Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,698 | +T | coding (78/1335 nt) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,373,697 | 1 | . | T | 95.2% | 64.1 / ‑3.3 | 21 | coding (79/1335 nt) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (10/10); total (10/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAAT > USA300TCH1516_ALE/2373565‑2373828 | gCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGaaa > 1:17780/1‑141 (MQ=255) ctAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAg < 1:57495/141‑1 (MQ=255) tagtGCAGTCGCTACAAAAATGGCACGTTGGTCCATTTGCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAACAGATGGTGGAGTTGT‑TAATAAAGTTGTGATACCGCCTAAGa < 2:131123/138‑1 (MQ=255) aTGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGAtt < 1:94933/141‑1 (MQ=255) gCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCtttt < 1:103057/141‑1 (MQ=255) gCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGACTAAGATTTCTCtttt > 1:135876/1‑141 (MQ=255) aCAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTaaa > 2:209644/1‑141 (MQ=255) cAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAg > 1:133650/1‑141 (MQ=255) ccTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCata < 2:170850/141‑1 (MQ=255) ttGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATAtt > 2:219064/1‑141 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa < 2:683/141‑1 (MQ=255) cATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGa > 1:189659/1‑141 (MQ=255) tatCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGaaa < 1:80811/141‑1 (MQ=255) ctGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGttt < 1:67224/141‑1 (MQ=255) cgtttAACACACGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGaa < 1:105377/139‑1 (MQ=255) cacCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGTTGc > 2:125881/1‑141 (MQ=255) ttAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTaa > 1:28769/1‑141 (MQ=255) aaaCTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAAt < 1:131276/141‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATAcc < 1:71805/141‑1 (MQ=255) ataG‑GCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGATTTACACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAATTCCCTTATTAGTTTCATATCATTCtt > 2:95977/1‑141 (MQ=255) g‑gCCATAGATTAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACCGATGCTGACAAGGCATGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTtaat > 1:172769/1‑141 (MQ=255) | GCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTTAAAACTTGCGGGTTAACTGCTAAAATATAG‑GCCATAGA‑TAAGAAAGTTGTGATACCGCCTAAGATTTCTCTTTTAAAGTTTGTTCCATATTTATCGAACTGGAAATAGTTTTTCACGAATGGATGCTCCTTTTTTTAAAATACCTTAATAGTTTAATATCATTCTTAAT > USA300TCH1516_ALE/2373565‑2373828 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |