New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 512620 =26 (1.360)10 (0.770)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC
9/190 0.4 39.7% intergenic (+688/‑6075) recR/speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
?USA300TCH1516_ALE = 517814 19 (0.990)intergenic (+5882/‑881) recR/speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  USA300TCH1516_ALE/512483‑512758
                                                                                                                                         |                                                                                                                                          
gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTCTaaaa                                                                                                                                         >  2:54241/1‑141 (MQ=255)
 cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAAAACTaaaaa                                                                                                                                        >  2:195326/1‑141 (MQ=255)
         aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                <  1:189965/141‑1 (MQ=255)
                  aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                       <  2:158974‑M1/22‑1 (MQ=255)
                  aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                       <  1:51874/141‑1 (MQ=255)
                  aaaGGGGTAATTTTTAATGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCTTATATAGTATTTATTTGTTTAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                       <  2:147560/141‑1 (MQ=255)
                        gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtcgaacgatgccaggcagttttttaatcaaatttcggttgcaaaataagatggacaagataaAAAACGTTATTGACTCatatgttgatca                                                                                                                 <  2:171198‑M1/28‑6 (MQ=255)
                                   ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                      >  1:10481‑M1/103‑141 (MQ=255)
                                   ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                      >  1:144022‑M1/103‑141 (MQ=255)
                                    cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                     <  2:129438‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                     ttgttATGTAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTAGTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                    <  1:85172/141‑1 (MQ=255)
                                              aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                           >  2:55367/1‑141 (MQ=255)
                                                      cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttcatcaaattttggtcaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTACTACTCGTCCCTAagaca                                                                                   <  2:148359‑M1/58‑3 (MQ=255)
                                                       gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGCCGGTAAGaaaa                                                                                  <  1:96449/141‑1 (MQ=255)
                                                             acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                            <  1:1383‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                                gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                         <  1:30716/141‑1 (MQ=255)
                                                                 tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                        <  1:206942/141‑1 (MQ=255)
                                                                  ccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                       >  1:95069‑M1/72‑141 (MQ=255)
                                                                   tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaa                                                                      >  1:32300/1‑141 (MQ=255)
                                                                    gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGCACattgcaa                                                                     <  1:66138‑M1/72‑4 (MQ=255)
                                                                             gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAGATTGAAAACTGaatta                                                            <  2:35011‑M1/81‑3 (MQ=255)
                                                                             gAGGCAAACAAAACAACTCAACATAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                            >  1:73369/1‑141 (MQ=255)
                                                                                gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                         <  1:55367/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCATGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                      >  1:47844/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                    <  1:132802/141‑1 (MQ=255)
                                                                                         acaacTCAACTTAAGACATAACTTGAATTACTAACGAAACTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGCCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAACTACAATATGTCAAc                                                >  2:56328/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                         >  1:129260/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATCTTAAAACGATTTATCACTCCCCCCGCCGGGGATGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGACAACGTTAATTACa                                      >  2:45900/1‑141 (MQ=16)
                                                                                                      caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                   <  1:112282‑M1/106‑1 (MQ=255)
                                                                                                        aaaTAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                 <  2:6643/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                >  1:43587/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                            ttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGCTGATAAAATGTATAATTAATTCTTAAAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCTAAAAAACGTa                             <  2:91779‑M1/112‑1 (MQ=255)
                                                                                                                tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCTAAAAACGTAACta                         >  1:123343/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                  >  1:78535/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATGGAAAACAGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTCTAAAttc                  >  2:101615/1‑140 (MQ=37)
                                                                                                                         aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATCCCAAAAAACGTAACTCTAAGTTACa                <  2:48368‑M1/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa               <  1:72894‑M1/126‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa            <  1:198661‑M1/129‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat           <  1:11067/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt          <  2:87609/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg    >  1:132869/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa  >  1:129438‑M1/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                          
GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  USA300TCH1516_ALE/512483‑512758

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.