Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | A→T | 8.5% | intergenic (‑144/+376) | rot ← / ← USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,892,051 | 0 | A | T | 8.5% | 207.0 / 10.0 | 71 | intergenic (‑144/+376) | rot/USA300TCH1516_01749 | HTH‑type transcriptional regulator rot/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/23); new base T (4/2); total (46/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 |
CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAAT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892186 | cATCTCCCAATTAATAATCCCATCTTTAGCCACTATACTAGTGTTAACAAAAAACAATACACTCCCTAGACTTGCATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTGGTCATACTTTTTTTCTATTCAATTGTCAAAGt < 2:196452/140‑1 (MQ=255) aaTTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCACTTGTCAAAGTTGAATaaa > 1:89776/1‑140 (MQ=255) aaTTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATaaa > 2:429296/1‑140 (MQ=255) tactaatCACATATTTGGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGAGTAAATCTTCTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAAtt < 1:326523/137‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATAGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCaataat > 1:733385/1‑140 (MQ=255) aCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCACAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAACGTTGAATAAAATTCAATAAGTATAAAAACCAATAATCa > 1:226039/1‑140 (MQ=255) aCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTCTTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAACACCCcataatta > 1:586756/1‑138 (MQ=255) aCAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACGTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAAtcatca > 1:622327/1‑140 (MQ=255) cAAGTAGTAACAAACAGCCCATAAACCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCaa < 2:226909/140‑1 (MQ=255) acaaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAATGTTAAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATTAATAGAGTTaa > 2:238685/1‑140 (MQ=255) caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 1:383058/1‑140 (MQ=255) caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 1:115522/1‑140 (MQ=255) caaacaTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAat > 2:396667/1‑140 (MQ=255) ccaTCCCACCACTCACATAAGTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATAtt < 2:298525/139‑1 (MQ=255) aTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTa > 1:220474/1‑140 (MQ=255) aTCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTa 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gCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAGCTCActctgt > 1:535417/1‑138 (MQ=255) gCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTAt > 1:428076/1‑140 (MQ=255) aaaCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATCTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACat > 1:753916/1‑140 (MQ=255) aaaCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTAAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAACACAATAATCAATACAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACat > 2:660914/1‑140 (MQ=255) atgaCAATTGTAAATTAACTTGCTTTCTATTGAATTGTCAAAGTTAAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAAGAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACatat < 2:225957/137‑1 (MQ=255) aCTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACatat > 1:647872/1‑140 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(MQ=255) tCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCact > 1:336151/1‑138 (MQ=255) tCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAat > 1:668360/1‑140 (MQ=255) | CATCTCCCAATTAATAATCACATATTTAGCTACTATACAAGTATTAACAAACATCCCAACAATCCCAAAACTTGTATGTGCTAACTTATGCATAAAACTACAAGTGTAAATAAACTTGCTTTCTATTCAATTGTCAAAGTTGAATAAAATTAAATAAGTATAAAAACCAATAATCAATAGAGTTAATATTTAGAAATAAGATAATAGTACATAAAACAAATCACTCTATTACATATTAATTTTATAATTTATATACAAAGAAAATATATCAAT > USA300TCH1516_ALE/1891914‑1892186 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |