New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 25 (0.770) | 28 (1.250) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
23/180 | NT | 61.9% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala |
GTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > USA300TCH1516_ALE/512485‑512760 | gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTAGTTGTTGAGGACACCATTATAGCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg > 1:272248/1‑141 (MQ=255) acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttataaaataaaatggacaagataaAAAAAg < 2:323396‑M1/6‑1 (MQ=255) acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttcagctagagtagaacgttgccaggcagctttttaatcaaattttggtaaaaaaataaaatagacaagataaaaaaaa < 2:352393‑M1/6‑2 (MQ=255) cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGt < 2:17868‑M1/7‑1 (MQ=255) gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt < 2:58493‑M1/10‑1 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa < 1:74487‑M1/13‑1 (MQ=255) catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt < 1:224420‑M1/15‑1 (MQ=255) tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa < 1:239732‑M1/17‑1 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta < 1:81662/141‑1 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta > 1:111123/1‑141 (MQ=255) acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga < 2:239489‑M1/25‑3 (MQ=255) acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga > 1:222783‑M1/117‑139 (MQ=255) cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat > 1:157162‑M1/116‑138 (MQ=255) agaagttaagatccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttagttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTCATTGACTTAaatgttgata > 2:311306‑M1/115‑137 (MQ=255) tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATcaa > 1:283590/1‑141 (MQ=255) 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1:29088‑M1/44‑1 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt < 1:304586‑M1/45‑1 (MQ=255) gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATCACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATAAACTTAAATGTAAATAAAATATATAATAAATTATTgc > 2:234679/1‑140 (MQ=255) atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg < 1:327178‑M1/50‑1 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTATATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 2:275223/1‑141 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:70367/1‑141 (MQ=255) 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1:239366‑M1/78‑141 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatacaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc < 2:290275‑M1/65‑1 (MQ=255) cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa < 1:39433‑M1/66‑1 (MQ=255) ntagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcatattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa > 1:293101‑M1/69‑141 (MQ=255) tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTTTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACATGAAAATTtaaaat < 2:102443‑M1/74‑2 (MQ=255) agagtagaacggtgccaggcagttttttaattaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt > 1:108565‑M1/67‑141 (MQ=255) 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1:308484/1‑141 (MQ=255) ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTATGAAAAATGAACACTAAAAACTCAATGACAAAATGt < 2:176535‑M1/89‑1 (MQ=255) aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 1:187903‑M1/91‑1 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:70047/1‑141 (MQ=255) gaactTGAGAGATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGGTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAGGTTAAt > 1:134097/2‑141 (MQ=39) caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 2:86177/1‑141 (MQ=255) 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atAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa < 1:246278/140‑1 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTCAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa > 1:200915‑M1/17‑141 (MQ=255) aatggaaaaaataaAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 2:264269‑M1/15‑141 (MQ=255) aggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:96850‑M1/13‑141 (MQ=255) aagaaaagataaAAAAACTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTTTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa > 1:102443‑M1/13‑141 (MQ=255) ggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAATAATAATGTACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat > 1:95887‑M1/12‑141 (MQ=255) agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTTCAAAAACCGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 1:152975‑M1/7‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt < 1:312920/141‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg < 1:307755/141‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 2:344200‑M1/140‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt > 1:139258‑M1/2‑141 (MQ=255) aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAGTATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt > 1:228048/1‑141 (MQ=255) | GTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > USA300TCH1516_ALE/512485‑512760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |