New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	895785 =	59 (0.950)	12 (0.220)	10/226	NT	18.7%	coding (806/822 nt)	metQ_2	Methionine‑binding lipoprotein MetQ
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GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTG  >  USA300TCH1516_ALE/909601‑909876                                                                                                                                            |                                                                                                                                          ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt                                                                                                                                          >  1:753244‑M2/1‑140 (MQ=255) 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  ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATAAATAACAATGCATGGATTTCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGATAAtta                                                                                                                                        <  2:369452‑M2/141‑4 (MQ=255)          aaaaaaaaaaaaaagggcataATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc                                                                                                                                 >  2:280618‑M2/8‑131 (MQ=255)           aaGTGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCATTATTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct                                                                                                                                >  1:709892‑M2/1‑130 (MQ=255)            aggaaaaaaaaagggaaTAATTGTGAAAAAAAGGGCTAGGATATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAAGAATGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                               >  2:462048‑M2/6‑129 (MQ=255)            agagCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCta                                                                                                                               <  2:494825/138‑1 (MQ=255)             gggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaa                                                                                                                              >  1:231557‑M2/1‑128 (MQ=255) 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                       gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                                   <  2:177421/141‑1 (MQ=255)                          gaaTAATTTTGAAACAAAGGGCAATTGTATGAATAATAAATTATCTTGAACATTTTATAAATGCATATATTACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTa                                                                                                                 <  2:9049/139‑1 (MQ=255)                             tAATATTGATAAAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaat                                                                                                              >  2:1848‑M2/1‑112 (MQ=255)                                      aaCAAAGGTCAATGGTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAACTGCATATATAACCATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacc                                                                                                     >  2:541401‑M2/1‑103 (MQ=255)                                      aaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacc                                                                                                     >  2:203977‑M2/1‑103 (MQ=255)                                         aaaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGt                                                                                                  <  1:722662/141‑1 (MQ=255)                                             ggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATg                                                                                              >  2:173907/1‑141 (MQ=255)                                              gCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGt                                                                                             >  2:198098/1‑141 (MQ=255)                                                 aGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑Gc                                                                                         <  1:81353/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                                        tttaTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                 <  2:204253/138‑1 (MQ=255)                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                 >  1:57872/1‑141 (MQ=255)                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                 >  1:573980/1‑141 (MQ=255)                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATCTCGCCCTGAGTTGCTATTa                                 >  1:244512/1‑141 (MQ=255)                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTACTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACCTGATGTT‑CCGGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATAGTTAGGAAGGAGATGGTATTa                                 >  1:208362/1‑141 (MQ=255)                                                                                                           gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgatgaattggttataattctggttttgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagt                                <  2:369346‑M2/141‑108 (MQ=255)                                                                                                           gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacaattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaacgagcaaaaaaggggcagt                                <  2:23572‑M2/141‑108 (MQ=255)                                                                                                             ttGCCCTTGAACTTCCTTGATAATTTGGCTAATTATTTCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGa                             <  1:436027/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGTTaa                          >  2:630345/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa                          <  1:198098/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa                          >  1:366047/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATGATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa                          >  1:593854/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                 ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                         <  2:141309/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                   ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                       <  2:605237/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                       aCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTaaaa                   >  1:374787/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                        cTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAAt                  >  1:310678/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                        cTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTGTTTCTAGTAAATAAATCATATTAATGGCTTAGTAACGTGATGTG‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGATTGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAAt                  <  1:582016/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                            cTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaa               <  1:257286‑M2/141‑125 (MQ=255)                                                                                                                            cTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAACTAATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATTCTATTACGGATAAAGTAAATTCAta              >  2:344312/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                            cTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCACAATAACTCGATCCG‑CCTGATCTTTTTAATTTAAACAGATATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCta              >  2:734765/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                            attGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCta              >  2:133486/2‑141 (MQ=255)                                                                                                                                  aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca        <  1:742459/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                        gCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑ACTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAAATGCTATTACGAATAAAGTACAATCCTCTatgaatacctg  >  2:466366/1‑136 (MQ=255)                                                                                                                                            |                                                                                                                                          GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTT‑GCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTG  >  USA300TCH1516_ALE/909601‑909876

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.