Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,446 | G→T | 11.7% | P76T (CCT→ACT) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,744,446 | 0 | G | T | 11.7% | 132.1 / 10.2 | 62 | P76T (CCT→ACT) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/28); new base T (2/5); total (29/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.23e-01 |
CTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCAT > USA300TCH1516_ALE/1744308‑1744586 | cTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGCGGTAATTCCCCTTCTTTTCTACCAGGTg > 1:79375/1‑141 (MQ=255) cTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTg > 1:78207/1‑141 (MQ=255) cTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTATTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTGTAACAtgtg > 1:198307/1‑141 (MQ=255) taataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATATCCCATATTTTCTAACAGGTGc > 1:469452/1‑141 (MQ=255) aaaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAg < 2:502218/141‑1 (MQ=255) aaaTCAACTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTACAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACATACCGAGATCTCCTGTCATCTTTTCTAACAGTTGCAAAg < 2:460569/141‑1 (MQ=255) agtgagttGTAATTGAGACTCGTTGAGCTGGTTTGAGTGCGTCTTTGTGGATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAGTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGc < 2:635022/134‑1 (MQ=255) aaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACGGCAGGAGGAAATTGCCCTTCGTTTCTAACAGGTGCAAAGc < 1:146579/141‑1 (MQ=255) tgatatgtgATTAACATACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 2:448664/136‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa > 1:537626/1‑141 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 1:549467/141‑1 (MQ=255) tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCa < 1:320163/141‑1 (MQ=255) aTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTATTTTCTAACATCTTAAAACCCAACCCCCCtt > 2:666771/1‑141 (MQ=255) ttAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGAATTGTTAAAACATTTGTACTATATTCTAGGTCATACTCATAACGATTGACTTCACGAGGTACTTTCCCTTCTTTTCTATCAGGTGCAACGCCAATCCCCATTg > 1:275911/1‑141 (MQ=255) ttAACACACCTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTg < 1:217061/141‑1 (MQ=255) aaCACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGaa < 1:497243/141‑1 (MQ=255) acacacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCACCTTCTTTTCTAACAGGTGAAAAGCCACTCGCCATTGAAt > 2:182962/1‑141 (MQ=255) cacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCCAGTTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAg < 1:248362/141‑1 (MQ=255) acGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGc > 1:443723/1‑141 (MQ=255) gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACACAAAAAAACCTACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCACATTGAATAAGCTACAg > 1:355938/1‑141 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGTAGCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAATCTACAGGa < 2:673641/141‑1 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTACCCTTCTTTTCTAACAGCTGCAAAGCCAATGCCCATTGAATAAGCTACAgca > 2:134300/1‑139 (MQ=255) tttAATTGCTTCTTTGTGTATTGGTAAAACATTTGTACCATAGTCTAGGTCATACTCATAACGAATGGCTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAACCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAgac < 2:666377/141‑3 (MQ=255) ttAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCa < 1:162320/141‑1 (MQ=255) aaTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTATGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAAt < 2:597897/141‑1 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGTCTTCACTAGGTAATTTGCGCGATGATCGATCAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATg > 1:144218/1‑141 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATCAGCTACAGGACAGCCCATg > 1:545678/1‑141 (MQ=255) aTCTTTGTGCATTGCTAACCCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGAtcat > 2:421497/1‑138 (MQ=255) tttGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATCAGCTACAGGACAGCCAATGATAATGcc > 2:687827/1‑141 (MQ=255) ttGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTATGGCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCa < 2:493211/141‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCATTCCCCATTTAATAAGCTACAGGAAAACCAATGATACGGCCAc > 1:627960/1‑141 (MQ=255) cATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACgcgc < 1:61721/141‑1 (MQ=255) ttGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATAATCATAACCAATGACTGCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAATGCCACGCGCtt < 1:320812/141‑1 (MQ=255) aaaCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCACATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTc < 2:227393/141‑1 (MQ=255) aaCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGATGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAATCTACAGGACAGCCAATGATAAACCCACGCGCTTCAGGTcc > 2:252241/1‑141 (MQ=255) tttGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCTACGCGCTTCAGGTCCTACa > 1:420021/1‑141 (MQ=255) tttGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACa > 1:156048/1‑141 (MQ=255) ttGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACaa > 1:266175/1‑141 (MQ=255) aCCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCATGTCCTGCAACgct > 1:382174/1‑139 (MQ=255) ccATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGata > 1:268035/1‑141 (MQ=255) tAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTACCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGCCAATCCCCATTAAATAAACTCCGAAGGAGCCACTGATAATACCAAGCGCTTCAGGTCCTACAACAATATCAACAtc > 2:189626/1‑141 (MQ=255) cATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCGTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGt < 2:616547/141‑1 (MQ=255) cATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCAAATGATAATGCCACGCCCTACAGGTCCTACAACGATATCAACATCTATGt > 2:469634/1‑141 (MQ=255) aTACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTc < 2:570024/141‑1 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAATGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCttt < 2:754334/141‑1 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCTACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCttt < 2:394945/141‑1 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGCACAGGCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCttt < 1:289975/141‑1 (MQ=255) cTCATAACGAATGACTTCACGAGGGAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCttt < 2:556265/141‑1 (MQ=255) aCGTATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTGTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCACATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTa < 2:248906/141‑1 (MQ=255) cGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCACATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTAt < 1:5244/141‑1 (MQ=255) tGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGACAAACCCCGTTGAATCACACGCATGACATCCAATGATAAAGCCACGCGATTCAGGTCCTACACCGATATCAACATCTCTGTCTTTTCCGTATTCTa > 1:178677/1‑141 (MQ=255) tCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAtt < 1:682751/141‑1 (MQ=255) tcaTTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAATGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACCATTTTATCTGt > 2:548952/3‑141 (MQ=255) tcctcctcttTTCCAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCa < 1:666771/135‑1 (MQ=255) cccTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCACATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATa < 1:559234/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTATCATCACCATATGCTTAAca > 2:599669/1‑140 (MQ=255) aGGAGCAAACCCCATCACCGTTGATTAAGATAAAGGACAGCTAATAATAATGGCGCTCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGTGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCAcc < 2:198307/141‑1 (MQ=255) gTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACTCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCAt < 2:266175/141‑1 (MQ=255) | CTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCAT > USA300TCH1516_ALE/1744308‑1744586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |