New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 895785 =28 (1.520)12 (0.750) 10/234 0.5 35.6% coding (806/822 nt) metQ_2 Methionine‑binding lipoprotein MetQ
?USA300TCH1516_ALE = 909740 19 (1.180)intergenic (‑663/‑371) USA300HOU_RS04500/csbD_1 hypothetical protein/Stress response protein CsbD

TTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGC  >  USA300TCH1516_ALE/909607‑909869
                                                                                                                                     |                                                                                                                                 
tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTTAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAATAATGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt                                                                                                                                  >  1:205394‑M2/1‑134 (MQ=255)
tttCAAAGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAATAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt                                                                                                                                  >  1:206098‑M2/1‑134 (MQ=255)
        gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGACTAAttattactg                                                                                                                          <  2:211144‑M2/135‑10 (MQ=255)
        gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGATATGAATAATAAATTATCTTAAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGGTAAttgttcgtt                                                                                                                          <  1:37890‑M2/135‑10 (MQ=255)
         cAAAAAAAGTGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc                                                                                                                         >  1:148796‑M2/1‑125 (MQ=255)
          aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGTGCACTGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcatgct                                                                                                                        <  1:64975‑M2/135‑12 (MQ=255)
          aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTCGTACTCCGCCTAAttcttccttct                                                                                                                        <  2:17523‑M2/135‑12 (MQ=255)
              aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTCAttattcatgctaaat                                                                                                                    <  2:21544‑M2/135‑16 (MQ=255)
               aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                   >  1:186789‑M2/1‑119 (MQ=255)
                        tttttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATAtt                                                                                                          <  2:217603/134‑1 (MQ=255)
                                     gggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacc                                                                                             >  2:56829‑M2/1‑97 (MQ=255)
                                        cAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGTTAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctt                                                                                          >  2:54918‑M2/1‑94 (MQ=255)
                                            ggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCTTTTATAATCTGTCTAAttatttctgttatataataccaattaaataaaaataccctttaat                                                                                      >  1:103946‑M2/1‑90 (MQ=255)
                                                tGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTTGTTTAttattccttttaaataataccaattaaataaaaataccctttaataaca                                                                                  >  1:201705‑M2/1‑86 (MQ=255)
                                                         aaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt                                                                         >  2:26620/1‑135 (MQ=255)
                                                             aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCCTCGTATAGGGATGCTTCTGGGCTTtttaat                                                                     <  1:215298/135‑1 (MQ=255)
                                                              ttttGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGTCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatt                                                                    <  2:30801/133‑1 (MQ=255)
                                                              tgctGAAATTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatt                                                                    <  2:191762/132‑1 (MQ=255)
                                                                 tgcaaaTTTTGTGAATGGATATATAAAAATCTTTTGATTGTCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGTTAATTATTTCTTCTAAATAAATCATAGTAATGGTTCAGTAACGTGATGTTGCTGGTCTTtttaatttaa                                                                 <  2:96395/132‑1 (MQ=255)
                                                                 tGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGTTTAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                 <  1:102688/135‑1 (MQ=255)
                                                                         ttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGACTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAt                                                         >  1:94952/1‑135 (MQ=255)
                                                                                            aaTGTTATGATTGCCCTTGAACTGCCTTGATAATCTGGCTAAttaatccttctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggc                                      >  2:33805‑M2/1‑42 (MQ=255)
                                                                                             aTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGTCTAATTATTCCTGCTAAATAAAAAATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATg                                     >  1:204683/1‑135 (MQ=255)
                                                                                              tGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcac                                    >  2:16643‑M2/1‑40 (MQ=255)
                                                                                               gTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTACTAGGATTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATAATATTTAGGAATgag                                   >  2:131560/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                  ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGACTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATg                                >  1:9646/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                       tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggtgttatttttgcggtatagacaaaacaaaagcgcacaaaagggga                           <  2:94904‑M2/135‑105 (MQ=255)
                                                                                                       tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagggagtatttttgtggaattgaaaataaaaaaaggcaccaaaaaagc                           <  2:180759‑M2/135‑105 (MQ=255)
                                                                                                       tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataaaaacgattaaggggttatttttgtggtattaaaaataaaaaagggcacaaaaacagc                           <  2:132300‑M2/135‑105 (MQ=255)
                                                                                                       tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                           >  2:174942/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                        gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCATGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                          >  1:80724/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                          ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                        <  2:41500/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                           cTTGAACTTCCTTGATAATCTGTCTAATTATTCCTGCTAAACAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTTGTTTTTTTAATTTAAATAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACgg                       <  1:57252/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                             tGAACTTCCTTGATAATCTAGCTAATTATTCATGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGGTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATTCTATTACGGAt                     >  2:31132/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                aCTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataccaacgattaatggattatttttgtggtattgaaaataaaaaagagcacaaaaggggcagtatatgc                  <  2:23422‑M2/135‑114 (MQ=255)
                                                                                                                aCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACTGTTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                  <  1:60586/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ttCCTTGATAACCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGATGGTCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATCAAATTTAGCACTCAGAACCTATTCAGGATAAAGt                >  2:203630/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                          tAATCTGGCTTATTATTCCTGCTAAATTAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCt        <  2:94952/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          tAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacactttaataacaacgataaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcga        <  1:44228‑M2/135‑124 (MQ=255)
                                                                                                                                ggCTAAttatccctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttatgtcgtatcgaaaataaaaaagggcaaaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatctca  <  2:164264‑M2/135‑130 (MQ=255)
                                                                                                                                     |                                                                                                                                 
TTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGC  >  USA300TCH1516_ALE/909607‑909869

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.