Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,921,404 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,921,404 | 0 | G | C | 99.1%
| 535.4
/ ‑6.1
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/79); minor base T (1/1); total (147/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,921,405 | 0 | C | G | 99.6%
| 535.9
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/80); minor base T (1/0); total (147/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 1,921,406 | 0 | T | A | 100.0%
| 535.7
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (147/80); total (147/80) |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ACAATTAGTGGCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCACTCCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGGCTTGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTACCGGTGTAACCAT > CP042583/1921125‑1921684
|||
cAATTAGTGGCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTctcc > 1:1236612/1‑288 (MQ=255)
tAGTGGCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCtcaat < 1:1463602/289‑1 (MQ=255)
ggCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTctcc > 2:625550/1‑280 (MQ=255)
ggCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAAc > 2:1144886/1‑289 (MQ=255)
ggCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAAc > 1:179285/1‑289 (MQ=255)
gATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACata > 2:1587830/1‑289 (MQ=255)
aTTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACatat > 1:727913/1‑289 (MQ=255)
aTTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACatat > 1:312724/1‑289 (MQ=255)
ttGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATg < 2:69625/289‑1 (MQ=255)
tGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATgg < 2:727913/289‑1 (MQ=255)
aaaTTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATc < 2:1236612/289‑1 (MQ=255)
ttGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGa < 1:87589/289‑1 (MQ=255)
aTGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCa < 1:1062437/283‑1 (MQ=255)
gcgcATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCatat > 1:1640817/1‑289 (MQ=255)
cgcATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCatat > 1:11888/1‑288 (MQ=255)
aCGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGTCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCAc < 2:363681/289‑1 (MQ=255)
cTGCAGTAACATTCCTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCa < 1:1394322/289‑1 (MQ=255)
aTTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCg > 1:803889/1‑288 (MQ=255)
ttACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAAt > 2:515330/1‑249 (MQ=255)
ttACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAAt < 1:515330/249‑1 (MQ=255)
ctctTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCCTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACGCGGCTTa > 2:210026/1‑289 (MQ=255)
tattaAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCTATGTCTCCTCACTCATCATAAGGTAATCCGGACCAATACCATCCGCATCTTCCGCCACCTGTTTCATGGCACTCTGCTTAAACa > 2:1805494/1‑288 (MQ=255)
tattaAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCtcaat < 1:4043/217‑1 (MQ=255)
tattaAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCtcaat > 2:4043/1‑217 (MQ=255)
ttaAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATcc < 2:612660/289‑1 (MQ=255)
ttACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGtt < 1:979994/289‑1 (MQ=255)
ccATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGttt < 1:1282255/287‑1 (MQ=255)
tttACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTctgct < 1:1856201/289‑1 (MQ=255)
gTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATTGCACCCGGCTTCAACATCCCGTCGTCGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGAGTTTCATTCCAg > 1:747476/1‑289 (MQ=255)
agCATCATATACCTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAg > 1:190432/1‑289 (MQ=255)
agCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTTATGCGTTTCATTCCAGTCgttttat > 2:1111948/1‑283 (MQ=255)
agCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCa < 1:1175784/279‑1 (MQ=255)
agCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAg > 1:1809691/1‑289 (MQ=255)
agCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAg > 2:293557/1‑289 (MQ=255)
catcatATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGCGTTTGCTATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATAAACATATGGTAATCCGGACCACTACCATCTGCACACTCCGCCACCCGCTTCATGGCACACCGCTTAACCATCCCGACGCAGTCGTAATTATCACAAGTTCCCTCCGACTGTTTCTCCTGCGTTCTACTCCAGTCGGtcaatac > 2:1300280/1‑283 (MQ=255)
tcatATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCaa < 1:362983/289‑1 (MQ=255)
ataACTGATTCACATAAGGATAGTATTCAGGCAGGTTATCTGACCGAACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAg < 2:11888/289‑1 (MQ=255)
aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCACTCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCTGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAACTAACCCACCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGTTATAGCGCATCAGCTGTAcc > 2:1604906/1‑289 (MQ=255)
aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGtt > 2:1560915/1‑216 (MQ=255)
aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTAcc > 1:242070/1‑289 (MQ=255)
aTTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTAcc > 1:142453/1‑289 (MQ=255)
tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGc > 1:762646/1‑260 (MQ=255)
tATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCt > 2:1049311/1‑268 (MQ=255)
ttCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGccc > 2:647165/1‑289 (MQ=255)
tttatctgaccGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGt > 1:414510/10‑289 (MQ=255)
tatctgaccGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGtt > 2:889396/8‑288 (MQ=255)
ccGGACTGTATAAGGATGCACTACCAGGTTATGCTGCTGAGCATCTTGAACCATGCAAGTGTGTTTGTTATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTc < 2:179285/288‑1 (MQ=255)
cACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCCATCAGCTGTACCAGTTTGAGCTCCATGCCCATTTTTGGTTCCAGCTCAt > 2:680373/1‑287 (MQ=255)
tataAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTaa < 1:636540/288‑1 (MQ=255)
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tGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAg > 1:1009095/1‑230 (MQ=255)
tGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAg < 2:1009095/230‑1 (MQ=255)
tGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCAAGCTCATTCTTAATACGCTTCa > 1:1706136/1‑289 (MQ=255)
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cACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAg > 2:1383910/1‑288 (MQ=255)
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aCTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGc < 1:1684235/288‑1 (MQ=255)
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aGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTc > 2:359959/1‑249 (MQ=255)
cTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATa > 1:342068/1‑289 (MQ=255)
cATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTa < 1:667486/289‑1 (MQ=255)
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gCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCg > 1:1595806/1‑289 (MQ=255)
cAGTGATTTTGCGCTTGCCCGGCTGTGATGTCTTCTCAAACAACATATGGTAATCCTGCCCACTTCCCTCTGCATATTCCGCTACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTGATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGt < 2:1641407/288‑1 (MQ=255)
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tttGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTACCg > 2:221668/1‑289 (MQ=255)
tttGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTCCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACTACATTGAGCTCCATGCTCATTTTGGGTTCAAGTCCATTCTTAATACGATTAAGCCTATCAGCATCAAAATATTGCAAATAAAATTTATCGTCTTTAACg > 2:344978/1‑289 (MQ=255)
tttGAGATTACCCGGCTGCGATCTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCACAACCATCTGCATATTCCGCCACCTAGTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCTTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCAAGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTa < 2:1436787/286‑1 (MQ=255)
tGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTACCGgt > 2:1745867/1‑289 (MQ=255)
atatTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTACCGgtgt < 2:770460/289‑1 (MQ=255)
|||
ACAATTAGTGGCGATTGGAAAAATTTGATATGAGACAGGATGGCGCATGAACGCCATCCTGCAGTAACATTACTCTTTATTAAGAAATTTTACTGCCTTATCAGGGAAATCAGTAAACAGCCCATTTACACCCGCTTTGTTATACAGAGCATCATATAACTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCACTCCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGGCTTGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAGCTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTACCGGTGTAACCAT > CP042583/1921125‑1921684
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
