Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | A→G | 20.9% | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275 → / ← yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,211,305 | 0 | A | G | 20.9% | 108.4 / 10.2 | 65 | intergenic (+298/+515) | USA300HOU_RS11275/yidC | hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/24); new base G (7/7); total (33/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211170‑2211444 | ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgtt > 1:485465/1‑140 (MQ=255) ggaTTGCGGTGTTGAGGTGTTGTAGTCAGGTCTGGCGGTGATGTCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg < 2:435442/138‑1 (MQ=18) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg > 1:538165/1‑140 (MQ=255) tttctgtgtaatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGACATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:615413/135‑1 (MQ=255) ttGCGGTTTTAAGCTGTCATAGACACACTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTTCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:240283/140‑1 (MQ=18) ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTTGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg < 1:536038/140‑1 (MQ=255) ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTgtgctgttgatg > 2:240158/1‑140 (MQ=255) tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc > 1:39935/1‑140 (MQ=255) gtgtgatgctgttagAGCTAGGTTTGGCGTTCATGACATGCT‑ACTTTGATGTGCTCGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTAACATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg < 1:201561/140‑1 (MQ=17) gttgtAGACAGGTCTGGCGGTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAt < 1:182717/140‑1 (MQ=255) aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGTTGTGCt > 2:12459/1‑140 (MQ=255) aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCt > 1:597368/1‑140 (MQ=255) aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGGT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCt > 1:377267/1‑140 (MQ=255) gtgtGGCGTTGATGCCATGTG‑ACTGTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt < 1:374959/137‑1 (MQ=255) tttGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGGTGTGCTGGTGCTa > 1:224519/1‑140 (MQ=255) tGGCGTTGATGCCCTGTTAACCATGAT‑ACCCGGGACCACGATGCGACTTGATGTATTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGCGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGTTGCTACg > 2:546681/1‑140 (MQ=14) ggCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGa > 1:365639/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGATGCTACGa > 2:452817/1‑140 (MQ=255) tGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGa < 1:348156/140‑1 (MQ=255) aTGCTATGTT‑ACTTTGGTGTGCTGGGAGCACTATGCGTTTGGATGTGGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt < 2:135670/140‑1 (MQ=14) aTGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGGGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt < 1:344697/140‑1 (MQ=255) gcgaggTT‑ACTTTGATGTGGGGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg < 1:297675/135‑1 (MQ=255) tGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGACATGTTACTTTGATGTGATGGTGTTACGATGCGACGTGATGt > 2:108731/1‑140 (MQ=255) ct‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAg < 1:99685/139‑1 (MQ=255) cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc > 1:38280/1‑140 (MQ=255) cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc < 1:524914/140‑1 (MQ=255) tttGATGTGCTGGTGCCTCGGTGCGTTTTGGTGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTTGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCt < 2:37729/140‑1 (MQ=11) ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa > 1:415086/1‑140 (MQ=255) ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTCGTGCTACGATGCGACTTGACCTAGTGCtc > 1:154981/1‑139 (MQ=255) ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGGCGATGCGACCTGATGTAGTGCTa > 1:536839/1‑140 (MQ=255) ttGATCTGCTGGTACCTCGATGCGGCTTGTTGTATTGCTGTGGTGGGTCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa < 2:538165/140‑1 (MQ=14) tggtggggCTGGTCCCAGGGTGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTGTGTTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa < 2:416611/133‑1 (MQ=11) tGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc > 2:145025/1‑90 (MQ=255) tGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc < 1:145025/90‑1 (MQ=255) tgCTGGTGCCATGGTGCGTTTTGGTGTATTGCTATGATCTGGCTGTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgt < 2:474518/140‑1 (MQ=11) cTGGTACCACGATGCGACTTGAAGTTGGCCCTGGAGGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTGGTAGTCGGGGTTGATGTTGATGCCATGATGCTTTGATGTGTTGGTGCGACGATGTGAGGTGGTGTCGTGCTttgtggtgt > 2:664597/1‑134 (MQ=9) gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGTCATGTTGCTTTGATGTGCTGATGCTACGTTGCGACGTTGCGTTGTGCTATGATGcgtcgt > 2:355085/1‑140 (MQ=14) gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTTGTGCTTTGATGTGGCGt > 2:749258/1‑140 (MQ=255) aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCGTGTTGCTATGATGTGCTGATGCGACGATGCGACGTGATGTAGTGCTTTGAGGTGTCGTTg > 2:589048/1‑140 (MQ=14) aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAAGCTGCGTCTGGATGTAGTGCTATGTGGTGGTGTTg > 1:64216/1‑140 (MQ=17) ccACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgc < 2:399754/140‑1 (MQ=255) aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGGAGTGCTATGATGTGGCGTGgcgc > 1:142100/1‑140 (MQ=255) gttGCGTCTTGGTGTAGGGCTTGGATGTGGCATGGGTGTGTTGTGGTGTTATTGACCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg < 2:211909/138‑1 (MQ=14) tgggACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt < 1:103525/137‑1 (MQ=255) gACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCGTTGCGCTGTTATg > 1:362867/1‑140 (MQ=255) tGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt < 1:499545/140‑1 (MQ=255) ttgTGGTATGGTGGGGCGTTGTTGTGTTGTGGTGTTGTAGTTGGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg < 2:395865/138‑1 (MQ=14) tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTG‑TATAGACCGGTTTGAGGTTGATGGCATGTTCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTCTGATGTGGCGGTGCGCTGTTATGGGGTTATAgg > 2:479653/1‑139 (MQ=14) tAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg < 1:41701/140‑1 (MQ=255) tGCTATGATGTGGCATTACGTTGTGATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCa < 1:101484/140‑1 (MQ=255) gCTATGGTGTGGCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATTGATCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg < 2:39935/140‑1 (MQ=17) cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTGGCGTTGTGCTATGTGGTGTTGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTGGcccgt > 2:611285/1‑137 (MQ=14) cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg < 1:424884/140‑1 (MQ=255) cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg > 2:179174/1‑140 (MQ=11) atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGGCGTTGCTGCCATGTTATTTTGATGTGCTGGTGTGACGTTGCGACGTGCGTTAGTGTTCTGATGTGGCGTGGCGATTTTATTGTGTTATATCCGGGtt > 2:617818/1‑140 (MQ=2) tgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 1:405789/140‑1 (MQ=255) ggttgtgGCATTGTTGTGTTATTGTGTTGTTGTGCGGTTTGGTTTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt < 2:392257/137‑1 (MQ=17) ggtgGCGTTGCGGTGTTGTGGTGGTATAGTGCGGTTTGGTGTTCATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgt < 2:171252/139‑1 (MQ=17) ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTGACGATGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTTGGGTTGCGCGGTTATGGGGTTATAGCAAGGATAGGTGtt > 2:204815/1‑140 (MQ=17) gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATACACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCTTTGCTCTGTTATCGTGTTATAGCCAGGTCGGGTGTTg > 2:169601/1‑140 (MQ=17) tagtGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGGGCTACGATGCGACTTGGTGTTGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa < 2:318642/137‑1 (MQ=18) tttGGGGTGTTTTGGTGGTGTTGACCGGTTTGGTGTCGATGCCATGTTAGTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAt < 2:189158/139‑1 (MQ=17) aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGGTTGGTGGTGAt > 1:113723/1‑140 (MQ=255) ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg > 1:100700/1‑140 (MQ=255) tGCGGTGTTGTGGTGTCCTCGCTGCGTTCGATGTTGATGCCATGCTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGt < 2:567444/140‑1 (MQ=17) ggtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCAt > 1:616688/1‑140 (MQ=255) gtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCGGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTGATGGTGGTATAGCCAGGTATGGTGCTGGTgcgatg > 2:36636/1‑135 (MQ=17) ttattgtgttatAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGGTGTGCTGGTGCTAGGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg < 2:517526/140‑1 (MQ=255) tatggtgttagAGACCGGGTTGATGTTCATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGt < 2:695171/140‑1 (MQ=255) taGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTa > 2:314331/1‑140 (MQ=255) taGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGGTGATGTCATGCCGTTACGGTTCTa > 1:672722/1‑140 (MQ=255) aCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa < 2:38280/140‑1 (MQ=255) gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt > 1:209667/1‑140 (MQ=255) atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt > 1:522901/1‑140 (MQ=255) | GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTT‑ACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2211170‑2211444 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |