Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,455,141 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,455,141 | 0 | A | T | 99.7%
| 669.1
/ NA
| 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (130/154); total (131/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,455,142 | 0 | G | C | 99.3%
| 667.1
/ NA
| 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (130/154); total (131/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,455,143 | 0 | C | G | 99.7%
| 665.6
/ NA
| 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (131/153); total (131/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
AGCGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGAGTTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTAGTAGC‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCAGC‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGAGTGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCAGCTTGGTCTGTGTCTTTATTTTTGCCGCACTACTGAAAAAAATGGTCCGGCCCATCTGGGCTAATGTATTTAACTCTGCACTGGCAACAATAACAGCAGCCATTATCTACCTGTACCCTTCTCCACTGGTGTGCAATGCCGGAGCCTTTGTTATCGGTTTCAGTGCAGCTGGCG > CP042583/1454868‑1455420
|||
tcggcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGa < 2:925563/286‑1 (MQ=255)
tcggcgGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGa < 1:37987/286‑1 (MQ=255)
tGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCTGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGAt < 1:174968/289‑1 (MQ=255)
ggTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGAt > 1:1673231/1‑288 (MQ=255)
tAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGcc > 2:1222270/1‑288 (MQ=255)
aaGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGAAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACATTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCaa > 2:1764349/1‑289 (MQ=255)
tggtgtcatttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGTGG‑TTCATAG‑‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGc > 1:1020243/9‑289 (MQ=255)
tggtgtcatttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGc > 2:811332/9‑289 (MQ=255)
tggtgtcatttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGc > 2:620208/9‑289 (MQ=255)
tggtgtcatttGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGc > 1:1845171/9‑289 (MQ=255)
gggCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTg < 1:811332/289‑1 (MQ=255)
aaTGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGt < 1:1222270/289‑1 (MQ=255)
aaTGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGt < 1:577585/289‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑TCCTTTTCTGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGa > 1:1780038/1‑289 (MQ=255)
gTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCAt > 1:1036943/1‑289 (MQ=255)
gTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCAt > 2:1563514/1‑289 (MQ=255)
atGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa < 2:336391/289‑1 (MQ=255)
tGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCAGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAAGAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑GTTTCATAG‑‑GTACTGTACGGTGTAGCCGCATTCCCG‑ACCTTTTATTTGATTGTGGTGTGGGTGCCTAATCATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGATGAGGCATGAAAAActa > 2:580960/1‑286 (MQ=255)
gTTGCTCAATAATATCTGGTACGTCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCAtc < 1:1478049/289‑1 (MQ=255)
gTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTTGACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCAAGCGTAACTAATGAATGACCGCAAATGAACATCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TT‑TCAGCGGTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATACCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCAtc < 1:1731995/289‑1 (MQ=255)
gCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATctct < 1:1189286/289‑1 (MQ=255)
gCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATctct < 1:234151/289‑1 (MQ=255)
gCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATctct < 1:1801076/289‑1 (MQ=255)
cTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa > 1:1873484/1‑283 (MQ=255)
cAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttat < 1:284270/289‑1 (MQ=255)
aataatATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGccc > 2:1148825/1‑228 (MQ=255)
aataatATCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa > 2:269182/1‑280 (MQ=255)
taataTCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTAc > 2:1530405/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAACAACCa > 2:757238/1‑273 (MQ=255)
tCTGGTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTAt < 1:1956043/289‑1 (MQ=255)
ggTACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGAt > 1:471893/1‑202 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAg > 2:1390780/1‑255 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta > 1:509407/1‑278 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta < 2:509407/278‑1 (MQ=255)
tACGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGc > 2:822016/1‑288 (MQ=255)
tACGGCGATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTAGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCACAAATAAACAGCAAACGGTTAGTCTGTCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTTTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTTGATGCCCAAATATGCGCAGGCTTTCGCTGGTATGTAAGTAGCTGAGGCATTAATATACATCTATTATTACAGTTTggtc > 2:1960112/1‑286 (MQ=255)
cGGCTTTGGGTTGGTGATTCGGGGTATTCTCGTTGTCCTGATCACGTTGTTCAGGTTGAAAACCAAATTCCCAAGCAAGTTGGTGGACGCAAGCGTAACTAATGAGTTACCGCAAATGACAAGAAAACGGTTAGTCTGCCT‑GAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTGATGTGATTGTGGTGTTGATGCCCAAATATGCGATTGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGctcg < 2:1601975/288‑4 (MQ=255)
cGGCTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGctcg > 1:1642187/1‑286 (MQ=255)
cTATGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCttatta > 1:162955/1‑273 (MQ=255)
aTGGGTTGAGTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGctcgttggt < 2:1907239/289‑9 (MQ=255)
tGGGCTGATTATTCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCTCGTTGGTc < 2:25057/289‑1 (MQ=255)
attattCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGGAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa > 2:1372165/1‑253 (MQ=255)
attattCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGGAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCa < 1:1372165/253‑1 (MQ=255)
attattCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCAtc > 1:126979/1‑255 (MQ=255)
attattCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCAtc < 2:126979/255‑1 (MQ=255)
attattCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATCTCTTATTACAGTATGGGCTCGTTGGTCTGTGTCt > 1:1584714/1‑289 (MQ=255)
attCCGGGTATTCTATTTGTACTGATCACGCTGATGCTGTTGAAAAGCAAATTCCCCAGCCAGTTGGTGGACGCCAGCGTAACTAATGAATTACCGCAAATGAACAGCAAACCGTTAGTCTGGCTGGAAGGT‑G‑TTTCATCG‑GTACTGTTCGGTGTAGCCGCATTCTCG‑ACCTTTTATGTGATTGTGGTGTGGATGCCCAAATATGCGATGGCTTTTGCTGGTATGTCAGAAGCTGAGGCATTAAAAACCATctct < 2:1665926/255‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
