Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 95.2% | 50.7 / NA | 21 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (8/12); minor base G (0/1); total (8/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1416330‑1416588 | aaTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAAACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACt > 1:186484/1‑135 (MQ=255) aTAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTAAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATTATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACa > 1:93891/1‑135 (MQ=255) aTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTCTCCTGACACTActt > 2:212489/1‑135 (MQ=255) gtgtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTa > 1:164518/1‑135 (MQ=255) cTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTATTATATAATTGTACTGATAATATTTC‑AATACATGACGTAAGTTa < 1:8307/135‑1 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAATCATATTTTTTCTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGataata < 1:23493/135‑1 (MQ=255) aGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGATAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGataata < 1:23244/135‑1 (MQ=255) gTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTTACAATATTTC‑AATACATGAATTAGGTTGTGTGTGATaataaata < 1:202651/135‑1 (MQ=255) gTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaata < 1:105756/135‑1 (MQ=255) tCAGTATACGGTTGCAAATGCTCATACTTGAAATAATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAaataat > 1:53817/1‑135 (MQ=255) tACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTATTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAata > 1:111529/1‑135 (MQ=255) aaTATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTAATGGACATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATc < 1:213951/135‑1 (MQ=255) tACCTCGTTGAATTATTTGACCTTCTTTTAAAATATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCa < 2:115794/135‑1 (MQ=255) tCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTg < 2:164518/135‑1 (MQ=255) ttCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACAAACAATATTTA‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAtt > 1:58747/1‑135 (MQ=255) tCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATTTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTa < 1:210023/135‑1 (MQ=255) tCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCATTTGATTa < 2:141190/135‑1 (MQ=255) ccTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGGTAGGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATCTCCTGTACTCAATCCATAACTTGATTACCGTTCAAAGCa > 2:53623/1‑135 (MQ=255) ttAAAATGTAAGTGTACTGAACATATTGC‑AATACATGACTTAGGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGACCAAAACCGTTCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatg < 2:45648/135‑1 (MQ=255) gacaCATGATTGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTGTGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgat < 2:170530/132‑1 (MQ=255) aTAATTGTACTGA‑AATTTTTCTAATACACGACTTTAGTTATTTGTTATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACACTATGCTGTAATAACTCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAc < 2:15157/135‑1 (MQ=255) | AATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTC‑AATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAAC > USA300TCH1516_ALE/1416330‑1416588 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |