| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,531 | G→T | A82E (GCG→GAG) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,531 | 0 | G | T | 94.4% | 35.0 / ‑6.0 | 18 | A82E (GCG→GAG) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (6/11); total (7/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAA > USA300TCH1516_ALE/2373402‑2373661 | gtgACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAAtt < 1:211435/135‑1 (MQ=255)gtgAAGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCGGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAAtt < 2:122222/135‑1 (MQ=255) tAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAAAAAACAAGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAATTGGATAttt > 1:42152/1‑135 (MQ=255) aaTATCGCAAAGCATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAAACAACTTGCAAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGAAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAATTAGAAATGTa > 1:135708/1‑135 (MQ=255) agaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATAAACATGAATAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCg > 1:3643/1‑135 (MQ=255) aaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATATCTTTTGCTTTTTTTATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc < 1:70287/135‑1 (MQ=255) aaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATTCTTTGTGTTTATTTAATTTGATATTTAGCTATTAGCCCCAGGAAGAGCGAGCCTAc < 1:6664/135‑1 (MQ=255) aaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTATCTCAATTTTATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc < 1:78181/135‑1 (MQ=255) aaCGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGTTAATTTAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAAGAGCGAGCCTAc < 1:4903/135‑1 (MQ=255) ttGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAATTGTATATTTAGCTATTAGTCTTATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGt < 1:91028/135‑1 (MQ=255) cAAGGAATACCCATGGTTAACAAAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCAATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTACTAATGCAGTCGCt > 2:161730/1‑135 (MQ=255) tcaGTATATGGATAGAATGCATTTAATCCCATCCCTGGTGCTAACTCAATTTGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATATCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAtt < 2:113408/134‑1 (MQ=255) acaGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTACCGCAATTGGATATTTTGCTATTAGCCCCATGAATAGCAAGCCTACAAATACTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGCCACCTCGCTCCact > 2:158158/1‑133 (MQ=255) gAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTTTTAATGCAGTCGCTATAAAAATGGCAACTTGGTCCATTAACATAACTTCTGa < 1:90911/135‑1 (MQ=255) cATACCTGGTTCTAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCTCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATTGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACAcc < 2:21919/135‑1 (MQ=255) cATACCTGGTGCTAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATCTTCACATCTTCTGCTACGCCTTTAACAcc > 2:191353/1‑135 (MQ=255) cTGGTGCTAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCACGTTCATCTCTTCTACTACACATCTAACACCTGCTa > 2:29207/1‑135 (MQ=255) tAACTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATTAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTTACACCTGCTAAACTTaa < 2:3643/135‑1 (MQ=255) | GTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAA > USA300TCH1516_ALE/2373402‑2373661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |