Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,455,111 |
6 bp→TCATCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,455,111 | 0 | A | T | 99.3%
| 717.0
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (124/175); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,455,112 | 0 | G | C | 99.0%
| 707.0
/ ‑4.9
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (124/175); minor base A (1/2); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,455,113 | 0 | T | A | 98.0%
| 703.4
/ ‑6.3
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/5); new base A (124/172); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,455,114 | 0 | A | T | 99.3%
| 716.9
/ ‑3.5
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (124/175); minor base C (0/2); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
| * | CP042583 | 1,455,115 | 0 | G | C | 99.0%
| 705.6
/ ‑6.0
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (124/175); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| * | CP042583 | 1,455,116 | 0 | C | G | 99.0%
| 716.9
/ 1.4
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (124/174); minor base . (1/2); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTAGTAGCGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCA > CP042583/1454841‑1455381
||||||
ctGGAATTCCTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCCGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTTTCATTTGGGCAAATGTTCTTCCCAATGCTTGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGgtg < 1:1802457/288‑1 (MQ=255)
aTGGAATGCTGTCCGAATGCCTCTGGGTCGTCGGTCATACTGGGTAAAGCGATGGTGTCATGTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATTTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGTTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGgtg < 2:1342638/289‑1 (MQ=255)
tGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAACAAACCGTTAGTCTGGCTGGAGGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGgtgt > 1:483326/1‑289 (MQ=255)
gCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGc < 1:1042000/289‑1 (MQ=255)
cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCa > 1:1775009/1‑289 (MQ=255)
cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCa > 1:360915/1‑289 (MQ=255)
ttCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGTTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCAt > 1:318103/1‑288 (MQ=255)
ttCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCAt > 1:520415/1‑288 (MQ=255)
cGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTctc < 2:1691145/289‑3 (MQ=255)
aaGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTctcga < 1:1189687/288‑5 (MQ=255)
aGCCTCTGGTTCGTCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTTGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGCGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTctcgacc < 2:490057/289‑7 (MQ=255)
ctggttcggcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTa < 1:1534704/281‑1 (MQ=255)
ctggttcggcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTa < 2:1785981/281‑1 (MQ=255)
ggcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCTCATTCCCGGCCTTTTATGTGaa > 2:1494092/2‑287 (MQ=255)
gcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGTTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGAtt < 2:318103/288‑1 (MQ=255)
gcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTAtgt < 1:447067/284‑1 (MQ=255)
gcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACAGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATCCTCGACCTTTTATGTGATtg > 2:409542/1‑289 (MQ=255)
cgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATtg < 1:954710/288‑1 (MQ=255)
tAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATCCCCGACCTTTTATGTGATTGGAGTTTGGATGacc > 2:1985009/1‑289 (MQ=255)
aGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGAtt > 2:2175742/1‑271 (MQ=255)
aGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCaaa < 1:1900239/289‑1 (MQ=255)
tggtgtcatttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCCCGACCTTTTATGTGATTGTGGTTTGGAGGCCCAAATATGc > 2:2161856/9‑289 (MQ=255)
tGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCtttt < 2:115574/289‑1 (MQ=255)
aaTGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGt < 1:2144729/289‑1 (MQ=255)
aTGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTa > 1:1616239/1‑289 (MQ=255)
aTGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTctc > 2:145320/1‑219 (MQ=255)
gCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAg < 2:748659/289‑1 (MQ=255)
cTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTCATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTaaaa > 2:1398211/1‑289 (MQ=255)
atGTTGCTCAATAATTTCTGGTACGGGTTTGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa < 2:2122207/289‑1 (MQ=255)
atGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa < 1:1314483/289‑1 (MQ=255)
atGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa < 2:694250/289‑1 (MQ=255)
tGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCAtc > 1:1689303/1‑287 (MQ=255)
cTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCtt < 2:1953356/289‑1 (MQ=255)
aataatATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTAtg > 1:1000588/1‑208 (MQ=255)
ataataTCTGTGACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTCTTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGATGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGTTTAATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta < 2:1178681/289‑1 (MQ=255)
ataataTCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta < 2:557073/289‑1 (MQ=255)
ataataTCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta < 2:1775009/289‑1 (MQ=255)
ataataTCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta < 1:1979314/289‑1 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCg < 1:17459/225‑1 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCg > 2:17459/1‑225 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta > 2:353169/1‑278 (MQ=255)
ggCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGctcgt < 1:292665/289‑5 (MQ=255)
cTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAg < 1:2056665/250‑1 (MQ=255)
aTGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGctcgttggt < 2:1009548/289‑9 (MQ=255)
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gctggAAGGTG‑TTTCATCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCGACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCTCGTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTAccc > 1:1284739/1‑267 (MQ=255)
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ATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTAGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTG‑TTAGTAGCGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGCACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCA > CP042583/1454841‑1455381
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
