| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | G→A | 48.4% | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 → | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,462,758 | 0 | G | A | 48.4% | ‑1.6 / 39.2 | 33 | A70T (GCA→ACA) | USA300HOU_RS12680 | Putative 3‑methyladenine DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/6); new base A (9/7); total (20/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
CCACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGA > USA300TCH1516_ALE/2462624‑2462887 | ccACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTGATACACATg > 1:210348/1‑141 (MQ=255) cACTCAAACGTATACAGGCTACATAGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGTCGGTAAAATAACACCTAAAGTCAAGTCATTATATAAACGTACTAGTACAATTTATGCACAttt > 2:53786/1‑139 (MQ=255) tCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGGCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTAAt > 1:4976/1‑141 (MQ=255) gTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGTAGTTTTCTTAGGTTTGAATGAGCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAGCGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATAc < 2:27255/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACATAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTg > 2:161460/1‑141 (MQ=255) aaCGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGt > 1:245703/1‑141 (MQ=255) cttacttaGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAAt < 1:304759/141‑1 (MQ=255) aTGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTg < 1:340491/141‑1 (MQ=255) tCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCAAATGAACAATATACGCATCTGCACATTATTTTTGTAACAAAATATAAAGGTATACCTGAAgg > 2:364658/1‑141 (MQ=255) gCGGCTCATGGCTATGGCGGTAACATAACCCCTAAATCCACGGCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTa > 1:171553/1‑141 (MQ=255) gCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCCGAAGGCGTACtt > 1:119853/1‑141 (MQ=255) tCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAACCTGTAGCTCTAACTGAAGACGTACttct > 2:337213/1‑139 (MQ=255) gagTAAAATAACAACTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGTTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGa < 2:110625/139‑1 (MQ=255) aaaTAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCag < 1:392925/141‑1 (MQ=255) aTAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCagaa < 2:55616/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgatagaAACGTGGTGGTGAAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTc < 2:95940/139‑1 (MQ=255) ataAACGTGGTGGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTGGTAACAAAATGTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGATTTATCCGCGATATTCCGTa > 1:251821/1‑141 (MQ=255) gtggtgGTACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGAGTATCCGCTATGTTCCGTGACagag > 1:363216/1‑141 (MQ=255) gtggtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCCATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTCACAGAGGTa > 2:372262/1‑141 (MQ=255) tggtACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTaa > 2:12162/1‑141 (MQ=255) gtACAATTTATACACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATAGCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTaaaa > 2:222668/1‑139 (MQ=255) | CCACTCAAACGTATACAGGCTACATCGTGGAAACGGAAGCTTACTTAGGTTTGAATGATCGTGCGGCTCATGGCTATGGCGGTAAAATAACACCTAAAGTCACGTCATTATATAAACGTGGTGGTACAATTTATGCACATGTCATGCATACGCATTTACTCATTAATTTTGTAACAAAATCTGAAGGTATACCTGAAGGCGTACTTATCCGCGCAATTGAACCAGAAGAAGGTTTATCCGCTATGTTCCGTAACAGAGGTAAGA > USA300TCH1516_ALE/2462624‑2462887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |