| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 643,620 | G→A | 8.0% | intergenic (‑268/+281) | yjjP_1 ← / ← USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 643,620 | 0 | G | A | 8.0% | 208.3 / 6.1 | 72 | intergenic (‑268/+281) | yjjP_1/USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/37); new base A (2/4); total (31/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGGAATTTTTAGTAGTTAAAATTCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATAT > USA300TCH1516_ALE/643483‑643757 | atcGGAATTTTTAGTAGTTAAAATTCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTa < 1:118663/140‑1 (MQ=255) tcGGAATTATTAGTAGTTAAAATTCACTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAg < 2:676745/140‑1 (MQ=255) gAATTTTTAGTAGTTAAAATTCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTTGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGa > 1:357982/1‑140 (MQ=255) aTTTTTAGTAGTTAAAATTCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACt < 1:583881/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |