Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,435,068 | C→T | 22.7% | T142I (ACA→ATA) | dapH → | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,435,068 | 0 | C | T | 22.7% | 64.7 / 4.4 | 39 | T142I (ACA→ATA) | dapH | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/15); new base T (6/3); total (19/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
ACCAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGTTGG > USA300TCH1516_ALE/1434931‑1435206 | aCCAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATCGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGCGCTACaat > 2:584912/1‑140 (MQ=255) ccAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACt < 1:621919/141‑1 (MQ=255) gTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTCCTATCATTGGTa > 2:704179/1‑141 (MQ=255) gTGAGTTTAGTATAGAACAAGGCAGTATGGATGATGGTGGTGTCGTTATGATATGCGCAACAATGAATTTTTGGGGGGGCGTTGGCGAAGGTAGAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTa < 2:723456/141‑1 (MQ=255) gTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAACATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTaaaaa < 1:124636/141‑1 (MQ=255) agaACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTTCTATCATTAAAAAAAATATACATGt > 2:122142/1‑141 (MQ=255) aGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGCCGTATCATTGGAAAAAATCTACATGTAgggcc > 2:407598/1‑139 (MQ=255) ccATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg < 1:261418/141‑1 (MQ=255) gAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTCCAACTGGTAAACATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTa > 1:86661/1‑141 (MQ=255) gATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTa < 1:225073/141‑1 (MQ=255) ggTGTTGTAGGTATGATGGTAGCAAAAATTAAGAGTGGAGCGGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCa < 2:114645/141‑1 (MQ=255) ggTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAAGGTACAGGTAGGGGCTGGGGCTGtggtggcg > 1:100519/1‑134 (MQ=255) gTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAg > 1:695578/1‑141 (MQ=255) gCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 1:322908/1‑141 (MQ=255) cTGTCGTGATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgtg < 1:496132/141‑1 (MQ=255) cattgtgatgaACGCAACAAGTTCTATCGGCCCAGTGGTTGGCGAAGGTACAACGACTGATATCAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTATATGTACGGCCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTCAt < 2:224802/136‑1 (MQ=255) tgatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGCAGTATCATTGGTAAAAATATACATGTAGGGGCTGCCGCAGTATTATGAGCTATGATTGAAc > 2:513138/1‑141 (MQ=255) aacaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAAGAGAAATAGAAACCCCTAGTGc > 2:388803/1‑141 (MQ=255) aacaaTTAATAGTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTATAATGATTGATATGAATACTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTATAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGc < 2:49191/141‑1 (MQ=255) aaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTc > 1:617640/1‑141 (MQ=255) ttGGCTCAATCGTTGGCTAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTGCT‑ACGCTCGATCGTGGTATTACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTta < 2:566494/141‑1 (MQ=255) ggCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGAGTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTtata < 1:407598/141‑1 (MQ=255) aGTCGGTGGAGAAGGTAAAATGATGGAGATGAATGCTAGTCTCGGT‑GGTCGTGGTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGa < 1:185295/141‑1 (MQ=255) tCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAgg > 1:117994/1‑141 (MQ=255) gTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGgat < 2:5584/141‑1 (MQ=255) aTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGCCGTACAATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGAATGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAAACAAGGATGATGTATTAATCAGt > 2:244055/1‑141 (MQ=255) 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1:167596/1‑141 (MQ=255) ctcGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGaa > 1:645822/1‑141 (MQ=255) tttgtCGTGTTATAAGTTGTAAAAATGTACAGGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGgtg < 1:159561/138‑1 (MQ=255) t‑ggtCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAACTGCAGTTATTTTAGACGgtgt > 1:243162/1‑141 (MQ=255) gcggtCGAGCGACAGATGGTAAAAATGTGCAAGAAGGGGCTGGGGTGGGATTAGGAGGTGTGATGGAACCCTATAGGACTTCGCCGATTATAAGCGAGGATGAAGGATTAATCGGTGCAAATGCAGTGATTTTAGAAGgtg < 2:327294/139‑1 (MQ=255) gggcGTGATAGAACTGGTAAAAATGGATATGTGGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACACTCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTCTGATAGAATGTGTa < 2:662139/138‑1 (MQ=255) ggTGCTAAAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACgt < 2:614442/140‑1 (MQ=255) tACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGCAGGTGTAGCTGTTgg > 2:191662/1‑141 (MQ=255) | ACCAGGTGCGTTTATTAGAGAACAAGCCATTATTGAAGATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGT‑GGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCTTCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGTGCAAATGCAGTTATTTTAGAAGGTGTACGTGTTGG > USA300TCH1516_ALE/1434931‑1435206 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |