Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,211,305 A→G 20.9% intergenic (+298/+515) USA300HOU_RS11275 → / ← yidC hypothetical protein/Membrane protein insertase YidC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,211,3050AG20.9% 108.4 / 10.2 65intergenic (+298/+515)USA300HOU_RS11275/yidChypothetical protein/Membrane protein insertase YidC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (25/24);  new base G (7/7);  total (33/32)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT  >  USA300TCH1516_ALE/2211170‑2211444
                                                                                                                                        |                                                                                                                                           
ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgtt                                                                                                                                         >  1:485465/1‑140 (MQ=255)
 ggaTTGCGGTGTTGAGGTGTTGTAGTCAGGTCTGGCGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg                                                                                                                                        <  2:435442/138‑1 (MQ=18)
 gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttg                                                                                                                                        >  1:538165/1‑140 (MQ=255)
    tttctgtgtaatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGACATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg                                                                                                                                     <  1:615413/135‑1 (MQ=255)
    ttGCGGTTTTAAGCTGTCATAGACACACTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTTCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg                                                                                                                                     <  1:240283/140‑1 (MQ=18)
    ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTTGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgatg                                                                                                                                     <  1:536038/140‑1 (MQ=255)
    ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTgtgctgttgatg                                                                                                                                     >  2:240158/1‑140 (MQ=255)
     tGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc                                                                                                                                    >  1:39935/1‑140 (MQ=255)
         gtgtgatgctgttagAGCTAGGTTTGGCGTTCATGACATGCTACTTTGATGTGCTCGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTAACATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg                                                                                                                                <  1:201561/140‑1 (MQ=17)
                   gttgtAGACAGGTCTGGCGGTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAt                                                                                                                      <  1:182717/140‑1 (MQ=255)
                        aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGTTGTGCt                                                                                                                 >  2:12459/1‑140 (MQ=255)
                        aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCt                                                                                                                 >  1:597368/1‑140 (MQ=255)
                        aGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGGTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCCTGTTACTTTGATGTGCt                                                                                                                 >  1:377267/1‑140 (MQ=255)
                              gtgtGGCGTTGATGCCATGTGACTGTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt                                                                                                           <  1:374959/137‑1 (MQ=255)
                               tttGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGGTGTGCTGGTGCTa                                                                                                          >  1:224519/1‑140 (MQ=255)
                                 tGGCGTTGATGCCCTGTTAACCATGATACCCGGGACCACGATGCGACTTGATGTATTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGGGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGCGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGTTGCTACg                                                                                                        >  2:546681/1‑140 (MQ=14)
                                  ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGa                                                                                                       >  1:365639/1‑140 (MQ=255)
                                  ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGATGCTACGa                                                                                                       >  2:452817/1‑140 (MQ=255)
                                       tGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGa                                                                                                  <  1:348156/140‑1 (MQ=255)
                                         aTGCTATGTTACTTTGGTGTGCTGGGAGCACTATGCGTTTGGATGTGGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt                                                                                                <  2:135670/140‑1 (MQ=14)
                                         aTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGGGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt                                                                                                <  1:344697/140‑1 (MQ=255)
                                           gcgaggTTACTTTGATGTGGGGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTg                                                                                              <  1:297675/135‑1 (MQ=255)
                                               tGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGACATGTTACTTTGATGTGATGGTGTTACGATGCGACGTGATGt                                                                                          >  2:108731/1‑140 (MQ=255)
                                                 ctACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAg                                                                                        <  1:99685/139‑1 (MQ=255)
                                                     cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc                                                                                     >  1:38280/1‑140 (MQ=255)
                                                     cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc                                                                                     <  1:524914/140‑1 (MQ=255)
                                                      tttGATGTGCTGGTGCCTCGGTGCGTTTTGGTGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTTGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCt                                                                                    <  2:37729/140‑1 (MQ=11)
                                                       ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa                                                                                   >  1:415086/1‑140 (MQ=255)
                                                       ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTCGTGCTACGATGCGACTTGACCTAGTGCtc                                                                                   >  1:154981/1‑139 (MQ=255)
                                                       ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCGGCGATGCGACCTGATGTAGTGCTa                                                                                   >  1:536839/1‑140 (MQ=255)
                                                       ttGATCTGCTGGTACCTCGATGCGGCTTGTTGTATTGCTGTGGTGGGTCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa                                                                                   <  2:538165/140‑1 (MQ=14)
                                                       tggtggggCTGGTCCCAGGGTGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGCCCGGTGTGTTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTa                                                                                   <  2:416611/133‑1 (MQ=11)
                                                        tGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc                                                                                                                                    >  2:145025/1‑90 (MQ=255)
                                                        tGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc                                                                                                                                    <  1:145025/90‑1 (MQ=255)
                                                             tgCTGGTGCCATGGTGCGTTTTGGTGTATTGCTATGATCTGGCTGTGCTGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGAtgt                                                                             <  2:474518/140‑1 (MQ=11)
                                                               cTGGTACCACGATGCGACTTGAAGTTGGCCCTGGAGGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTGGTAGTCGGGGTTGATGTTGATGCCATGATGCTTTGATGTGTTGGTGCGACGATGTGAGGTGGTGTCGTGCTttgtggtgt                                                                           >  2:664597/1‑134 (MQ=9)
                                                                  gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGTCATGTTGCTTTGATGTGCTGATGCTACGTTGCGACGTTGCGTTGTGCTATGATGcgtcgt                                                                        >  2:355085/1‑140 (MQ=14)
                                                                  gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGGTGTTGTGCTTTGATGTGGCGt                                                                        >  2:749258/1‑140 (MQ=255)
                                                                    aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCGTGTTGCTATGATGTGCTGATGCGACGATGCGACGTGATGTAGTGCTTTGAGGTGTCGTTg                                                                      >  2:589048/1‑140 (MQ=14)
                                                                    aCCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTAAGCTGCGTCTGGATGTAGTGCTATGTGGTGGTGTTg                                                                      >  1:64216/1‑140 (MQ=17)
                                                                     ccACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgc                                                                     <  2:399754/140‑1 (MQ=255)
                                                                       aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGGAGTGCTATGATGTGGCGTGgcgc                                                                   >  1:142100/1‑140 (MQ=255)
                                                                         gttGCGTCTTGGTGTAGGGCTTGGATGTGGCATGGGTGTGTTGTGGTGTTATTGACCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg                                                                 <  2:211909/138‑1 (MQ=14)
                                                                           tgggACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGGTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt                                                               <  1:103525/137‑1 (MQ=255)
                                                                              gACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCGTTGCGCTGTTATg                                                            >  1:362867/1‑140 (MQ=255)
                                                                                  tGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgtgt                                                        <  1:499545/140‑1 (MQ=255)
                                                                                       ttgTGGTATGGTGGGGCGTTGTTGTGTTGTGGTGTTGTAGTTGGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg                                                   <  2:395865/138‑1 (MQ=14)
                                                                                       tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTATAGACCGGTTTGAGGTTGATGGCATGTTCCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTCTGATGTGGCGGTGCGCTGTTATGGGGTTATAgg                                                  >  2:479653/1‑139 (MQ=14)
                                                                                       tAGTGCTAGGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAg                                                   <  1:41701/140‑1 (MQ=255)
                                                                                          tGCTATGATGTGGCATTACGTTGTGATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCa                                                <  1:101484/140‑1 (MQ=255)
                                                                                           gCTATGGTGTGGCAGTGCGGTGTTATGGTGTTATTGATCGGTTTGAGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAg                                               <  2:39935/140‑1 (MQ=17)
                                                                                            cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGGGACGTGGCGTTGTGCTATGTGGTGTTGTTGCGCTGTTATGGTGTTCTGGcccgt                                              >  2:611285/1‑137 (MQ=14)
                                                                                            cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg                                              <  1:424884/140‑1 (MQ=255)
                                                                                            cTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGTGCTGGTACTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAgg                                              >  2:179174/1‑140 (MQ=11)
                                                                                              atgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACGGGTTTGGCGTTGCTGCCATGTTATTTTGATGTGCTGGTGTGACGTTGCGACGTGCGTTAGTGTTCTGATGTGGCGTGGCGATTTTATTGTGTTATATCCGGGtt                                            >  2:617818/1‑140 (MQ=2)
                                                                                               tgatgTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt                                           <  1:405789/140‑1 (MQ=255)
                                                                                               ggttgtgGCATTGTTGTGTTATTGTGTTGTTGTGCGGTTTGGTTTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGttt                                           <  2:392257/137‑1 (MQ=17)
                                                                                                  ggtgGCGTTGCGGTGTTGTGGTGGTATAGTGCGGTTTGGTGTTCATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGgt                                        <  2:171252/139‑1 (MQ=17)
                                                                                                     ggCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTGACGATGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTTGGGTTGCGCGGTTATGGGGTTATAGCAAGGATAGGTGtt                                     >  2:204815/1‑140 (MQ=17)
                                                                                                      gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATACACCGGTTTGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTTTGATGTGGCTTTGCTCTGTTATCGTGTTATAGCCAGGTCGGGTGTTg                                    >  2:169601/1‑140 (MQ=17)
                                                                                                       tagtGCGGTGTTATGGTGTTGTAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGGGCTACGATGCGACTTGGTGTTGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGa                                   <  2:318642/137‑1 (MQ=18)
                                                                                                        tttGGGGTGTTTTGGTGGTGTTGACCGGTTTGGTGTCGATGCCATGTTAGTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGAt                                  <  2:189158/139‑1 (MQ=17)
                                                                                                        aTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGGTTGGTGGTGAt                                  >  1:113723/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                         ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATg                                 >  1:100700/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                          tGCGGTGTTGTGGTGTCCTCGCTGCGTTCGATGTTGATGCCATGCTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGt                                <  2:567444/140‑1 (MQ=17)
                                                                                                             ggtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCAt                             >  1:616688/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                              gtgttatggtgttatAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCGGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTGATGGTGGTATAGCCAGGTATGGTGCTGGTgcgatg                            >  2:36636/1‑135 (MQ=17)
                                                                                                                 ttattgtgttatAGACCGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGGTGTGCTGGTGCTAGGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCg                         <  2:517526/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  tatggtgttagAGACCGGGTTGATGTTCATGCCATGTTACGTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGt                        <  2:695171/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            taGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTa              >  2:314331/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                            taGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACGTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGGTGATGTCATGCCGTTACGGTTCTa              >  1:672722/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                               aCCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGa           <  2:38280/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       gatgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATAtgttgt   >  1:209667/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                        atgttgatgCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATgttgtt  >  1:522901/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                           
GGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGTGTTATAGCCAGGTTTGGTGTTGATGTCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTT  >  USA300TCH1516_ALE/2211170‑2211444

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: