New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 28 (1.520) | 12 (0.750) | 10/234 | 0.5 | 35.6% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 19 (1.180) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
TTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGC > USA300TCH1516_ALE/909607‑909869 | tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTTAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAATAATGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt > 1:205394‑M2/1‑134 (MQ=255) tttCAAAGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAATAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt > 1:206098‑M2/1‑134 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGACTAAttattactg < 2:211144‑M2/135‑10 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGATATGAATAATAAATTATCTTAAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGGTAAttgttcgtt < 1:37890‑M2/135‑10 (MQ=255) cAAAAAAAGTGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc > 1:148796‑M2/1‑125 (MQ=255) aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGTGCACTGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcatgct < 1:64975‑M2/135‑12 (MQ=255) aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTCGTACTCCGCCTAAttcttccttct < 2:17523‑M2/135‑12 (MQ=255) aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTCAttattcatgctaaat < 2:21544‑M2/135‑16 (MQ=255) aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata > 1:186789‑M2/1‑119 (MQ=255) tttttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATAtt < 2:217603/134‑1 (MQ=255) gggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacc > 2:56829‑M2/1‑97 (MQ=255) cAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGTTAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctt > 2:54918‑M2/1‑94 (MQ=255) ggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCTTTTATAATCTGTCTAAttatttctgttatataataccaattaaataaaaataccctttaat > 1:103946‑M2/1‑90 (MQ=255) tGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTTGTTTAttattccttttaaataataccaattaaataaaaataccctttaataaca > 1:201705‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt > 2:26620/1‑135 (MQ=255) aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCCTCGTATAGGGATGCTTCTGGGCTTtttaat < 1:215298/135‑1 (MQ=255) 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tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataaaaacgattaaggggttatttttgtggtattaaaaataaaaaagggcacaaaaacagc < 2:132300‑M2/135‑105 (MQ=255) tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt > 2:174942/1‑135 (MQ=255) gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCATGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa > 1:80724/1‑135 (MQ=255) ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg < 2:41500/135‑1 (MQ=255) cTTGAACTTCCTTGATAATCTGTCTAATTATTCCTGCTAAACAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTTGTTTTTTTAATTTAAATAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACgg < 1:57252/135‑1 (MQ=255) tGAACTTCCTTGATAATCTAGCTAATTATTCATGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGGTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATTCTATTACGGAt > 2:31132/1‑135 (MQ=255) aCTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataccaacgattaatggattatttttgtggtattgaaaataaaaaagagcacaaaaggggcagtatatgc < 2:23422‑M2/135‑114 (MQ=255) aCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACTGTTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa < 1:60586/135‑1 (MQ=255) ttCCTTGATAACCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGATGGTCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATCAAATTTAGCACTCAGAACCTATTCAGGATAAAGt > 2:203630/1‑135 (MQ=255) tAATCTGGCTTATTATTCCTGCTAAATTAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCt < 2:94952/135‑1 (MQ=255) tAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacactttaataacaacgataaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcga < 1:44228‑M2/135‑124 (MQ=255) ggCTAAttatccctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttatgtcgtatcgaaaataaaaaagggcaaaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatctca < 2:164264‑M2/135‑130 (MQ=255) | TTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGC > USA300TCH1516_ALE/909607‑909869 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |