTTTCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACaa < 2:629681/141‑1 (MQ=17) gCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTAAATGTAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTTATCCGCTTTCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACaa > 1:3484714/1‑141 (MQ=255) 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tttttGGTGCTTGAGATTCATTTAGCTTTTTAGCTTCTGATAAGAGGTTAGCACTTTGGCGTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATGCAAGATTTCATAGAAAg < 2:3761375/140‑1 (MQ=14) ttCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCGTAGAAAGCa > 2:3649899/1‑141 (MQ=255) tCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCAt > 1:2531701/1‑141 (MQ=255) ggTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATGTTTTAAGGAGGGGAGGAAACCCTTGGGGGGTTCGTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCAttt > 1:613986/1‑141 (MQ=18) ggTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCTTTTAAGTTAGGTAGATTCAAGATTACGTAGaaggtgttt > 2:3612379/1‑134 (MQ=17) ggTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCAttt > 2:253303/1‑141 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2:1183553/1‑141 (MQ=255) tttACCTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTttgttg < 1:1530496/141‑1 (MQ=255) tttAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTttgttg < 1:1367646/141‑1 (MQ=255) ttAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGa < 1:3622755/141‑1 (MQ=255) ttAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGa < 1:2960909/141‑1 (MQ=255) ttAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGa < 1:2934944/141‑1 (MQ=255) tAACTTTTTAGCTTCTGACAAAGGGTTAGCACTTTCGCTTGGCTCATCTTTTAAGATTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGaa < 2:1898488/141‑1 (MQ=14) tttttAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTg < 2:2206943/141‑1 (MQ=255) ttCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAGTTGTTATAAga > 2:449521/1‑140 (MQ=255) gtCTGACAATAGGCTAGCGCGTTGGCTTGGGTCATCTTTTACGCCTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTGTTATCAGc < 1:3073508/140‑1 (MQ=17) gACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTGTTATCAGCTTTc < 1:2447290/141‑1 (MQ=255) cAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTGTTATCAGCTTTCgg > 1:1120302/1‑141 (MQ=255) cAACAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTATATGCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTGTTATCAGCTTTCgg < 2:161589/141‑1 (MQ=255) | AGGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGTAAATGTAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTTATCCGCTTTCGGTGCTTGAGATTCATTTAACTTTTTAGCTTCTGACAATAGGTTAGCACTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTCGTTTAAGTTAGGCATATTCAAGATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAAATTGTTATCAGCTTTCGG > USA300TCH1516_ALE/128854‑129134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |