Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 97.8% | 192.6 / ‑1.0 | 46 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (24/20); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 |
TGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATA > CP000731/25529‑25790 | tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCATGACAGACAATGGGATCTTTGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAATa < 2:219417/135‑1 (MQ=255) ttATTTACACTAGGGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTATCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCATTTTAATT‑ACGCTACTCCAAATaaa > 2:68146/1‑135 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAATaaaa < 2:60884/135‑1 (MQ=255) aTTTACACTAGTTCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGTACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAATaaaaa < 1:200132/135‑1 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTAACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAATaaaaaatata > 1:3728/1‑131 (MQ=255) cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa > 2:179941/1‑135 (MQ=255) tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATTCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGTACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa < 1:88434/135‑1 (MQ=255) tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa > 1:63317/1‑135 (MQ=255) tGCTGATATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATACAGAAATTTTCTTTATACTTTTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa < 2:181262/135‑1 (MQ=255) gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTCTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa < 1:115911/135‑1 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATCCCTCTAAAGGtt > 2:202386/1‑135 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTa > 2:108134/1‑135 (MQ=255) gttACACGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTAAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa < 1:80285/134‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ATTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAACTAAAGGTTAAATTa < 1:72765/135‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACTAAT‑ATAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 1:170313/135‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 1:34481/135‑1 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa > 1:147066/1‑135 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:196361/135‑1 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt > 2:64546/1‑135 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATTTTATAAAT‑AAAAAATATATATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 1:10419/135‑1 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTATAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 1:27434/135‑1 (MQ=255) aaGTATTTAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCATTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATATTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATATaa > 2:74192/1‑135 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGATTAAATTAATGAAAAATAGaa > 2:6072/1‑135 (MQ=255) aGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 1:80342/135‑1 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa < 1:222340/135‑1 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTGATCTTCCGCAAATCCATAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACCTCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa < 2:205720/135‑1 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATACAACAGAGATTGTTAAATTGATGAAAAATACAATAagagg > 2:218219/1‑134 (MQ=255) aGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTAAAAATAAAAAAA‑ATACATCTAAAGATTAAATTAATGGAAAAAAGAATTAGACAat > 1:22971/1‑135 (MQ=255) aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 2:89507/1‑135 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg > 1:148962/1‑135 (MQ=255) aGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 1:32897/135‑1 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCGGTTTAATA‑ACTATAGTA‑AAAAGAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa < 2:11576/135‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGATTAATT‑AAAATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaaa > 1:107605/1‑135 (MQ=255) ttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAc < 2:63317/135‑1 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 2:61153/1‑135 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATACTATTAAAAT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 1:56403/1‑135 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 2:104218/1‑135 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTATCATG‑TGCCAGATTAACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAATGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTATAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTa > 2:133448/1‑135 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAAtt > 2:106104/1‑135 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTaaaa < 1:32359/135‑1 (MQ=255) tATTTCTTATACTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTaaaa < 1:212327/135‑1 (MQ=255) tCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTAAAATTAATGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTATA‑AGTAAAAAATAaaaatttt > 1:37716/1‑131 (MQ=255) tATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTATCTa > 2:80645/1‑135 (MQ=255) cTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 1:29516/1‑135 (MQ=255) cTGTTTAATT‑ACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAACATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACCATACACGAATGAA‑AAAAAGTGTCTAGGCa > 1:211690/1‑135 (MQ=255) tGTTTGATG‑TCTATACTACTAGT‑AAACAATAGACATCTAAAGGTTAGATTAATGAAAACTAGAATTAGCGAATATAGAAACCTATAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa < 2:109120/135‑1 (MQ=255) aacactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAACGTTACATTAATGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTTAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt < 1:51129/132‑1 (MQ=255) atactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 1:207911/1‑135 (MQ=255) tactacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 1:159948/1‑135 (MQ=255) actacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 1:74075/1‑135 (MQ=255) ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 1:169339/135‑1 (MQ=255) | TGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATT‑ACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTA‑AGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATA > CP000731/25529‑25790 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |