| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,354,081 | C→A | 25.0% | E242* (GAA→TAA) | USA300HOU_RS06735 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,354,081 | 0 | C | A | 25.0% | 34.9 / 5.2 | 16 | E242* (GAA→TAA) | USA300HOU_RS06735 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/3); new base A (2/2); total (11/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCATTATTTGCTGCTAATTGATA > USA300TCH1516_ALE/1353942‑1354210 | cTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCtctttct < 2:56853/141‑1 (MQ=255) tttaTTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGTTTTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTttcttc < 1:46649/138‑1 (MQ=255) aCTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCtt > 1:63505/1‑141 (MQ=255) aGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATAtt > 1:34692/1‑141 (MQ=255) tCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCa > 2:66182/1‑141 (MQ=255) ccTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTATTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTaa > 1:62589/1‑141 (MQ=255) ccTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTATTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTaa > 1:62621/1‑141 (MQ=255) gggTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTATCTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTa > 2:93729/1‑141 (MQ=255) gATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACt > 1:81543/1‑141 (MQ=255) aTAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACtt > 1:85698/1‑141 (MQ=255) tATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTttaaagtt > 2:63110/1‑141 (MQ=255) aataCGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAat > 2:123418/1‑141 (MQ=255) aCGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATg < 2:124435/141‑1 (MQ=255) ttgAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCat < 1:63110/141‑1 (MQ=255) cTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCATTATTtg < 1:8943/141‑1 (MQ=255) atatTTATCTCTTTATTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCATTATTTGCTGCTAATTg < 2:62589/141‑1 (MQ=255) atatTTATCTCTTTATTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCATTATTTGCTGCTAATTg < 2:62621/141‑1 (MQ=255) tttATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCATTATTTGCTGCTAATTGATa > 2:74052/1‑141 (MQ=255) | CTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCGTAACGAAGATTTTGTTGAAACTGTATCAACATATTTATCTCTTTCTTCAGAACCTTGAATGATATTAACTGTACCATCACTAAAGTAAATAACACCGGTACTTTGGACTTTAAAGTTAAAGTTTTGTTCAATATGATCCTTTAATGCTTTCGCATTATTTGCTGCTAATTGATA > USA300TCH1516_ALE/1353942‑1354210 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |