Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 131.4 / ‑6.5 | 42 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (21/20); minor base A (1/0); total (22/20) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGAT > USA300TCH1516_ALE/1646059‑1646320 | aCTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACTAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTTAGTAATGCCTCCTTGTacaa > 1:445364/1‑140 (MQ=255) aCTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTAACATCGAATCGAATGATGATCCATCGGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCATTCATTCCTCCTTTTacaa > 1:178028/1‑140 (MQ=255) cAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGtt > 2:322609/1‑140 (MQ=255) cacCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaaa < 2:36929/140‑1 (MQ=255) tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAACatata > 2:137820/1‑140 (MQ=255) gtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatatat < 1:514394/140‑1 (MQ=255) gtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatatat > 1:49613/1‑140 (MQ=255) tGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 1:502401/140‑1 (MQ=255) tGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATg < 1:442691/140‑1 (MQ=255) ctctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtca > 2:295423/1‑140 (MQ=255) aGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAatat < 2:749426/140‑1 (MQ=255) cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgct > 1:581700/1‑140 (MQ=255) cAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctgct < 2:46992/140‑1 (MQ=255) gcGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTACTTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:284473/139‑1 (MQ=255) gTATCAAATGATGATACATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTACTATCTAATATTACCTATAATTATTTTTAAATCATGCATACTTTTACAAAAGTTAAAATATATTCATATATTTAATCAATAATATTAACTAATTTTTg > 2:223587/1‑140 (MQ=255) cGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTACAATATATTCATATGTTTCATCAACCATCTTAGCTGCTTTTTGAAtt > 1:307781/1‑140 (MQ=255) cGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAAtt > 2:204940/1‑140 (MQ=255) atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTaaa < 1:236236/140‑1 (MQ=255) cgatgGTTCGTCTGCTCCTCATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAg < 1:671386/139‑1 (MQ=255) ccATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTc > 1:160906/1‑140 (MQ=255) ccATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTc > 1:554009/1‑140 (MQ=255) aTCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCCTTTTTAATTAAAGCAATTTCGt > 2:679781/1‑140 (MQ=255) tCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTCCACGAGGTAAAATATATTTATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTc > 1:757755/1‑140 (MQ=255) gCTCCTACTTCTAGCATTTTGGTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTGTTACAACAGTTAAGATATATTCATATGTTTCATCAACAATATGAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGc < 2:713683/140‑1 (MQ=255) tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGAc > 1:621180/1‑140 (MQ=255) tCTAGCATTGTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTCTACAACCGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGAc < 1:679603/140‑1 (MQ=255) aGCATTGTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGtc < 2:685621/140‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCTGTCATGCCTCCTTATCCATTATTTATACTATACTATTTTGTTTCATAAATTATATTAGCTGCTTTTTGAATTATAGCTGCTTGTTCATCAT‑CTTTTACGTCTCTAAt < 2:377480/140‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAAt < 1:601190/140‑1 (MQ=255) tGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCACTTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTGTAAtt > 2:390043/1‑140 (MQ=255) gCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCTGTCTTGTTTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTATCTTCTTTTTGATTTTAATCAATTTTGTCATCAT‑TTTTTACGTCTCTAtttt > 2:410732/1‑140 (MQ=255) cTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCt > 1:293303/1‑140 (MQ=255) tGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTGTACAACAGTTAAACTATATTCTTATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTAt < 1:104828/140‑1 (MQ=255) ccTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa < 1:204940/140‑1 (MQ=255) ccTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa < 1:306341/140‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAGGCAATTTCGTGAGCAT‑GTTTGAGGACTGTGATTTTATCTAAGGTAGTAGAAATg > 1:378987/1‑140 (MQ=255) aTTCTTTTTCAGCCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:318942/140‑1 (MQ=255) tttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCtta > 1:158753/1‑140 (MQ=255) tttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCtta > 2:101427/1‑140 (MQ=255) tttttCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATCTTATCTACAGTATTAGAAATGCtta < 1:295423/140‑1 (MQ=255) tCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATTGACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAATCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGat < 2:337706/140‑1 (MQ=255) tCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGATTCATCTACAATATTAGCTGCTTTTTGACCTAACTCTATTTCGTCA‑CATGAGATAATGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAGATGCTTATTAATGat > 1:678976/1‑140 (MQ=255) | ACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCAT‑CTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGAT > USA300TCH1516_ALE/1646059‑1646320 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |