Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,217,285 | T→C | 5.3% | T97A (ACA→GCA) | ssbA_3 ← | Single‑stranded DNA‑binding protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,217,285 | 0 | T | C | 5.3% | 283.7 / 2.5 | 93 | T97A (ACA→GCA) | ssbA_3 | Single‑stranded DNA‑binding protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/43); new base C (3/2); total (48/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
AATGTATATTAAGGATGTTTAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGTTTGTCCGTCTTTATCATACTTTCTTGATCTCATTTGACCAGTTATACCAACCAATGTACCTTGATTAGTATATTTTTCTATATTAGAAGCTAACTTGCCAAATGCTTT > USA300TCH1516_ALE/2217146‑2217423 | aaTGTATATTAAGGATGTTTAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGt > 1:318098/1‑140 (MQ=255) aTGTATATTAAGGATGTTTAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGtt > 1:677627/1‑140 (MQ=255) tctataTTAAGGATGTTTAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGttt < 2:491030/138‑1 (MQ=255) tGTATATTAAAGATGTTTAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGttt < 2:453246/140‑1 (MQ=255) 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ggATGTTTAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAAATTTATTGTTTCAACATCTaa > 2:31235/1‑140 (MQ=255) ggATGTTTAGGATAATAGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCAATATTTTGGCATTTAGGGTACATAGATTTTATTGTTTCAACATATaa > 2:140249/1‑140 (MQ=255) tttAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGGCATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAg < 1:644899/140‑1 (MQ=255) tAGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGCATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTCCAACATATAATTCAGTg > 2:27721/1‑140 (MQ=255) aGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGa > 1:91526/1‑140 (MQ=255) aGGATAATTGGATTTAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATCTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGa > 1:140705/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGttt < 2:528138/140‑1 (MQ=255) ttAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGTTTg < 1:434288/140‑1 (MQ=255) ttAAATTGCTAAGAAGTCATGATTATATATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGAGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGTTTg < 1:273207/140‑1 (MQ=255) tAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGTTTGt < 1:367477/140‑1 (MQ=255) tAAATTTCTAATAAGTCATGATTATCTATATTTTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGTTTGt > 1:74088/1‑140 (MQ=255) aaTTTATAATAAGTCATGATTATCTATATATTGAGAGTCAATATCTAAATACTATCTGAGAGAATTTCATTATTTTGGGATTTAGGGGACATAAATTTTATTGTTTCAACATATAATTCAGTGACAAAGTGTGTTTGTcc < 1:433002/140‑1 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |