New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 512620 =31 (1.270)13 (0.750)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
11/200 0.5 38.2% intergenic (+688/‑6075) recR/speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
?USA300TCH1516_ALE 1998278 = 28 (1.150)intergenic (‑6/+3329) USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 tRNA‑Val/tRNA‑Ala

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512753
                                                                                                                                            |                                                                                                                                     
gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                       >  1:146807‑M1/141‑141 (MQ=255)
gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                       <  1:270427‑M1/1‑1 (MQ=255)
   acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagactagaacgttgccaggcagttttttaattaaattttggttaacaaataaaatagacaagataaaaaa                                                                                                                                    <  1:58686‑M1/4‑1 (MQ=255)
    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATCACTTGAATTCCTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                   >  1:186112/1‑141 (MQ=255)
    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                   <  1:145105/141‑1 (MQ=255)
    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTCAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                   <  1:52672/141‑1 (MQ=255)
     gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                  <  1:89738/141‑1 (MQ=255)
        tgttcccatgcagaacaaagaagtgaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTa                                                                                                                               >  2:224935‑M1/133‑141 (MQ=255)
         agcaCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                              <  1:186105/138‑1 (MQ=255)
                    cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                   <  1:215627/141‑1 (MQ=255)
                    cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                   >  2:276306/1‑141 (MQ=255)
                       cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg                                                                                                                >  1:147915‑M1/118‑140 (MQ=255)
                               tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                        <  1:192171/141‑1 (MQ=255)
                                ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                       >  2:37103/1‑141 (MQ=255)
                                    aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                   <  1:200633/141‑1 (MQ=255)
                                           gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                            >  1:34975‑M1/98‑141 (MQ=255)
                                            tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                           <  1:251674/141‑1 (MQ=255)
                                                    gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgattaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTCAATGTTTATAAATTGTATAATTAATTATTGTCAGTa                                                                                   <  2:92952‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                >  1:138417/1‑141 (MQ=255)
                                                          aaatttacgtacagaaagagtagaacgttaacaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                             >  2:270427‑M1/83‑141 (MQ=255)
                                                            cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                           >  2:215691/1‑141 (MQ=255)
                                                             tGTATAGTATTTAGTTTATAAGAAAAACAAAAAAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                          <  2:270169/141‑1 (MQ=255)
                                                              gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                         <  2:222474/141‑1 (MQ=255)
                                                              gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                         >  2:220628/1‑141 (MQ=255)
                                                                acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATgaaa                                                                       <  1:104631‑M1/65‑2 (MQ=255)
                                                                   gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                    >  2:149968/1‑141 (MQ=255)
                                                                          agagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                             >  1:105055‑M1/67‑141 (MQ=255)
                                                                                  ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                     <  1:225951/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                 >  2:15121/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                 >  2:231008/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                <  1:209607‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                         caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                              <  1:54411‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                         caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                              <  1:84335‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                           aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                            >  2:269407/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                           >  2:178107/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                         <  2:120590/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              aactcaaatTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                         <  2:218827/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                     >  1:239351/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAGAATATGTCAACGTTAATTc                                   <  1:171138‑M1/101‑1 (MQ=255)
                                                                                                        aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                               <  2:78399/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aGAAATAACTTGAATTACTAAATAAAATTAATTTTAAAAAGTTAATGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                              <  2:36965/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             ttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGTATATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                          >  1:179482‑M1/32‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                 <  1:82403/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt               <  1:69295/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         aataaaagggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt              >  1:169505‑M1/20‑141 (MQ=255)
                                                                                                                          cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa             >  1:139435/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTATATATTTTTTTTGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat      >  1:65337‑M1/12‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta    >  2:193781/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     aagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt  >  1:149864‑M1/8‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                     
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512753

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.