New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 19 (0.780) | 13 (0.610) | 12/246 | 0.7 | 42.9% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 18 (0.840) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD |
GTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAAT > USA300TCH1516_ALE/895647‑895901 | ttgatttaaagggaaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatta > 2:109528‑M1/139‑141 (MQ=255) tGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAACATCCAATGGTGCAGTTAt > 2:240681/1‑141 (MQ=255) tGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAt > 2:216094/1‑141 (MQ=255) tGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAt > 1:99800/1‑141 (MQ=255) gAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTAAATACTTCATTAATGAAAAATACAATAGTGCATTTATTcc > 2:166563/1‑141 (MQ=255) caagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttaataatctggctaaTTATTCCTGc < 2:233779‑M1/10‑1 (MQ=255) aagggcaaaaaaagggcataattgtgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCt > 2:162875‑M1/131‑141 (MQ=255) gcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTTTTCGTTCTAaat < 1:144085‑M1/15‑1 (MQ=255) gcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAaat < 1:273745‑M1/15‑1 (MQ=255) tCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAaata > 2:263802/1‑141 (MQ=255) aaaCTTAATTGATGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAAtt < 2:182089/141‑1 (MQ=255) aaaTTGCTGTTAAAGAAGGACATAAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaata < 2:278627/140‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCACTtaaataa > 1:137659/1‑141 (MQ=255) gaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATa > 1:109792‑M1/106‑141 (MQ=255) aaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgccctcggacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATAc > 1:108077‑M1/105‑141 (MQ=255) ttAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATAccc > 2:159602/1‑141 (MQ=255) aaagggcaagggtatgaataataaattatattgataattgtataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCtt > 1:250663‑M1/101‑141 (MQ=255) gACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATaac < 1:245014/141‑1 (MQ=255) gACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATaac < 2:233063/141‑1 (MQ=255) atgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgctctttaatttccttgataatctgactaaTTATTTCTGCTAAATAATACCAATTATATAAAAATATCTTTTaataataactat < 2:104031‑M1/54‑4 (MQ=255) aaaatatattgaaaaatttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGtt > 2:182614‑M1/79‑141 (MQ=255) aGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGGTTAAGGGGtt < 1:134871/141‑1 (MQ=255) aaGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTtgtg > 2:235454/1‑141 (MQ=255) aaGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACCATTACGGGGTTATTTTtgtt > 2:93066/1‑140 (MQ=255) gaaaattttataaatgtatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTgg > 1:154091‑M1/69‑141 (MQ=255) tAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTg > 1:214017/1‑141 (MQ=255) ttACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATaaaaaa > 2:164385/1‑141 (MQ=255) tataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGc > 1:214967‑M1/49‑141 (MQ=255) ataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGca > 1:63285‑M1/48‑141 (MQ=255) taacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 1:107956‑M1/47‑141 (MQ=255) cTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcaca < 1:165550/141‑1 (MQ=255) gATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCGGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAgg < 2:239978/141‑1 (MQ=255) gattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACTCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAACTAAAAAAGGGCACAAAACGGGCAGt < 2:260178‑M1/107‑1 (MQ=255) gcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGAAGTatat < 2:70236‑M1/111‑1 (MQ=255) gcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACAACTTAAATAAAAATACTCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTatat < 2:115592‑M1/111‑1 (MQ=255) tCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGTGGTGGGAACAACACAAATAAACATAAAAGAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCa > 1:205454/1‑141 (MQ=255) gaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAAt < 1:19228‑M1/117‑1 (MQ=255) | GTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAAT > USA300TCH1516_ALE/895647‑895901 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |