Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 512,643 A→G 53.2% intergenic (+711/‑6052) recR → / → speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG53.2% 18.8 / 192.8 150intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (40/30);  new base G (41/38);  total (81/69)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.92e-01

Only 100 of 157 total aligned reads displayed.

TGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512506‑512782
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
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tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                           >  2:170884/1‑140 (MQ=255)
tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATGACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                           >  2:122984/1‑140 (MQ=255)
tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAAGTACTAACGAAAATTATTTTTAAAATTGTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                           <  1:524880/140‑1 (MQ=255)
 gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaata                                                                                                                                          >  1:156729/1‑140 (MQ=255)
    aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                                       >  2:337588/1‑140 (MQ=255)
      taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgatacaaggctggtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg                                                                                                                                     <  1:289477‑M1/32‑1 (MQ=255)
        ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATACAATGta                                                                                                                                   >  1:260391/1‑140 (MQ=255)
        agctacttagcgtcgatggtaggcgaacttacgatccgctagagtagaacgatgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                                   >  2:420681‑M1/107‑140 (MQ=255)
         gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  >  1:461068‑M1/106‑140 (MQ=255)
          ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                 <  2:461457‑M1/36‑1 (MQ=255)
             gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              <  2:636739/140‑1 (MQ=255)
              ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                             <  1:163981‑M1/40‑1 (MQ=255)
               tggagtcgatggaagtcgaacttacgttacgctagagtagaacaatgccaggcagtattttaatcaaattgtggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                            >  2:25440‑M1/100‑140 (MQ=255)
               tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagtttataacttaaatgttggtgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                            >  1:356219‑M1/100‑140 (MQ=255)
                gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                           <  2:555080/140‑1 (MQ=255)
                 ttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          <  1:188072/140‑1 (MQ=255)
                    tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                                       <  2:629420‑M1/46‑1 (MQ=255)
                       atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgcaaggcagttttttaatcaaatgtagtttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAATATATTGACTTAATTGTTGATAaaatgtataataaataattacc                                                                                                                    <  2:129745‑M1/49‑8 (MQ=255)
                          gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcagattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                 >  1:750517‑M1/89‑140 (MQ=255)
                          gtagtccaactgaagttacgctagagtagaacgttgcaaagcagatttttaatcaaattatggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                 >  2:309926‑M1/89‑140 (MQ=255)
                            gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAAAAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGATaa                                                                                                               >  1:33776/1‑140 (MQ=255)
                             aaaGCCTGTATAGGATGTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                              <  1:267304/140‑1 (MQ=255)
                               aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                            >  1:582972/1‑140 (MQ=255)
                               aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                            >  1:94961/1‑140 (MQ=255)
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                                  aattacgttacgctagagtagaacgttgctaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                         >  2:242976‑M1/81‑140 (MQ=255)
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                                                                       tttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  >  2:405662‑M1/44‑78 (MQ=255)
                                                                       tttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                                                  <  1:405662‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                                                       tcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                    >  1:636576/1‑140 (MQ=255)
                                                                        ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                                                   <  1:489132‑M1/98‑1 (MQ=255)
                                                                        caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                                                   >  2:74555/1‑140 (MQ=255)
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                                                                                 aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                          <  1:504495‑M1/107‑1 (MQ=255)
                                                                                      tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                                                     <  2:136301‑M1/112‑1 (MQ=255)
                                                                                       ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                    <  2:574678‑M1/113‑1 (MQ=255)
                                                                                       ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                    <  1:660356‑M1/113‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                         tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                  <  1:335701/140‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                               cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc            >  2:277109/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                               cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATc            <  2:724652/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 tAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAACTAATCaa          >  2:91365/1‑140 (MQ=255)
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                                                                                                                                    aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca       <  1:519142/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     tGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat      >  2:188668/1‑140 (MQ=255)
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                                                                                                                                       ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca    >  1:502037/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                           
TGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  USA300TCH1516_ALE/512506‑512782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: