New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 482715 = | 53 (0.860) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 6.2% | intergenic (+512/‑171) | USA300HOU_RS02285/USA300HOU_RS02295 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 482748 = | 41 (0.710) | intergenic (+545/‑138) | USA300HOU_RS02285/USA300HOU_RS02295 | hypothetical protein/hypothetical protein |
ATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAATGATGATACGAGGAGATTGTAAGA > USA300TCH1516_ALE/482610‑482886 | aTAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGTTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATtata < 1:397106/141‑1 (MQ=255) aTAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATtata > 1:674518/1‑141 (MQ=255) gaGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATAc < 1:186204/140‑1 (MQ=255) ggggTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAACAAAATATTGTTATTT‑CAATTATaaaa > 1:382200/1‑141 (MQ=255) atgttatccataatatcaatgtgccacaaatttcactttaccgacaatatcaaaattataaagttcatattgttatgtatattgcaaataaaacattgtataattgaaaatagcaaaatattgttatttcaattATACAAt < 2:285225‑M2/7‑1 (MQ=255) gTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGt < 2:446581/141‑1 (MQ=255) taactaaTGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTAATAAATTGAAAATAGCAAACCATCGTTATCT‑CAAACAGACAAtattttatttaaa > 1:106486/1‑138 (MQ=255) actaaTGTAATGATGAACTCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAat > 2:276231/1‑141 (MQ=255) atgtgccacaaatttcactttaccgacaatatcaaaattataaagttcatattgttatatatatttcaaataaaacattgtataattgaaataataatattttgctatttttaattATTCTATATTTTATTTACAatttaa > 1:229725‑M2/117‑140 (MQ=255) atgtgccacaaatttcactttaccgacaatatcaaaattataaagttcatattgttatatatattgcaaataaaacattatataattgaaaatagcaaaatattattatttcaattATACAATATTTTATTTACAatataa > 2:229725‑M2/117‑140 (MQ=255) gATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATTGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGATTTATTTGCAATATACATAACaa > 2:74584/1‑141 (MQ=255) gATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACaa > 1:464626/1‑141 (MQ=255) ttAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAata > 1:363853/1‑141 (MQ=255) atataGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACttt > 2:625040/1‑141 (MQ=255) tataGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTta < 1:644070/141‑1 (MQ=255) 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2:193467/1‑141 (MQ=255) aaCTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATAtt > 2:375951/1‑141 (MQ=255) aaCTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTACTTGCATTGTATATAACAATATGAACTTTATAATTTTTATAtt > 2:6669/1‑141 (MQ=255) tctATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTc > 1:669643/1‑141 (MQ=255) cGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGa > 1:689223/1‑141 (MQ=255) cTTATCCGCTCTGTATAATAAATATAAATAGTACTATATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAAt < 2:712094/141‑1 (MQ=255) tACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAAttt > 2:32168/1‑141 (MQ=255) ccactctGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTtgtg < 2:435399/138‑1 (MQ=255) ccTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAACCATTGTTTTTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGc < 1:429961/141‑1 (MQ=255) tctGTATAATAAATATAAATCGTACTATATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGcac < 2:518561/141‑1 (MQ=255) tctGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGcac < 2:311971/141‑1 (MQ=255) ttatattgtaaataaaatattgtatAATTGAAA‑TAATAATATTTTGCTATTTTCAATTATATAATGTTTTATTTGCAATATATATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACAt > 2:229725‑M1/26‑141 (MQ=255) ttaaattgtaaataaaatatagaatAATTAAAAATAGCAAAATATTATTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGAAATATATATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACAt > 1:229725‑M1/26‑141 (MQ=255) tGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACGTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACAt < 1:212093/141‑1 (MQ=255) ttataATAAATATAAATCTTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACAtt < 2:372112/140‑1 (MQ=255) tataATCAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTg < 1:340922/141‑1 (MQ=255) ataataAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGa < 1:104139/141‑1 (MQ=255) ataaatataaatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTCAGGA‑TAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGatat < 1:141275/141‑1 (MQ=255) aatataaatCGTACTAAATGGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGAtattat < 2:82197/141‑1 (MQ=255) aatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATaa > 1:246498/1‑141 (MQ=255) aatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATaa > 2:701485/1‑141 (MQ=255) aatCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGAACATTGATATTATGGATaa > 1:708706/1‑141 (MQ=255) atCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAAc > 1:117708/1‑141 (MQ=255) atCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAAc > 1:195227/1‑141 (MQ=255) tCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACa < 2:99852/141‑1 (MQ=255) tCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACa < 2:508957/141‑1 (MQ=255) aagtaggaaaTTGAAAATAGCAAAATATGGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACa < 1:623650/134‑1 (MQ=255) attgtatAATTGAAA‑TAACAATATTTTGCTATTTTCAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACAt < 2:285225‑M1/134‑1 (MQ=255) 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tAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTTTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTaaaatgaaaatg > 2:556011/1‑141 (MQ=255) gCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAatgat > 1:443378/1‑141 (MQ=255) gTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGTACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAATGATGATACgagga < 1:423205/141‑1 (MQ=255) gTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGTATAACATTTGTAAAATGAAAATGATGATACgagga > 2:288509/1‑141 (MQ=255) gTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAATGATGATACgagga > 2:681066/1‑141 (MQ=255) ttATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAATGATTATACgaggag > 2:440588/1‑141 (MQ=255) ttATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAATGATGATACGAGGAGATTGTAAGa > 2:541503‑M2/3‑141 (MQ=255) | ATAGGGGTAAAGAATCTAACTAATGTAATGATTAACGCTATATAGACAAAAATAACTCTATTGATACGCCTTACCCCCTCTGTATAATAAATATAAATCGTACTAAATTGAAAATAGCAAAATATTGTTATTT‑CAATTATACAATGTTTTATTTGCAATATACATAACAATATGAACTTTATAATTTTGATATTGTCGGTAAAGTGAAATTTGTGGCACATTGATATTATGGATAACATTTGTAAAATGAAAATGATGATACGAGGAGATTGTAAGA > USA300TCH1516_ALE/482610‑482886 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |