Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 43.7 / NA | 15 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (10/5); total (10/5) |
CACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATG > USA300TCH1516_ALE/1646058‑1646318 | cACTTGCAACACCCTGTGGTAATGCACCTCTATAACCAGATGCTAAAATAGTATCAAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCtt > 1:120247/1‑135 (MQ=255) cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCTCCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCtt < 1:5260/135‑1 (MQ=255) cacCATGTGGTAATGCACCTATATGTCAAGATACTACAAACATATCAAATAATGGTACATCTGCTCCTAATTCTAGAATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAg > 1:175340/1‑135 (MQ=255) cAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAACATTTTGCTATCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATaaa > 1:74149/1‑135 (MQ=255) gATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATTTGTTTCATcaaca > 2:5948/1‑135 (MQ=255) tagTATCGAAAGATGGTCCATCTGCTCCGATTTCTAGCATTTTGCTTTTTAATATTGCCTTTAGTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTTATATGTTTCATCTACAATATTAgctg < 2:115337/133‑1 (MQ=255) aTCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCttt > 1:177571/1‑135 (MQ=255) tAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGTCTCCTTTTACAACAGTTACAAACTAATCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGc < 2:63969/135‑1 (MQ=255) cATTTTGCTTTCTGACTGTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTATTTTCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGAc < 1:123599/135‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATACATCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtct > 1:20560/1‑135 (MQ=255) aaTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTa > 2:213315/1‑135 (MQ=255) ttAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt < 2:74149/135‑1 (MQ=255) ttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt > 1:22383/1‑135 (MQ=255) aTGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACCTCTCTACTTTTATCTACAGTCTTAGAAACGCTTATTAAt > 2:148166/1‑135 (MQ=255) tGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATg > 1:170972/1‑135 (MQ=255) | CACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATG > USA300TCH1516_ALE/1646058‑1646318 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |